Ezers ir ar ūdeni piepildīts padziļinājums ģeoloģiskā slānī, kas bieži pakļauts dēdēšanai. Upe ir dabiska ūdens plūsma, kas, pateicoties augstuma starpībai, plūst lejup tās izgrauztā gultnē, savāc virszemes un pazemes noteces ūdeņus no sava sateces baseina un ieplūst citā ūdenstilpē.

Upes transportē un noārda organiskās vielas, kas pārveidojas augiem un dzīvniekiem pieejamā formā, savukārt ezeri organiskās vielas uzkrāj. Ezera ūdens satur bioloģiskas izcelsmes daļas: baktērijas, sēnes, augsnes dzīvniekus, humusu. Saldūdens ekosistēmās notiek organisko vielu producēšana, ko veic autotrofie organismi (aļģes un ūdens augi), kas ir producenti fotosintēzes procesā, bet organisko vielu pārveidošanu sekundārajā produkcijā veic heterotrofie organismi – konsumenti (bezmugurkaulnieki, zivis un citi). Upe un tās piekrastes josla ir nozīmīgs dzīvnieku migrācijas koridors. Latvijā ir 2256 ezeri (kopējā platība 110 000 ha jeb 1,64 % no valsts teritorijas) un ap 12 500 upju, strautu, valku, urgu un lielu grāvju. Kopējais upju garums 37500 km (kopā ar grāvjiem – 100 000 km). 777 upes ir garākas par 10 km. ES mērogā Latvijā ir tikai viena liela upe – Daugava. Upes iedala: potamāla upēs – ar mazu straumes ātrumu un kritumu < 1 m/km, ūdens temperatūru vasaras mēnešos > 2 0 ºC; ritrāla upēs – ar kritumu > 1 m/km, akmeņainu, oļainu, grantainu gultni, lielu straumes ātrumu un ūdens temperatūru vasaras mēnešos < 20 ºC. Latvijas upes pieder pie Eiropas Baltijas provinces ekoreģiona. Tās ir Baltijas jūras austrumu daļas upes, kuru grīvas atrodas Baltijas jūras centrālajā daļā, Rīgas jūras līcī un Somu jūras līcī. Latvija sadalīta četru upju baseinu apgabalos – Daugavas, Gaujas, Lielupes un Ventas.

Latvijas stāvošie ūdeņi, pateicoties temperatūras maiņām, divreiz gadā – pavasarī un rudenī – pakļauti dimiktiskai ūdens cirkulācijai, kā rezultātā notiek ūdens slāņu daļēja vai pilnīga sajaukšanās. Tas pozitīvi ietekmē skābekļa nokļūšanu ūdenī, kā rezultātā samazinās zivju slāpšanas gadījumi. Latvijas ezerus iedala dzidrūdens ezeros un brūnūdens ezeros. Pēc barošanās funkcijas ezerus iedala oligotrofos (ezeri ar dzidru ūdeni un zemu pirmprodukciju; uzskata, ka šī tipa ezeru Latvijā vairs nav); eitrofos (ezeri ar nedzidru ūdeni, leknu augāju, augstu pirmprodukciju; lielākā daļa Latvijas ezeru); distrofos (ezeri ar augstu humusvielu daudzumu un zemu pirmprodukciju; galvenokārt purvu aizsargājamo teritoriju brūnūdens ezeri); mezotrofos (starpstadija starp oligotrofiem un eitrofiem ezeriem; dziļie, tīrie Latgales reģiona ezeri); hipereitrofos (piesārņoti eitrofi ezeri; urbānie pilsētu un piepilsētu ezeri); diseitrofos (raksturīgas distrofu un eitrofu ezeru īpašības; eitrofizējušies purvu ezeri); hāru ezeros (ar dzidru ūdeni, grunti sedz bieza mieturaļģu (hāru) sega; ezeros ar kaļķainu grunti, piemēram, Engures ezers). Eitrofikācijas procesā šie ezeru tipi secīgi nomaina cits citu (oligo-eitrofā sukcesija): oligotrofie ezeri kļūst mezotrofi, mezotrofie – eitrofi. Uzkrājoties barības vielām, ezeros palielinās to aprites ātrums un piegrunts slānī uzkrājas atmirušie organismi. Lai sadalītu izgulsnētās atmirušo ūdensaugu un dzīvnieku atliekas, tiek patērēts skābeklis un piegruntī sāk izsīkt ūdenī izšķīdušā skābekļa krājumi. Bezskābekļa apstākļos sākas gultnē saistītā fosfora atbrīvošana, kas atkārtoti nonāk ūdens vidē, palielinot ezera iekšējo noslodzi un izraisot ūdenstilpes otrreizēju piesārņošanu. Eitrofi ezeri savukārt var kļūt hipereitrofi. Distrofikācijas procesa rezultātā ezeri var bagātināties ar humusvielām, kā rezultātā rodas semidistrofi (no oligotrofajiem) vai diseitrofi (no eitrofajiem) ezeri.

Upju un ezeru ekosistēmu eitrofikācija ir dabisks process, taču cilvēka darbības rezultātā tā kļuvusi straujāka, un tas jau ir antropogēnais piesārņojums.

Ūdeņu raksturīgākās augu sugas: peldošā glīvene (Potamogeton natans), Kanādas elodeja (Elodea canadensis), parastā bultene (Sagittaria sagittifolia), vienkāršā ežgalvīte (Sparganium emersum), ūdensgundegas (Batrachium spp.), glīvenes (Potamogeton spp.), iegrimusī raglape (Ceratophyllum demersum), vārpainā daudzlape (Myriophyllum spicatum), ūdenssūnas (Fontinalis spp.), dzeltenā lēpe (Nuphar lutea), baltā ūdensroze (Nymphaea alba), sniegbaltā ūdensroze (Nymphaea candida), abinieku sūrene (Polygonum amphibium), parastais elsis (Stratiotes aloides), pūslenes (Utricularia spp.), ūdensgundegas, mieturaļģes (Chara spp.). Raksturīgākās taksonomiskās bezmugurkaulnieku grupas: viendienītes (Ephemeroptera), spāres (Odonata), blaktis (Hemiptera), dūņenes (Megaloptera), makstenes (Trichoptera), vaboles (Coleoptera), divspārņi (Diptera), planārijas (Turbellaria), nematodes (Nematoda), mazsartārpi (Oligochaeta), dēles (Hirudinea), gliemeži (Gastropoda), gliemenes (Bivalvia), vēžveidīgie (Crustacea), augstākie vēži (Malacostraca) un strautenes (Plecoptera).

Ūdensteces un ūdenstilpes nodrošina virszemes ūdeņu pašattīrīšanos, pateicoties tur mītošiem organismiem, kuri izmanto un samazina upē nonākošo organiskās izcelsmes piesārņojumu. Gruntsūdeņi nodrošina ar kvalitatīviem dzeramā ūdens resursiem. Koku sagāzumu veidošanās upēs pastiprina palu negatīvo ietekmi un veicina krastu izskalošanos; sedimentu izgulsnēšanās rezultātā ūdenstilpes aizsērē, pastiprināti aizaug ar ūdensaugiem, straujteces pārklājas ar sanešiem, izzūd zivju nārsta vietas un ūdens bezmugurkaulnieku dzīves vietas. Upes un ezerus cilvēki izmanto arī atpūtai un estētiskos nolūkos. Rekreācijas ūdeņu izmantošana ir nozīmīga cilvēku labsajūtai un veselībai. Tomēr, ja ūdens ir piesārņots, tas var negatīvi ietekmēt cilvēku veselību. Ap 35 % upju, kuru garums pārsniedz 10 km, ir daļēji vai pilnīgi regulētas, kā rezultātā samazinājusies šo upju pašattīrīšanās spēja un bioloģiskā daudzveidība. Cilvēka darbības rezultātā ezeros paātrināti notiek eitrofikācijas procesi, kā rezultātā tie straujāk aizaug un izzūd. To var mērīt desmitgadēs, savukārt dabiskā eitrofikācija mērāma simtgadēs. ES aizsargājamo ūdeņu biotopu grupa apvieno septiņus Latvijā sastopamus ES nozīmes aizsargājamus ūdeņu biotopus: ezerus ar oligotrofām līdz mezotrofām augu sabiedrībām, ezerus ar mieturaļģu augāju, eitrofus ezerus ar iegrimušo ūdensaugu un peldaugu augāju, distrofus ezerus, karsta kritenes, upju straujteces un dabiskus upju posmus, dūņainus upju krastus ar slāpekli mīlošu viengadīgu pioniersugu augāju. Bioloģiski vērtīgas ir vecupes (piemēram, Gaujas, Irbes) – mazas, aizaugošas ūdenstilpes, kādreizējās upes gultnes vai attekas, kas vairs nav savienotas ar upi; palienes ezeri (piemēram, Daugavas palienes ezeri Sēlijā) – atrodas palienē, savienoti ar upi, to hidroloģiju nosaka upes režīms, ezeri ieņem vidēju stāvokli starp slēgtām akumulējošām un atvērtām transportējošām sistēmām. Ūdens temperatūras sezonālo izmaiņu gaita mijiedarbībā ar “palu pulsu” rada īpašus apstākļus lielas bioloģiskās daudzveidības pastāvēšanai.