Latvijā zināmas 573 ķērpju sugas (2017). Turpinoties pētījumiem, ķērpju sugu saraksts papildinās. Ķērpjiem piemīt īpašības un pazīmes, kas raksturīgas gan sēnēm, gan aļģēm, gan tikai ķērpjiem. Ķērpjus pieskaita sēņu (Fungus) valstij un klasificē atbilstoši ķērpju laponī esošajai sēnei. Ķērpji aug barības vielām nabadzīgu mežu zemsedzē, uz koku mizas, akmeņiem, sūnām, kā arī ūdenī uz akmeņiem. Ķērpji ir lēni augoši organismi. Vienkāršākie krevju ķērpji izaug par vienu milimetru gadā, lapu un krūmu ķērpji – līdz trijiem centimetriem gadā. Ķērpji vairojas dzimumiski ar sēnes veidotajām sporām, bezdzimumiski ar bezdzimumvairošanās sporām – konīdijām, kā arī veģetatīvi ar lapoņa fragmentiem, sorēdijām un izīdijām. Ķērpji bija vieni no pirmajiem organismiem, kas parādījās tagadējā Latvijas teritorijā. Ledājam sākot atkāpties (pirms 16–17 gadu tūkstošiem), barības vielām nabadzīgais substrāts un vēsie klimatiskie apstākļi bija piemēroti pirmajiem ķērpjiem. Klimatam kļūstot siltākam, parādījās koki, uz kuriem varēja sākt augt epifītiskie ķērpji.
Uz augsnes augošie ķērpji sastopami galvenokārt sausos, barības vielām nabadzīgos priežu mežos. Auglīgākos augšanas apstākļos tos izkonkurē sūnas un citi augi. Priežu mežu un ķērpju seguma atjaunošanās dabiski notiek pēc mežu ugunsgrēka, kura laikā izdeg pamežs, paauga, sūnas, lakstaugi un sīkkrūmi. Notiek auglīgās augsnes mineralizācija.