Latvijā zināmas 573 ķērpju sugas (2017). Turpinoties pētījumiem, ķērpju sugu saraksts papildinās. Ķērpjiem piemīt īpašības un pazīmes, kas raksturīgas gan sēnēm, gan aļģēm, gan tikai ķērpjiem. Ķērpjus pieskaita sēņu (Fungus) valstij un klasificē atbilstoši ķērpju laponī esošajai sēnei. Ķērpji aug barības vielām nabadzīgu mežu zemsedzē, uz koku mizas, akmeņiem, sūnām, kā arī ūdenī uz akmeņiem. Ķērpji ir lēni augoši organismi. Vienkāršākie krevju ķērpji izaug par vienu milimetru gadā, lapu un krūmu ķērpji – līdz trijiem centimetriem gadā. Ķērpji vairojas dzimumiski ar sēnes veidotajām sporām, bezdzimumiski ar bezdzimumvairošanās sporām – konīdijām, kā arī veģetatīvi ar lapoņa fragmentiem, sorēdijām un izīdijām. Ķērpji bija vieni no pirmajiem organismiem, kas parādījās tagadējā Latvijas teritorijā. Ledājam sākot atkāpties (pirms 16–17 gadu tūkstošiem), barības vielām nabadzīgais substrāts un vēsie klimatiskie apstākļi bija piemēroti pirmajiem ķērpjiem. Klimatam kļūstot siltākam, parādījās koki, uz kuriem varēja sākt augt epifītiskie ķērpji.

Uz augsnes augošie ķērpji sastopami galvenokārt sausos, barības vielām nabadzīgos priežu mežos. Auglīgākos augšanas apstākļos tos izkonkurē sūnas un citi augi. Priežu mežu un ķērpju seguma atjaunošanās dabiski notiek pēc mežu ugunsgrēka, kura laikā izdeg pamežs, paauga, sūnas, lakstaugi un sīkkrūmi. Notiek auglīgās augsnes mineralizācija.

Mežu zemsedzē dominē dažādas kladoniju (Cladonia) sugas. Briežu kladonija (C. rangiferina) ir gaiši pelēks, bagātīgi zarots ķērpis ar brūnām piknīdām galos. Piknīdās attīstās bezdzimumvairošanās sporas. Saulainās vietās bieži sastopama meža kladonija (C. arbuscula) un slaidā kladonija (C. gracilis). Retāk sastopama zvaigžņveida kladonija (C. stellaris), kuras laponis līdzinās mazam, pelēkam krūmiņam. Uz koku mizas bieži sastopama rievainā parmēlija (Parmelia sulcata), pūslīšu hipogimnija (Hypogymnia physodes), klijainā pseidevernija (Pseudevernia furfuracea). Uz trūdošas koksnes, celmiem un koku pamatnēm aug bārkstainā kladonija (Cladonia fimbriata), kā arī pirkstainā kladonija (C. digitata), kurai raksturīgi sarkani apotēciji. Uz koku zariem un mizas bieži redzams dzeltenais sienasķērpis (Xanthoria parietina). Vietās ar nepiesārņotu gaisu atrodamas ramalīnu (Ramalina spp.) sugas. Ramalīnas ir pelēkas krāsas krūmu ķērpji. Īsmatainā usneja (Usnea hirta) ir līdz pieciem centimetriem garš, bārdai līdzīgs, zaļpelēks ķērpis, kas bieži aug uz priežu mizas. Pavelkot tās lapoņa pavedienu, atsedzas balta serde, ko veido sēnes hifas. Balti pelēks kreves ķērpis ar miltainu virsmu ir rūgtā pertuzārija (Pertusaria amara). Sastopama nelielos laukumos uz koku mizas. Pieliekot mēli šim ķērpim, jūtama rūgta garša. Priežu vulpicida (Vulpicida pinastri) ir epifītisks, gaiši dzeltens ķērpis, kas aug uz kritalām un koku, īpaši bērzu, mizas. Priežu vulpicida ir indīga. Strautos, seklās upēs uz akmeņiem reti sastopamas verukāriju sugas (Verrucaria aquatilis; V. hydrella; V. maura). Verukārijas ir krevju ķērpji, kas cieši piestiprinās substrātam.

Ķērpjus izmanto kā gaisa piesārņojuma indikatorus. Tie ir jutīgi pret sēra dioksīdu, slāpekļa oksīdu, oglekļa dioksīdu, fluorogļūdeņražiem un citiem ķīmiskiem savienojumiem. Piesārņojums traucē ķērpju fotosintēzi, panīkst augļķermeņi. Palielinoties piesārņojumam, pirmie izzūd krūmu ķērpji, pēc tam – lapu un krevju ķērpji. Izturīgāki ir dzeltenais sienas ķērpis un fiscijas, kas sastopami arī Rīgas centra apstādījumos.

Dabiska meža atpazīšanā izmanto ķērpjus, kas aug uz koku stumbriem un zariem. Ķērpju sugas, kas sastopamas ilgstoši nepārveidotos meža apgabalos, reti vai nemaz nav sastopamas intensīvi apsaimniekotā mežā. Izņēmums ir rakstu ķērpis (Graphis scripta), kas aug dažādos mežos ar palielinātu gaisa mitrumu. Rakstu ķērpis aug uz lazdām, melnalkšņiem un citu koku mizas, un tā apotēciji līdzinās senām rakstu zīmēm. Dižegļu lekanaktis (Lecanactis abietina) ir pelēcīgi balts kreves ķērpis, kas aug uz egļu, ozolu, retāk – citu koku mizas. Dižegļu lekanaktis ieskrāpējot kļūst dzeltens. Mežos ar lielu gaisa mitrumu sastopama zvīņainā telotrēma (Thelotrema lepadinum). Šī pelēkās krāsas kreves ķērpja apotēcijiem ir divas apmales, pēc kurām suga viegli atšķirama no līdzīgiem ķērpjiem. Tuvumā apotēciji atgādina mazus vulkānus.

Augstas vērtības indikatorsuga ir parastais plaušķērpis (Lobaria pulmonaria). Tas aug saimnieciskās darbības neskartos mežos uz lapu koku mizas. Suga ir gaismprasīga. Sausā laikā tās laponis ir pelēcīgs, bet mitrā – koši zaļš. Islandes cetrāriju (Cetraria islandica) izmanto ārstniecībā; tai piemīt baktericīdas, antiseptiskas, mīkstinošas un organismu spēcinošas īpašības. Islandes cetrārija aug sausu priežu mežu zemsedzē. Sugai gar lapoņa daivu malām redzamas tumšas skropstiņas, bet lapoņa daivu apakšpusē gaiši laukumiņi – pseidocifellas. Lapoņa krāsa atkarībā no mitruma un augšanas apstākļiem, īpaši apgaismojuma, variē no zaļas līdz tumši brūnai. Bieži sastopamos ķērpjus (klijaino pseideverniju, rievaino parmēliju) izmanto arī dziju krāsošanai. Atkarībā no izmantotā kodinātāja var iegūt dzeltenas, brūnas, pelēkas, zaļas krāsas dziju.

Latvijā aizsargājamas ir 60 ķērpju sugas, 37 no tām ir mikroliegumu sugas (2017). Ķērpjus apdraud intensīva mežsaimniecība, jo daudzas retas ķērpju sugas atrodamas vecos mežos, kuros ir pastāvīgi palielināta mitruma apstākļi. Uz augsnes augošos ķērpjus apdraud biotopu eitrofikācija – bagātināšanās ar barības vielām, kas samazina ķērpju spēju konkurēt ar augumā lielākajiem augiem.