Ceturtā deportācija sastāvēja no vairākām atsevišķām operācijām. Pirmā bija Rietumukrainā 22.05.1941., tai sekoja Moldāvija un Rumānijai atņemtie Ukrainas PSR apgabali (Černivcu un Izmailas), kur akcija sākās naktī no 12. uz 13. jūniju. Trešā operācija aptvēra Lietuvu, Latviju un Igauniju – naktī no 13. uz 14. jūniju. Ceturtā operācija notika Rietumbaltkrievijā naktī no 19. uz 20. jūniju. Katrai operācijai bija paredzēta viena diena. Lai gan lielāko daļu izdevās aizturēt uzreiz, izbēgušo meklēšana turpinājās vairākas dienas.
1941. gada deportācijās tika ieviesta jauna pieeja, kuras nebija 1940. gadā – deportējamos pēc tiesiskā statusa un soda veida sadalīja trīs grupās: 1) “pretpadomju elementi” (“kontrrevolucionāro” partiju un sabiedrisko organizāciju biedri, agrākā valsts varas aparāta augstākie ierēdņi, pārstāvji, policisti, virsnieki, fabrikanti, tirgotāji, namīpašnieki, lielie zemes īpašnieki u. c. pret padomju varu naidīgi noskaņotas personas), kurus bija paredzēts uzreiz arestēt, ievietot karagūstekņu nometnēs un notiesāt ar Sevišķās apspriedes lēmumiem uz 5–8 gadiem (IeTK terminoloģijā – A grupa). Sākoties karam, arestētos no karagūstekņu nometnēm pārvietoja uz Gulaga nometnēm, bet piespriestie sodi bija bargāki; 2) arestēto ģimenes locekļi (B grupa), kurus bija paredzēts deportēt uz nometinājuma vietām uz 20 gadiem, piešķirot izsūtījumā nometināto (ccыльнопоселенцы) statusu; šai grupai var pieskaitīt arī nelielu prostitūtu kontingentu, kuru bija paredzēts izsūtīt uz pieciem gadiem; 3) krimināli elementi – recidīvisti, kurus bija paredzēts uzreiz arestēt un ievietot Gulaga nometnēs uz 5–8 gadiem. Pilnībā šis princips tika īstenots tikai Baltijā. Bija atļauts ņemt līdzi tikai 100 kg mantu uz ģimeni. Kopējais šīs operācijas upuru skaits ir apmēram 106 000–87 000 nometināto un 19 000 arestēto.
14.05.1941. tika pieņemts Vissavienības komunististiskās (boļševiku) partijas (VK(b)P) Centrālkomitejas (CK) un PSRS Tautas komisāru padomes (TKP) lēmums par deportāciju no Rietumukrainas. Tas ir vienīgais zināmais PSRS vadības lēmums par 05.–06.1941. deportācijām. Ir zināms lēmuma projekts par deportācijām no Baltijas, kuru 16.05. nosūtīja J. Staļinam, kā arī lēmuma projekts par Rietumbaltkrieviju, kas bija sagatavots parakstīšanai 21.05. Par Moldāviju nav atrasts pat lēmuma projekts.