Vēsturnieki un arhīvisti Nikolajs Poboļs (Николай Львович Поболь) un Pāvels Poļans (Павел Маркович Полян) 2005. gadā norādīja uz virkni apsvērumu, kas viņiem lika apšaubīt instrukcijas autentiskumu: a) parasti šāda tipa dokumentus parakstīja iekšlietu vai valsts drošības tautas komisāri, nevis viņu vietnieki (piemēram, atbilstoša līmeņa IeTK dokumentu – pasākumu plānu no Baltijas un Moldovas izsūtīto iedzīvotāju etapēšanu, izvietošanu un iekārtošanu darbā 14.05.1941. bija parakstījis tautas komisārs L. Berija); b) dokumentam ir politiska preambula, kas nebija pieņemta šāda tipa PSRS drošības institūciju dokumentos; c) instrukcija pēc apjoma ir neparasti gara, kas arī nav raksturīgs citiem šāda veida dokumentiem; d) atsevišķas stilistiskas īpatnības liek domāt, ka dažas dokumenta daļas ir pārtulkotas krievu valodā no kādas citas valodas (vācu?), lai gan pamatā tas balstās uz īstu krieviski sastādītu dokumentu tekstiem.
Tomēr vairums minēto iebildumu būtu pamatoti tad, ja Serova instrukcija patiešām būtu dokuments, kas aprakstītu VDTK uzdevumus deportācijas akcijā. Taču tas apraksta tikai vienu, lai gan ļoti svarīgu deportācijas etapu – ģimeņu arestus un nogādāšanu līdz ešeloniem. Iespējams, ka atbilde meklējama citā dokumentā. I. Serovs 04.06. parakstīja apriņķu VDTK nodaļu priekšniekiem adresētu pasākumu uzskaitījumu, kas jāveic, lai sagatavotos deportācijai. Dokuments ir no Lietuvas Īpašā arhīva un to publicējušas Nijole Maslauskiene (Nijolė Maslauskienė) un Inga Petravičūte (Inga Petravičiūtė), bet pārpublicējis Aleksandrs Djukovs (Александр Решидеович Дюков). Dokumenta 3. punktā teikts: “Rūpīgi izpētīt tautas komisāra vietnieka Serova apstiprināto instrukciju par operācijas īstenošanu, un pēc šīs instrukcijas apriņķa nodaļas priekšnieks veiks viņa rīcībā ieradušos operatīvo sastāvu” (Тщательно изучить инструкцию по проведении операции, утвержденную зам. наркома – тов. СЕРОВЫМ, и по этой инструкции начальник уездного отдела будет проводить инструктаж прибывшего в его распоряжение оперативного состава). Tādējādi instrukcija bija zemāka līmeņa dokuments, kas bija domāts, lai detalizēti izskaidrotu operatīvajam sastāvam, t. i., operatīvo grupu vadītājiem, kas un kā viņiem jādara, arestējot cilvēkus un nogādājot viņus dzelzceļa stacijās. Šāda dokumenta parakstīšana pilnīgi varēja atbilst I. Serova atbildības sfērai. Arī citās 1940.–1941. gada operācijās pastāvēja sīkas konkrētas instrukcijas apriņķu “trijniekiem” un operatīvajām grupām par to, kā jāīsteno deportācijas operācija. 21.01.1940. I. Serovs, kurš tolaik bija Ukrainas PSR iekšlietu tautas komisārs, apstiprināja kolonistu (poļu osadnicy) un mežsargu deportācijas plānu Ļvivas apgabalam, kurā nosaukti seši plānam pielikumā pievienotie dokumenti, t. sk. instrukcija apriņķu “trijniekiem”, un instrukcija operatīvajām grupām. Iespējams, ka Serova instrukcija ir tieši pēdējā tipa dokuments. Jau agrāk izteikts viedoklis, ka I. Serovs instrukciju, kura bija sastādīta laikā, kad viņš īstenoja deportācijas Rietumukrainā, varēja izmantot, lai sastādītu atbilstošu instrukciju 1941. gada jūnija deportācijām, jau būdams PSRS valsts drošības tautas komisāra vietnieks. Tas ir pilnīgi iespējams, jo deportāciju īstenošana visās 1939.–1940. gadā anektētajās teritorijās tika modelētas pēc vienotiem principiem. 1941. gada jūnija deportācijas sagatavošanas posmā identificēti dokumenti, kas balstās vai pat ir vienkārši nokopēti no instrukcijām un rīkojumiem, kas bija sagatavoti saistībā ar 1940. gada deportācijām no Rietumbaltkrievijas un Rietumukrainas.
Dokumenti, kas vēsturnieku rīcībā ir mūsdienās, ļauj izdarīt secinājumu, ka Serova instrukcija bija nevis augstākā, bet gan vidējā līmeņa dokuments, kas bija domāts operatīvo grupu vajadzībām. Tas izskaidro arī šā dokumenta ļoti lielo detalizācijas pakāpi. Šie apsvērumi drīzāk runā par labu dokumenta autentiskumam, lai gan zināmas šaubas saglabājas, bet tās varēs kliedēt tikai tad, kad pētnieku rīcībā nonāks pilnīgāks dokumentu korpuss par deportāciju sagatavošanu, kas šobrīd atrodas Krievijas Federālā drošības dienesta centrālajā arhīvā.
