Vēsturniekiem ir pieejams samērā nedaudz oficiālo dokumentu saistībā ar 1941. gada 14. jūnija deportāciju no Latvijas. Pieejamos dokumentus var sadalīt divās grupās. Pirmajā ietilpst dokumenti, kurus padomju institūcijas pameta atkāpšanās laikā Vācijas–PSRS kara sākumā 1941. gada jūnija beigās un jūlijā. Visvairāk dokumentu par deportācijām tika iegūts Lietuvā. Šie dokumenti bija faktiski vienīgie, uz kuriem vēsturnieki varēja balstīties līdz 80. gadu beigām un 90. gadu sākumam, kad sāka atvērties padomju arhīvi. Otrajā grupā ir dokumenti, kas iegūti un publicēti pēc padomju arhīvu atvēršanās (Baltijas valstu un Maskavas arhīvos). Lai gan tie ir būtiski papildinājuši vēsturnieku priekšstatus par 1941. gada 14. jūnija deportācijas sagatavošanu, tomēr vairākas ļoti būtiskas dokumentu grupas, kas atrodas Krievijas arhīvos, it sevišķi Valsts drošības tautas komisariāta (VDTK) dokumenti, joprojām nav pieejamas. Tādēļ trofeju dokumenti saglabā savu nozīmi pētniecībā.

Serova instrukcija pirmo reizi publicēta krievu valodā Otrā pasaules kara laikā (1941. gads) Berlīnē izdotajā propagandas brošūrā “Padomju Savienība un Baltijas valstis” (Die Sowjetunion un die Baltishen Staaten). Brošūrai bija 11 pielikumi, lielākā daļa no tiem ir dokumenti par 1941. gada 14. jūnija deportāciju. Viens no tiem bija minētā instrukcija. Instrukcija tika publicēta kā oriģinālā dokumenta mašīnraksta kopijas faksimils krievu valodā (9 lpp.), kā arī vācu tulkojumā. Instrukciju bija parakstījis PSRS valsts drošības komisāra vietnieks 3. ranga valsts drošības komisārs Ivans Serovs (Ивaн Алексaндрович Серoв). Dokumentam nebija ne datuma, ne numura, ne arī kādu citu lietvedības rekvizītu, izņemot neidentificējamu parakstu, kas apstiprināja kopiju. Dokuments pēc Otrā pasaules kara tulkojumā ir reproducēts citos izdevumos.

Serova instrukcijai ir visai samudžināta tālākā vēsture, kas joprojām rada pārpratumus kā profesionālu vēsturnieku, tā arī populārās publikācijās. 1951. gadā instrukcijas teksts angļu tulkojumā tika publicēts Stokholmā Latviešu Nacionālā fonda Skandināvijā izdotajā no Latvijas deportēto sarakstā These Names Accuse (otrais, papildinātais izdevums 1982. gadā), bet bija nosaukts par pavēli ar numuru 001223. Tika apgalvots, ka dokuments ir atrasts kara sākumā Valkā pēc Sarkanās armijas atkāpšanās. Krievu oriģināls netika publicēts, bet tika apgalvots, ka tas atrodas Londonā. Lai gan pielikumā datums nebija norādīts, krājuma priekšvārdā bija minēts, ka dokuments apstiprināts 11.10.1939., kas varētu radīt iespaidu, ka deportāciju plāni tika izstrādāti jau pirms Baltijas valstu okupācijas. 1953. gadā Amerikas Savienoto Valstu (ASV) Senāta izmeklēšanas komisija arī identificēja šo dokumentu kā Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) Iekšlietu Tautas komisariāta (IeTK; NKVD, Народный комиссариат внутренних дел, НКВД) 1939. gada 11. oktobra direktīvu Nr. 001223. ASV Senāta slēdziens dokumentam ar šādu datējumu un numuru pavēra ceļu plašākai publicitātei un priekšstatam par to kā vienu no galvenajiem deportācijas dokumentiem.

70. gados somu vēsturnieks Sepo Milliniemi (Seppo Myllyniemi) norādīja, ka I. Serovs pavēli Nr. 001223 nevarēja parakstīt 10.1939., jo tajā laikā VDTK nepastāvēja (VDTK atdalīja no IeTK 03.02.1941.), turklāt I. Serovs tajā laikā bija Ukrainas PSR iekšlietu tautas komisārs, kura kompetencē neietilpa PSRS līmeņa dokumentu izstrāde, vēl jo vairāk viņš nevarēja izdot IeTK pavēles. Jāpiebilst, ka I. Serova parakstītais dokuments pēc formas patiešām ir instrukcija, nevis pavēle, respektīvi, tas ir zemāka līmeņa dokuments.

Mūsdienās, kad pieejams plašāks publicēto direktīvo dokumentu masīvs, ir pilnīgi skaidrs, ka pavēle Nr. 001223 ar tekstu, kas tekstuāli būtu identiska Berlīnē publicētajai instrukcijai, nekad nav pastāvējusi. Runa ir par diviem pilnīgi dažādiem dokumentiem. Patiešām, 11.10.1939. ar Nr. 001223 izdota PSRS iekšlietu tautas komisāra Lavrentija Berijas (krievu Лаврентий Павлович Берия, gruzīnu ლავრენტი პავლეს ძე ბერია) pavēle “Par aģentūras izstrādē atklāto pretpadomju elementu vienotas operatīvās uzskaites sistēmas ieviešanu” (О введении единой системы оперативного учета антисоветских элементов, выявляемых агентурной разработкой). Pavēle attiecās uz visu PSRS teritoriju un tās izdošanas iemesls bija sakārtot un unificēt IeTK iestāžu operatīvo uzskaiti, kas attiecās uz ziņām par “kontrrevolucionāriem elementiem”. Pavēlei klāt pieliktajā instrukcijā bija uzskaites kategoriju, politisko “nokrāsu” pēc kurām jāsakārto uzskaites lietas, saraksts. Pēc Baltijas valstu aneksijas šī klasifikācija bija jāievieš arī tajās. Lietuvas PSR VDTK dokumentos 1941. gadā sastopamas atsauces uz šo dokumentu, tieši saistībā ar šīs uzskaites sistēmas ieviešanu un grūtībām, ko tā radīja. Taču šādas uzskaites veidošana nenozīmēja, ka cilvēki, kas tajā bija iekļauti, automātiski bija pakļauti arestam vai deportācijai. Turklāt nav arī zināms, cik kvalitatīva šī uzskaite bija 05.1941., kad sāka sastādīt deportējamo sarakstus.

Pārpublicējumu procesā Serova instrukcija pēdējos gadu desmitos dažās publikācijās (kā grāmatās, tā arī internetā) ir ieguvusi datumu un numuru, kuru tai nebija oriģinālajā publikācijā – Nr. 2192, 1941. gada 21. janvārī. Kā tas ir radies, nav gluži skaidrs, katrā ziņā neviens no tiem nav atrodams ne oriģinālajā, ne arī vēlākās akadēmiskajās publikācijā. Turklāt datējums ar 21.01. ir tikpat neiespējams, kā ar 10.1939., jo VDTK atdalīja no IeTK 03.02.1941. Arī lēmums par deportāciju tika pieņemts maija vidū, kad sākās tās gatavošana, tādēļ visticamākais instrukcijas datējums varētu būt 1941. gada jūnija pirmā puse.

Serova instrukcijas teksts padomju arhīvos joprojām nav atrasts. Tomēr liela daļa vēsturnieku to uzskata par ticamu. Tas publicēts Latvijas Valsts arhīva izdotajā dokumentu krājumā “Okupācijas varu politika Latvijā, 1939–1991” un pārpublicēts virknē citu akadēmisku publikāciju.

Vēsturnieki un arhīvisti Nikolajs Poboļs (Николай Львович Поболь) un Pāvels Poļans (Павел Маркович Полян) 2005. gadā norādīja uz virkni apsvērumu, kas viņiem lika apšaubīt instrukcijas autentiskumu: a) parasti šāda tipa dokumentus parakstīja iekšlietu vai valsts drošības tautas komisāri, nevis viņu vietnieki (piemēram, atbilstoša līmeņa IeTK dokumentu – pasākumu plānu no Baltijas un Moldovas izsūtīto iedzīvotāju etapēšanu, izvietošanu un iekārtošanu darbā 14.05.1941. bija parakstījis tautas komisārs L. Berija); b) dokumentam ir politiska preambula, kas nebija pieņemta šāda tipa PSRS drošības institūciju dokumentos; c) instrukcija pēc apjoma ir neparasti gara, kas arī nav raksturīgs citiem šāda veida dokumentiem; d) atsevišķas stilistiskas īpatnības liek domāt, ka dažas dokumenta daļas ir pārtulkotas krievu valodā no kādas citas valodas (vācu?), lai gan pamatā tas balstās uz īstu krieviski sastādītu dokumentu tekstiem.

Tomēr vairums minēto iebildumu būtu pamatoti tad, ja Serova instrukcija patiešām būtu dokuments, kas aprakstītu VDTK uzdevumus deportācijas akcijā. Taču tas apraksta tikai vienu, lai gan ļoti svarīgu deportācijas etapu – ģimeņu arestus un nogādāšanu līdz ešeloniem. Iespējams, ka atbilde meklējama citā dokumentā. I. Serovs 04.06. parakstīja apriņķu VDTK nodaļu priekšniekiem adresētu pasākumu uzskaitījumu, kas jāveic, lai sagatavotos deportācijai. Dokuments ir no Lietuvas Īpašā arhīva un to publicējušas Nijole Maslauskiene (Nijolė Maslauskienė) un Inga Petravičūte (Inga Petravičiūtė), bet pārpublicējis Aleksandrs Djukovs (Александр Решидеович Дюков). Dokumenta 3. punktā teikts: “Rūpīgi izpētīt tautas komisāra vietnieka Serova apstiprināto instrukciju par operācijas īstenošanu, un pēc šīs instrukcijas apriņķa nodaļas priekšnieks veiks viņa rīcībā ieradušos operatīvo sastāvu” (Тщательно изучить инструкцию по проведении операции, утвержденную зам. наркома – тов. СЕРОВЫМ, и по этой инструкции начальник уездного отдела будет проводить инструктаж прибывшего в его распоряжение оперативного состава). Tādējādi instrukcija bija zemāka līmeņa dokuments, kas bija domāts, lai detalizēti izskaidrotu operatīvajam sastāvam, t. i., operatīvo grupu vadītājiem, kas un kā viņiem jādara, arestējot cilvēkus un nogādājot viņus dzelzceļa stacijās. Šāda dokumenta parakstīšana pilnīgi varēja atbilst I. Serova atbildības sfērai. Arī citās 1940.–1941. gada operācijās pastāvēja sīkas konkrētas instrukcijas apriņķu “trijniekiem” un operatīvajām grupām par to, kā jāīsteno deportācijas operācija. 21.01.1940. I. Serovs, kurš tolaik bija Ukrainas PSR iekšlietu tautas komisārs, apstiprināja kolonistu (poļu osadnicy) un mežsargu deportācijas plānu Ļvivas apgabalam, kurā nosaukti seši plānam pielikumā pievienotie dokumenti, t. sk. instrukcija apriņķu “trijniekiem”, un instrukcija operatīvajām grupām. Iespējams, ka Serova instrukcija ir tieši pēdējā tipa dokuments. Jau agrāk izteikts viedoklis, ka I. Serovs instrukciju, kura bija sastādīta laikā, kad viņš īstenoja deportācijas Rietumukrainā, varēja izmantot, lai sastādītu atbilstošu instrukciju 1941. gada jūnija deportācijām, jau būdams PSRS valsts drošības tautas komisāra vietnieks. Tas ir pilnīgi iespējams, jo deportāciju īstenošana visās 1939.–1940. gadā anektētajās teritorijās tika modelētas pēc vienotiem principiem. 1941. gada jūnija deportācijas sagatavošanas posmā identificēti dokumenti, kas balstās vai pat ir vienkārši nokopēti no instrukcijām un rīkojumiem, kas bija sagatavoti saistībā ar 1940. gada deportācijām no Rietumbaltkrievijas un Rietumukrainas.

Dokumenti, kas vēsturnieku rīcībā ir mūsdienās, ļauj izdarīt secinājumu, ka Serova instrukcija bija nevis augstākā, bet gan vidējā līmeņa dokuments, kas bija domāts operatīvo grupu vajadzībām. Tas izskaidro arī šā dokumenta ļoti lielo detalizācijas pakāpi. Šie apsvērumi drīzāk runā par labu dokumenta autentiskumam, lai gan zināmas šaubas saglabājas, bet tās varēs kliedēt tikai tad, kad pētnieku rīcībā nonāks pilnīgāks dokumentu korpuss par deportāciju sagatavošanu, kas šobrīd atrodas Krievijas Federālā drošības dienesta centrālajā arhīvā.