Kvalitātes kontrole pārtikas uzņēmumos sastāv no iekšējās kontroles sistēmas (izejvielu, saņemto pārtikas produktu, tehnoloģiskā procesa un gatavās produkcijas kontroles) un darbībām ražošanas procesā. Labas higiēnas prakse, LHP (Good Hygiene Practice, GHP), un labas ražošanas prakse, LRP (Good Manufacturing Practice, GMP), ir pirmā kvalitātes sistēmas pakāpe ražošanā. LHP nodrošina ražošanas procesa higiēnisko vidi, kas patērētājam garantē veselīgu un drošu gatavo produktu. LHP pamatprincipi un posmi ir noteikti Pārtikas kodeksā (Codex Alimentarius). Labā ražošanas praksē, realizējot efektīvu ražošanu un kvalitātes vadību, tiek nodrošināts noteiktām kvalitātes prasībām atbilstošs gatavais produkts. Saražotajiem pārtikas produktiem ir jābūt cilvēka veselībai nekaitīgiem. Produkta nekaitīgumu garantē uzņēmumā veiktie specifiskie ražošanas kontroles pasākumi atbilstoši izstrādātai pārtikas drošības sistēmai, ievērojot riska analīzi kritiskajos kontroles punktos – HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point, HACCP) principus. Pārtikas kodeksā definēti septiņi HACCP pamatprincipi, kurus pārtikas pārstrādes uzņēmumā ievieš 14 etapos. HACCP principi obligāti jāievieš visiem pārtikas ķēdē iesaistītajiem uzņēmumiem. To nosaka Eiropas Parlamenta un Padomes Regula (EK) Nr. 852/2004. HACCP ir analītiska riska analīzes metode, kas ļauj paredzēt un identificēt iespējamo piesārņojumu pārtikā un noteikt tā varbūtējo ietekmi uz cilvēka veselību. Riska analīzē nosaka varbūtējos apdraudējumus (bioloģiskos: nevēlamas dzīvas būtnes un mikroorganismus; ķīmiskos: ķīmiskās vielas izejvielā, alerģiju izraisošās vielas un piesārņojumu, kas radies no higiēnas prasību neievērošanas uzņēmumā; fizikālos: izejvielai un produktam netipiskus svešķermeņus), šo apdraudējumu cēloņus un novērtē to radīto risku iespējamo iedarbību. Riska novērtējuma modelis sastāv no riska novērtējuma (riska cēloņa identifikācijas, raksturojuma, praktiskā novērtējuma un riska raksturojuma), riska vadības (riska kontroles procedūru izvēles, īstenošanas, pārraudzības, novērtējuma) un riska izplatības. Riska novērtējumā nosaka tehnoloģiskā procesa etapus, kuri var būtiski ietekmēt produkta drošību, un ievieš korektūras apdraudējumu novēršanai.
Kvalitātes sistēmu sertifikācijai izmanto Starptautiskās Standartizācijas organizācijas, ISO (International Organisation for Standartisation, ISO), izstrādātos kvalitātes pārvaldības sistēmas standartus, piemēram, ISO 9001, ISO 22000, ISO 14000.