Pārtikas mikrobioloģija ir starpdisciplināra nozare, kas cieši saistīta ar ķīmijas, bioloģijas, fizikas un medicīnas zinātņu atziņām. Tā izveidojusies par patstāvīgu nozari, kas papildina citas zinātņu nozares, t. sk. pārtikas zinātni un tās apakšnozares, piemēram, pārtikas tehnoloģiju, pārtikas inženierzinātni un citas. Pārtikas mikrobioloģija pēta mikroorganismu vairošanās likumsakarības fermentācijas procesu nodrošināšanai alus, vīna, skābpiena produktu, siera u. c. gatavošanā, kvalitātes kontrolē un produktu nekaitīguma nodrošināšanā. Pārtikas mikrobioloģijā pētījuma objekts ir pārtikā derīgie un nevēlamie mikroorganismi, to metabolīti, probiotikas (mikroorganismu kultūras, kas labvēlīgi ietekmē gremošanas traktu un organisma veselību). Galvenie mērķi pārtikas mikrobioloģijā ir pārtikas rūpniecības tehnoloģisko procesu pilnveide, nozīmīgu mikroorganismu pielietojums pārstrādē un pārtikas kontaminantu riska vadība (piesārņojums ar svešām vielām – vīrusiem, šūnu parazītiem, infekciju slimību ierosinātājiem, kas spēj vairoties tikai dzīvā šūnā; baktērijām, pelējumiem, raugiem).