Vēsture Baldones observatorija izveidota padomju okupācijas laikā. 1946. gada 1. jūlijā LPSR Zinātņu akadēmijas Fizikas un matemātikas institūtā izveidota Astronomijas sekcija (vēlāk: Astronomijas sektors Fizikas institūtā), ko vadīja latviešu astronoms Fricis Blumbahs, bet no 1948. gada 1. novembra – Jānis Ikaunieks. Jau tajā laikā radās iecere par observatorijas būvniecību, bet pētnieku vidū nebija vienprātības par tai piemērotāko atrašanās vietu. 20. gs. 50. gadu pirmajā pusē LPSR astronomi vairākkārt devās izbraukumos pa LPSR teritoriju, lai izraudzītos labāko vietu astronomisko pētījumu veikšanai, līdz 1954. gadā tika pieņemts lēmums par būvniecību Riekstukalnā pie Baldones. Riekstukalns atrodas 80 metrus virs jūras līmeņa, un to no apkārtnes izolē mežu masīvs, kas nodrošina labus apstākļus debess ķermeņu novērošanai.
1954. gadā LPSR astronomi kopā ar kolēģiem no Igaunijas Padomju Sociālistiskās Republikas (IPSR) devās ekspedīcijā uz Šilutē Lietuvā, lai novērotu pilno Saules aptumsumu, uzsākot pirmos Saules novērojumus. 1957. gadā sākās pirmie observatorijas būvdarbi – Riekstukalnā tika uzcelta pirmā laboratorijas ēka (pazīstama ar nosaukumu “Baltā māja”). Tuvāko divu gadu laikā tika uzbūvēti vēl četri novērošanas paviljoni.
1958. gada 1. janvārī Astronomijas sektors tika atdalīts no Fizikas institūta un uzsāka patstāvīgu darbību kā LPSR Zinātņu akadēmijas Astrofizikas laboratorija. Par tās direktoru kļuva J. Ikaunieks. Tajā pašā gadā Riekstukalnā tika uzstādīta aparatūra mākslīgo Zemes pavadoņu radio signālu uztveršanai, kas līdz tam tika veikti Zinātņu akadēmijas Astrofizikas laboratorijā Rīgā.
1959. gadā vienā no paviljoniem tika iekārtota telpa ar atbīdāmu jumtu, kurā tika uzstādīts tobrīd lielākais teleskops Latvijas teritorijā (objektīva diametrs 20 cm) un viens no diviem Padomju Sociālistisko Republiku Savienībā (PSRS) esošajiem elektrofotometriem, ar kuru tika noteiktas debess ķermeņu fizikālās īpašības.

No kreisās: Arvīds Lūsis, Jānis Ikaunieks, Ilga Daube, Linards Reiziņš Baldones Astrofizikas laboratorijas 20 cm astrogrāfu apskates laikā. Ķekavas novads, 1959. gads.
Fotogrāfs nezināms. Avots: Baldones muzejs.
1961. gadā tika pabeigts projekta uzdevums daudzantenu mainīgas bāzes radiointerferometram, kas guva ievērību un atzinību PSRS radioastronomu vidū. Tuvāko gadu laikā radiointerferometra trasēs jau sākās pirmie būvdarbi.
1965. gadā no Vācijas Demokrātiskās Republikas (uzņēmums Carl Zeiss Jena) Riekstukalnā tika piegādāts Šmita sistēmas teleskops. Tā uzstādīšana tika pabeigta 1966. gadā – paviljona ēku uzbūvēja apkārt teleskopa pamatnei jeb teleskopa pēdai, kas iebetonēta pamatiezī. Naktī no 1966. gada 7. uz 8. decembri Baldones observatorijā ar to tika iegūts pirmais fotouzņēmums. Baldones observatorijas Šmita teleskopam spoguļa diametrs ir 120 cm, bet korekcijas plates diametrs 80 cm, redzes lauka diametrs gandrīz pieci grādi – leņķis, ko ietver 10 cits pie cita salikti Mēness diski. Paviljona kustīgais kupols kalpo teleskopa vajadzībām, bet pats teleskops nepārtraukti griežas pretēji zemeslodes rotācijai, lai sekotu zvaigznēm.
1964.–1965. gadā, Starptautiskajā “Mierīgās Saules gadā”, Astrofizikas laboratorijai uzticēja pildīt Saules radionovērojumu primārās apstrādes centra pienākumus visā PSRS reģionā.
1967. gada 1. decembrī (pēc PSRS Zinātņu akadēmijas prezidija akcepta 1965. gadā) LPSR Zinātņu akadēmijas Astrofizikas laboratorija tika pārveidota par Latvijas PSR Zinātņu akadēmijas Radioastrofizikas observatoriju. Par pirmo observatorijas direktoru kļuva Astrofizikas laboratorijas vadītājs J. Ikaunieks.

Jānis Ikaunieks demonstrē Šmita teleskopu. Ķekavas novads, ap 1967. gadu.
Fotogrāfs nezināms. Avots: Baldones muzejs.
1972. gadā ar radioteleskopu RT–10 (paraboliskā spoguļa diametrs 10 m) sākās Saules radiostarojuma kvaziperiodisko fluktuāciju reģistrēšana un pētījumi decimetru viļņu diapazonā. Uzstādīts arī radioteleskops RT–1 (spoguļa diametrs 1 m) Saules radiostarojuma novērojumiem centimetru viļņos.
1996. gadā pēc Starptautiskās Astronomijas savienības 177. simpozija “Karbona zvaigžņu fenomens” (The Carbon Star Phenomenon) Turcijā, Antaljā, Latvijas astronomiem tika uzticēta Vispārējā Galaktikas oglekļa zvaigžņu kataloga CGCS pārraudzība un pilnveidošana.
Pēc neatkarības atgūšanas, 1997. gadā, zinātnes reformas rezultātā Latvijas Zinātņu akadēmijas Radioastrofizikas observatorija tika iekļauta LU Astronomijas institūtā ar jaunu nosaukumu – Latvijas Universitātes Astrofizikas observatorija.
2004. gada maijā par Eiropas Reģionālās attīstības fonda (ERAF) līdzekļiem Jēnā (Vācija) no jauna tika aluminizēts Baldones Šmita teleskopa spogulis, kas atguva sākotnējo kvalitāti, un tika ieviests jauns starojuma uztvērējs – lādiņsaites matrica (charge coupled device, CCD).
2005. gadā observatorijas teritoriju Baldones Riekstukalnā tika ierosināts sadalīt četros atsevišķos nekustamos īpašumos un tos privatizēt, lai šajā teritorijā izveidotu tūrisma, sporta un atpūtas kompleksu. LU Astronomijas institūta vadītājs Arturs Balklavs-Grīnhofs vērsa sabiedrības uzmanību, lai Baldones observatorija gūtu valsts un starptautisku aizsardzību.
2010. gadā nodibināja asociāciju “FOTONIKA–LV”, kurā ietilpa trīs institūti – LU Astronomijas institūts (AI), LU Atomfizikas un spektroskopijas institūts (ASI) un LU Ģeodēzijas un ģeoinformātikas institūts (ĢĢI).
No 2011. līdz 2015. gadam LU AI kopā ar LU ASI un LU ĢĢI realizēja projektu Unlocking and Boosting Research Potential for Photonics in Latvia – Towards Effective Integration in the European Research area ar finansējumu 3 752 997,00 eiro apmērā. Projekts nodrošināja lielu pienesumu cilvēkresursu apmaiņas jomā ar Eiropas Savienības (ES) institūtiem un sniedza nodrošinājumu ar modernu aparatūru.
2018. gadā Baldones astronomiem sadarbībā ar Ventspils Starptautiskā radioastronomijas centra astronomiem izdevās iegūt 300 000,00 eiro lielu grantu uz trīs gadiem no Latvijas Zinātnes padomes, lai realizētu projektu “Kompleksie Saules sistēmas mazo ķermeņu pētījumi”.
2020. gada augustā Baldones observatorijā izdevās atklāt 20 jaunus asteroīdus, no kuriem seši jau apstiprināti Starptautiskās Astronomijas savienības Mazo planētu centrā (Minor Planet Center) Amerikas Savienotajās Valstīs (ASV).
Mūsdienās Baldones observatorija strādā pie jauniem pētījumiem un sadarbības projektiem, kā arī darbojas observatorijas kā tūrisma objekta popularizēšanā. Ir iespējama virtuālā tūre pa observatoriju, ekskursiju laikā apskatāms planetārijs, iespējams veikt zinātniskus eksperimentus un citas radošas aktivitātes.