Eiropas Komisija (EK), arī dēvēta par Komisiju (Comission), ir augstākā ES izpildinstitūcija. Tā sastāv no 27 locekļiem – pa vienam no katras dalībvalsts. Īstenojot savas pilnvaras, tā neatkarīgi darbojas tikai ES interesēs; EK nav tiesību iesaistīties kādā citā darbībā. Dalībvalstīm nav tiesību ietekmēt EK locekļus. 

Komisijai ir galvenā loma ES ikdienas darbību nodrošināšanā, lai īstenotu pamatlīgumus. Komisija nāk klajā ar likumdošanas iniciatīvām un pēc apstiprināšanas kontrolē to īstenošanu. ES tiesību aktu pārkāpumu gadījumā Komisijai ir tiesības izmantot sankcijas, arī pārsūdzēt Eiropas Kopienu Tiesā (Court of Justice of the European Communities). EK ir ievērojamas autonomas pilnvaras dažādās politikas jomās (lauksaimniecības, tirdzniecības, konkurences, transporta, reģionālās un citās). Komisija ir izpildinstitūcija, un tā pārvalda ES budžetu, dažādus fondus un programmas. 

Pēc Francijas ārlietu ministra Robēra Šūmaņa (Jean-Baptiste Nicolas Robert Schuman) priekšlikuma 09.05.1950. EK tika izveidota kā viena no piecām galvenajām institūcijām pārnacionālajā (dalībvalstis vienojās sarunu ceļā deleģēt pilnvaras institūcijai) Eiropas Kopienas (European Community) sistēmā. EK radās 1951. gadā kā Eiropas Ogļu un tērauda kopienas (European Coal and Steel Community, EOTK) Augstākā iestāde (High Authority). 1965. gadā līdz ar Apvienošanās līgumu (Merger Treaty) trīs iestādes apvienojās Eiropas Kopienu Komisijā (Commission of the European Communities). 1992. gadā, parakstot Māstrihtas līgumu (Maastricht Treaty), EK ieguva savu pašreizējo nosaukumu. 

EK darbojas kā no valstu valdībām neatkarīga iestāde un kā ES izpildvara. EK palīdz veidot ES vispārējo stratēģiju un politisko virzību, ierosina jaunus ES likumus un politiku, uzrauga to īstenošanu un pārvalda ES budžetu. Tai ir arī nozīmīga loma starptautiskās attīstības atbalstīšanā un palīdzības sniegšanā. 

EK mērķis ir:

1. izstrādāt stratēģijas un tiesību aktus, ierosinot jaunus likumus, kas vērsti uz ES interešu aizsardzību, koncentrējoties uz jautājumiem, kas efektīvāk tiek risināti starptautiskā nekā valsts līmenī. Tādas institūcijas kā EP un Eiropadome (European Council) var pieprasīt EK jaunus tiesību aktus, bet EK ir tiesības to atteikt. ES pilsoņi var arī pieprasīt tiesību aktus, ja viņiem ir viens miljons parakstu;

2. kopā ar citām ES iestādēm EK izstrādā vispārējo stratēģiju un politisko virzienu tās faktiskajam piecu gadu pilnvaru termiņam. Stratēģija tiek pārvērsta par darbībām, izmantojot izstrādātās EK gada darba programmas, kurās tiek noteikts darba plāns divpadsmit mēnešu periodam. Gada darba plāns noslēdzas ar katra cikla publicētu ziņojumu;

3. EK likumdošanas iniciatīva koncentrējas uz tiesību aktu priekšlikumiem, kas galvenokārt attiecas uz ekonomiskiem noteikumiem, vidi un cilvēku veselību;

4. EK ES budžetu izstrādā kopā ar EP un Eiropadomi, nosakot izdevumu prioritātes un gada budžetu; tā arī uzrauga Revīzijas palātas (Court of Auditors) tēriņu procesu;

5. EK pārstāv ES sarunās, konsultējoties ar ekspertiem un sabiedrību, ES vārdā izsakoties starptautiskos jautājumos, kā tirdzniecības politika vai humānā palīdzība. Tai skaitā tiek vadītas sarunas par starptautiskiem nolīgumiem ar ES;

6. kopā ar Revīzijas palātu EK pārbauda līgumu un tiesību aktu pielāgošanu, tāpēc EK mēdz dēvēt par “Līgumu sargu” (Guardian of the Treaties). Tā uzrauga un nodrošina ES tiesību aktu pareizu piemērošanu katrā dalībvalstī, sadarbojoties ar dalībvalstīm vai izmantojot tās aģentūras. Ja rodas nepieciešamība, strīdus gadījumā EK var apstrīdēt valstis vai iestādes Tiesā (Court of Justice).

Komisija ir ES iestāde, kurai ir monopoltiesības ierosināt likumdošanas iniciatīvas un kurai ir piešķirtas svarīgas izpildvaras funkcijas tādās jomās kā, piemēram, konkurence un ārējā tirdzniecība.

Komisija ir galvenā ES izpildvaras institūcija, un to veido komisāru kolēģija, kurā katru dalībvalsti pārstāv viens komisārs. Komisijai uzdots pārraudzīt, kā dalībvalstis piemēro ES tiesību normas un pilda līgumus, un Komisijas vadībā arī darbojas komitejas, kas ir atbildīgas par ES tiesību aktu īstenošanu.

Komisija strādā Komisijas priekšsēdētāja vadībā, kurš lemj par tās iekšējo struktūru. Priekšsēdētājs iedala Komisijas locekļiem darbības jomas. Tādējādi katrs komisārs uzņemas atbildību par konkrētu politikas jomu; viņa pakļautībā darbojas attiecīgie administratīvie dienesti. Saņēmis kolēģijas apstiprinājumu, priekšsēdētājs ieceļ priekšsēdētāja vietniekus no Komisijas locekļiem. Augstais pārstāvis ir arī Komisijas priekšsēdētāja vietnieks.

Komisijai ir ģenerālsekretariāts, kura sastāvā ir 33 ģenerāldirektorāti, kas sagatavo, pārvalda un īsteno ES politikas, tiesību un finansējuma normas.

Pastāv 20 specializētie departamenti (dienesti un aģentūras), kas risina konkrētus jautājumus atsevišķās situācijās (ad hoc) vai horizontālus jautājumus. Tie ir Eiropas Birojs krāpšanas apkarošanai, Juridiskais dienests, Vēstures arhīvi, Publikāciju birojs, Eiropas Politiskās stratēģijas centrs un Darba grupa Līguma par ES (The Treaty on European Union, LES) 50. pantā paredzētajām sarunām ar Apvienoto Karalisti. Ir arī sešas izpildaģentūras, tādas kā Pētniecības izpildaģentūra, kuras veic uzdevumus, ko tām deleģējusi Komisija, bet ir patstāvīgas juridiskas personas.

Komisija lēmumus gandrīz vienmēr pieņem ar balsu vairākumu.

Komisija tiekas reizi nedēļā, lai apspriestu politiski sarežģītus jautājumus un pieņemtu priekšlikumus, par kuriem jāvienojas mutiskas procedūras kārtībā, savukārt mazāk sarežģīti jautājumi tiek risināti, īstenojot rakstisku procedūru. Ar vadību vai pārvaldību saistītu pienākumu izpildi var nodrošināt ar pilnvarojuma sistēmas palīdzību, proti, komisāru kolēģija kādu no saviem locekļiem pilnvaro pieņemt lēmumus komisāru kolēģijas vārdā.

EK ir aktīva loma ES vispārējās stratēģijas un politikas izstrādē un īstenošanā. Tā regulāri vērtē un ziņo par savu politiku: 

1. stratēģisko prioritāšu noteikšana. Kopā ar citām galvenajām ES institūcijām EK izstrādā kopējo ES stratēģiju un politisko virzību. Reizi piecos gados jauna EK sasaukuma sākumā komisijas priekšsēdētājs nosaka arī politiskās prioritātes nākamajam pilnvaru laikam. EK katru gadu pārvērš šīs prioritātes konkrētās darbībās, izmantojot gada darba programmu, kurā izklāstīts rīcības plāns nākamajiem divpadsmit mēnešiem;

2. politikas izstrāde un ieviešana. EK izstrādā un īsteno ES politiku līdz likumu ierosināšanai EP un ES Padomei, palīdzot ES valstīm īstenot ES tiesību aktus, pārvaldīt ES budžetu un piešķirt finansējumu, nodrošināt, ka ES tiesību akti tiek ievēroti kopā ar Tiesu, pārstāvot ES ārpus Eiropas kopā ar ES diplomātisko dienestu – Eiropas Ārējās darbības dienestu (European External Action Service). ES politika ir veidota tā, lai sniegtu labumu iedzīvotājiem, uzņēmumiem un citām ieinteresētajām personām ES. Komisijas iniciatīvas jaunai politikai jāvienojas iekšēji saskaņā ar noteiktu procedūru. Labāka regulējuma rīki nodrošina to, ka ikkatra jaunā politika ir balstīta uz pierādījumiem un labāko pieejamo praksi;

3. ziņošana. EK plāno un ziņo par darbu gada ciklā, kas pazīstams kā stratēģiskās plānošanas un plānošanas cikls; regulāri publicē katra cikla ziņojumus;

4. gada darbības pārskati un to novērtēšana. Komisija pastāvīgi novērtē, vai ES politika ir apmierinājusi Eiropas uzņēmējdarbības un iedzīvotāju vajadzības. Novērtējumos tiek novērtēta politikas efektivitāte, lietderība, atbilstība, saskaņotība un ES pievienotā vērtība. Novērtējumus sabiedrībai paziņo, izmantojot novērtēšanas ceļvežus. 

EK ir viena no būtiskākajām Eiropas integrācijas iezīmēm. Sākotnēji katrai Eiropas Kopienai bija sava iestāde:

1. Augstākā iestāde, kas izveidota ar EOTK dibināšanas līgumu, parakstīta Parīzē 18.04.1951. (izbeidza pastāvēšanu 23.06.2002.);

2. komisija, kas izveidota ar 25.03.1957. Romā parakstīto Eiropas Ekonomikas kopienas dibināšanas līgumu;

3. komisija, kas izveidota ar Eiropas Atomenerģijas kopienas (European Atomic Energy Community, Euratom) dibināšanas līgumu, parakstītu Romā 25.03.1957. 

Šīs trīs iestādes apvienojās saskaņā ar 08.04.1965. Līgumu par Eiropas Kopienu vienotas padomes un vienotas komisijas izveidi (Single Commission of the European Communities) – Apvienošanās līgums stājās spēkā 01.07.1967. 

07.02.1992. LES paplašināja savu lomu ārpus stingra Kopienas konteksta. Kopš 01.11.1993., kad stājās spēkā LES līgums, EK ir aicināta rīkoties saskaņā ar kopējo ārpolitiku un drošības politiku un sadarboties tieslietu un iekšlietu jomā. 

02.10.1997. Amsterdamas līgums (The Treaty of Amsterdam) saglabāja lielāko daļu noteikumu, kas attiecas uz EK, un ieviesa dažas izmaiņas, lai stiprinātu un palielinātu iestādes efektivitāti. 

Nicas līgums (The Treaty of Nice), kas parakstīts 26.02.2001., bet stājās spēkā 01.02.2003., pastiprināja prezidenta pilnvaras un mainīja priekšsēdētāja un Komisijas locekļu iecelšanas procedūru. 

Mūsdienu EK juridiskais pamats ir noteikts LES 17. pantā un Līguma par ES darbību (LESD) 234. pantā, kā arī Līgumā par vienotas Eiropas Kopienu Padomes un vienotas Eiropas Kopienu Komisijas izveidi (Apvienošanās līgums). 

Pirmā Komisija izveidojās 1951. gadā kā Augstākā iestāde deviņu locekļu sastāvā prezidenta Žana Monē (Jean Monnet) vadībā. Augstākā iestāde bija jaunās EOTK pārnacionāla administratīvā izpildvara. Pirmo reizi tā stājās amatā 10.08.1952. Luksemburgas pilsētā. 1958. gadā ar Romas līgumiem (Treaties of Rome) līdzās EOTK tika izveidotas divas jaunas kopienas: Eiropas Ekonomikas kopiena (European Economic Community, EEK) un Eiropas Atomenerģijas kopiena. Tomēr to vadītāji tika saukti par “komisijām”, nevis “augstajām iestādēm”. Iemesls nosaukuma maiņai bija jaunās attiecības starp vadītājiem un Padomi. Dažas valstis, piemēram, Francija, izteica iebildumus pret Augstākās iestādes pilnvarām un vēlējās tās ierobežot, piešķirot lielākas pilnvaras Padomei, nevis jaunajām izpildvarām.

Trīs struktūras, ko kopīgi nosauca par Eiropas izpildvarām, pastāvēja līdzās līdz 01.07.1967., kad saskaņā ar Apvienošanās līgumu tās tika apvienotas vienā administrācijā prezidenta Žana Reja (Jean Rey) vadībā. Apvienošanās dēļ Ž. Reja komisiju uz laiku palielināja līdz 14 locekļiem, lai gan turpmākās komisijas tika samazinātas līdz deviņām, ievērojot formulu, ka mazām valstīm ir viens dalībnieks, bet lielākām valstīm – divi. Ž. Reja komisija 1968. gadā izbeidza Kopienas Muitas Savienības (Community’s Customs Union) darbību un rosināja spēcīgāku vēlētu EP. Neskatoties uz to, ka Ž. Rejs ir pirmais apvienoto kopienu prezidents, Valters Halšteins (Walter Hallstein) tiek uzskatīts par pirmo mūsdienu Komisijas prezidentu. 

Ilgu laiku Komisijas sastāvā bija vismaz viens, bet ne vairāk kā divi komisāri no katras dalībvalsts. Sākotnēji Lisabonas līgumā (The Treaty of Lisbon) bija noteikts, ka no 01.11.2014. Komisijas locekļu skaits atbilst divām trešdaļām no dalībvalstu skaita. Vienlaikus bija nodrošināta arī zināma elastība, ļaujot Komisijas locekļu skaitu noteikt Eiropas padomei. 2009. gadā Eiropas padome nolēma saglabāt spēkā principu, ka Komisijas sastāvā ir viens komisārs no katras dalībvalsts.

Lisabonas līgumā ir noteikts, ka Eiropas padome, ņemot vērā EP vēlēšanu rezultātus, pēc apspriešanās ar kvalificētu balsu vairākumu izraugās Komisijas priekšsēdētāja kandidātu, kuru tā piedāvā EP apstiprināt. EP šo kandidātu apstiprina, pieņemot lēmumu ar Parlamenta deputātu absolūto balsu vairākumu. Eiropas Savienības Padome, vienojoties ar izraudzīto Komisijas priekšsēdētāja kandidātu un ņemot vērā visu dalībvalstu priekšlikumus, ar kvalificētu balsu vairākumu apstiprina pārējo Komisijas locekļu kandidātu sarakstu.

EP apstiprina Komisijas priekšsēdētāja un pārējo Komisijas locekļu (tostarp Savienības Augstā pārstāvja ārlietās un drošības politikas jautājumos) kandidātus, balsojot par visu sarakstu kopumā. Tad Eiropas padome, lemjot ar kvalificētu balsu vairākumu, minētos kandidātus ieceļ amatā.

Ar Māstrihtas līgumu ir noteikts, ka komisāra pilnvaru laiks atbilst EP piecu gadu likumdošanas pilnvaru termiņam un ir atjaunojams.

EK pirmais prezidents bija V. Halšteins (1958–1967). Viņa administrācija sāka konsolidēt Eiropas tiesību aktus un ietekmēt valstu tiesību aktus. V. Halšteins ierosināja kopējās lauksaimniecības politikas plānu, kas sniegtu EK savus finanšu resursus, vienlaikus piešķirot vairāk pilnvaru EK un EP un atceļot Eiropas padomē veto tiesības attiecībā uz lauksaimniecību. Šie priekšlikumi radīja tūlītēju Francijas pretreakciju, 1965. gadā izraisot tukšo krēslu krīzi (franču crise de la chaise vide), kad Francija paziņoja, ka nepiedalīsies Padomes sanāksmēs. Šī krīze vēlāk tiek atrisināta, pateicoties 1966. gada Luksemburgas kompromisam, ar ko tiek ieviests vienprātības balsojums tad, ja ir skartas būtiskas intereses. 

Nākamais EK prezidents ir bijis Ž. Rejs (1967–1970). Viņa prezidentūras laikā tika pabeigta Muitas savienība (Customs Union). Ž. Rejs turpināja atbalstīt Eiropas integrāciju ar ES Ekonomiskās un monetārās savienības (Economic and Monetary Union of the European Union) un Eiropas politiskās sadarbības iniciatīvām. 

Franko Marija Malfati (Franco Maria Malfatti, 1970–1972). Viņa pilnvaru laikā notika vienotā tirgus izveide un politiskā integrācija turpinājās ar jaunām sarunām ar Dāniju, Īriju, Norvēģiju un Apvienoto Karalisti. 

Siko Mansholts (Sicco Leendert Mansholt, 1972–1973). Viņa prezidentūras laikā Komisija pārraudzīja Eiropas monetāro sistēmu (European Monetary System). 

Fransuā Ksavjē Ortoli (François-Xavier Ortoli, 1973–1977). F. K. Ortoli vadīja paplašināto kopienu Tuvo Austrumu konflikta saasinājuma apstākļos (Yom Kippur war or Ramadan war), 1973. gada naftas krīzes un Turcijas iebrukuma Kiprā laikā.

Rojs Dženkinss (Roy Jenkins, 1977–1981). R. Dženkinsa prezidentūras laika galvenie notikumi bija ES Ekonomiskās savienības un Monetārās savienības radīšana 1979. gadā kā vienotās valūtas – eiro (euro) – priekšteces. Viņš bija pirmais prezidents, kas piedalījās G8 samitā kā ES pārstāvis. 

Gastons Torns (Gaston Thorn, 1981–1985). G. Torna prezidentūras laikā tika panākta vienošanās par kopēju zivsaimniecības politiku un aizsākta Portugāles un Spānijas pievienošanās ES.

Žaks Delors (Jacques Delors, 1985–1995). Ž. Delora laikā EK pārraudzīja budžeta reformas un lika pamatus vienotā tirgus ieviešanai kopā ar četrām brīvībām (termins, kas ir saistīts ar vienotā tirgus mērķi; paredz garantēt preču, kapitāla, pakalpojumu un cilvēku brīvu apriti, ko kopā sauc par “četrām brīvībām” (four freedoms)). Tas stājās spēkā 01.01.1993. 1992. gadā, noslēdzot Māstrihtas līgumu, Monetārajā savienībā tika ierosināta jauna valūta – eiro. 

Žaks Santers (Jacques Santer, 1995–1999). 1995. gadā viņš bija pirmais balvas “Eiropas vīzija” (Vision for Europe Award) saņēmējs. Aizdomas par korupciju, kas skara atsevišķus ES komisārus, izraisīja Neatkarīgo ekspertu komitejas (Committee of Independent Experts) izmeklēšanu par administratīvām nepilnībām (neprasmi un ļaunprātīgu rīcību). Ž. Santera komisija atkāpās 1999. gadā. 

Manuels Marins (Manuel Marín) 1999. gadā tika iecelts par pagaidu prezidentu pēc iepriekšējās Komisijas atkāpšanās, līdz tika iecelta jaunā Komisija un priekšsēdētājs. 

Romano Prodi (Romano Prodi, 1999–2004). R. Prodi prezidentūras laikā vienpadsmit valstis nomainīja valūtu uz eiro. Nicas līgums stājās spēkā 2003. gadā, veidojot ES institucionālo struktūru. 

Žozē Manuels Barozu (Jose Manuel Barosso, 2004–2009 un 2009–2014). Viņa prezidentūras laikā tika parakstīts Lisabonas līgums kā iestāžu reforma. Ž. M. Barozu sasniegums bija parakstītā Boltšteina direktīva (Bolkestein directive), kuras mērķis bija izveidot vienotu pakalpojumu tirgu ES un Galileo pozicionēšanas sistēmu (Galileo positioning system). Savas prezidentūras beigās viņam izdevās izveidot Eiropas Inovāciju un tehnoloģiju institūtu (European Institute of Innovation and Technology) un ES klimata pārmaiņu paketi (EU climate change package). 

Žans Klods Junkers (Jean-Claude Junker, 2014–2019). Ž. Junkers bija pirmais prezidents, kurš pirms vēlēšanām aģitēja kā amata kandidāts. Pirmo reizi tika iedarbināts lokomotīves (vācu Spitzenkandidat) princips, proti, Eiropas politiskās partijas vēl pirms EP vēlēšanām izraugās vadošos kandidātus Komisijas priekšsēdētāja amatam. Ž. K. Junkera laikā Komisijā notika iekšējas izmaiņas, jo EK pirmo reizi ierosināja izveidot Komisiju, kas apvieno atsevišķus locekļus noteiktās politikas jomās. Pārbaudīja arī Komisijas darbinieku pieredzi, karjeru un motivāciju pievienoties iestādei. Jaunās Komisijas prioritātes bija digitālā vienotā tirgus izveide (digital single market), ES Enerģētikas savienības izveide (EU Energy Union), sarunas par Transatlantisko tirdzniecības nolīgumu (Transatlantic Trade Agreement), ES Ekonomiskās un monetārās savienības reformas turpināšana Eirozonai un Lielbritānijas atkārtotās sarunas (2015–2016) par tās redzējumu dalībai ES. 

Pašreizējā EK prezidente un vadītāja ir Urzula fon der Leiena (Ursula Von der Leyen, 2019–2024). 2021. gadā EK saskārās ar vairākām grūtībām saistībā ar Covid-19 pandēmiju, Brexit sarunām un sarunām pēc Brexit. 

Komisija par savu darbu ir kolektīvi atbildīga Parlamentam. Ja Parlaments pieņem priekšlikumu izteikt neuzticību, ir jāatkāpjas visiem Komisijas locekļiem, arī Savienības Augstajam pārstāvim ārlietās un drošības politikas jautājumos (gan tikai no tā amata, kuru tas ieņem Komisijā). 

Atsaucoties uz EK pamatlīguma darbību, Komisijas pārstāvji, pildot savus pienākumus, ir pilnīgi neatkarīgi un strādā visas ES interesēs. Viņi nedrīkst ne lūgt, ne saņemt nevienas valdības vai citas ārējas struktūras norādījumus, nedrīkst strādāt citu algotu darbu, ne arī darbu, par kuru netiek saņemta atlīdzība. Eiropas Savienības Tiesa pēc Padomes vai pašas Komisijas pieprasījuma var atlaist no amata Komisijas locekli, kurš nepilda šos nosacījumus vai ir izdarījis smagu pārkāpumu.