Dzimis lauksaimnieku ģimenē, kurā bez viņa auga arī vecākais brālis Jānis. 1932.–1937. gadā mācījās Malnavas lauksaimniecības vidusskolā un darbojās organizācijā “Latvijas Vanagi”. 1938.–1940. gadā R. Rubenis dienēja Latvijas armijas 7. Siguldas, vēlāk Autotanku pulkā. Pēc virsnieku vietnieku kursu beigšanas paaugstināts par seržantu, vēlāk par virsnieka vietnieku. Pēc Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) īstenotās Latvijas okupācijas 17.06.1940. R. Rubenis turpināja dienestu Sarkanās armijas 24. teritoriālā strēlnieku korpusa 181. strēlnieku divīzijas izlūku bataljonā.

Vācu okupācijas laikā R. Rubenis saimniekoja tēva mājās, strādāja par cukurbiešu inspektoru un bija Latvju Jaunatnes organizācijas Jēkabpils apriņķa nodaļas vadītājs. 15.05.1943. Krustpils evanģēliski luteriskajā baznīcā salaulājās ar Ainu Jaunzemu. 30.03.1944. Ābeļu pagastā piedzima viņu meita Laima (mira pēc sešiem mēnešiem no difterijas Ropažos ceļā uz Kurzemi), bet 01.05.1945. Usmas pagastā (piecus mēnešus pēc R. Rubeņa nāves) piedzima dēls Jānis.

13.03.1944. R. Rubeni mobilizēja Latviešu leģionā, kur viņš kā leitnants nonāca 15. latviešu ieroču SS grenadieru apmācību un papildinājumu brigādes 1. štāba rotā. 1944. gada pavasarī un vasarā kā 15. divīzijas 34. grenadieru pulka rotas komandieris piedalījās kaujās pie Veļikajas upes, bet vēlāk ar savu vienību atkāpās uz Kudeveras pozīcijām.

1944. gada jūlija beigās leitnants R. Rubenis pievienojās ģenerāļa Kureļa grupai un bija tās rotas komandieris Bebru pagastā Vidzemē. Kopā ar vēl vairākiem Bebru pagasta aizsargu grupas vīriem 23.–24. augustā atradās vācu apcietinājumā, apsūdzēti par nelegālu ieroču uzglabāšanu. Pēc ģenerāļa Kureļa grupas pārcelšanās uz Kurzemi 1944. gada oktobrī leitnants R. Rubenis komandēja tās 2. bataljonu Ugāles pagasta Ilziķos.

14.11.1944., kad vācu vienības pēc Augstākā SS un policijas vadītāja Ostlandē un Ziemeļkrievijā SS, obergrupenfīrera un policijas ģenerāļa Frīdriha Jekelna (Friedrich August Jeckeln) pavēles aplenca kureliešu štābu Puzes pagasta Stiklos, leitnanta R. Rubeņa bataljons atradās pie Ilziķu, Trebiņu un Vanagu mājām. No rīta, redzot, ka tuvākajā apkārtnē parādās lielāks skaits vācu karavīru, R. Rubeņa komandētie karavīri ieņēma pozīcijas, bet vācieši no kaujas izvairījās. Pēc atteikšanās nolikt ieročus sekoja vācu ultimāts padoties 24 stundu laikā. Leitnants R. Rubenis to nepieņēma, bet pavēlēja bataljonam nekavējoties sagatavoties pārgājienam, un pusnaktī tas gar Usmas ezera austrumu malu devās Rendas virzienā. No rīta bataljons sasniedza Lielrendu, kur dienu atpūtās, bet 16. novembra rītā turpināja ceļu. Abavas krastā pie Pērkoniem bataljons sadūrās ar vāciešiem, kuri leitnantu R. Rubeni tomēr pierunāja vest ar viņiem sarunas. 17. novembrī SS obergrupenfīrers F. Jekelns savā komandpunktā atkārtoti pieprasīja leitnantam R. Rubenim beznoteikumu padošanos, no kā viņš kategoriski atteicās.

18.11.1944. pulksten 9.30 no rīta sākās vāciešu uzbrukums, kuru R. Rubeņa komandētie karavīri atsita, četru stundu ilgā kaujā sakaujot daudz lielākus vācu spēkus. Kaujas laikā meža masīvā uz dienvidiem no Usmas ezera leitnantu R. Rubeni nāvīgi ievainoja vēderā, plecā un kājās. Pārciezdams lielas mocības, viņš vēl spēja dot vairākas pavēles savai vienībai, līdz zaudēja samaņu.

R. Rubeņa mirstīgās atliekas, paslēptas zem salmiem, ar zirga pajūgu no Novadniekiem nogādāja Grenčos, kur tobrīd bija apmetusies viņa sieva Aina Rubene un viņas māsas meita Rasma Luķe. Abas sievietes novilka R. Rubenim karavīra formu, ietērpa viņu civilās drēbēs un pa nakti slepus apglabāja mežmalā pie Grenčiem. Pēckara gados R. Rubeņa kapavietu kādu laiku ieskāva neliels žodziņš, un māju saimnieka meita Lilija Leite lika ziedus uz R. Rubeņa kapa. Mēģinājumi konkretizēt R. Rubeņa kapa vietu 20. gs. 90. gados izrādījās nesekmīgi, jo pēc kara šajā vietā veikti meliorācijas darbi.

Kaujas pret vāciešiem atsākās 06.12.1944. virsnieka vietnieka Aleksandra Druviņa vadībā meža masīvā starp Zlēku–Cirkales ceļu un Abavu. Atsitot daudzus uzbrukumus, R. Rubeņa komandētie karavīri turpināja cīņu līdz 9. decembrim, kad sadalījās mazākās grupās un sekmīgi izgāja no aplen­kuma.

Leitnanta R. Rubeņa nacionālā nostāja un Latvijas armijā un vēlāk leģionā iegūtā militārā pieredze ļāva izveidot labi organizētu un kaujas spējīgu bataljonu, kas neļāva sevi atbruņot, bet uzsāka cīņas pret vāciešiem. R. Rubeņa komandēto karavīru pretošanās iespējas negatīvi ietekmēja tas, ka bataljons bija saformēts kā regulāra karaspēka vienība, nevis speciāli partizānu cīņām sagatavota militāra struktūra. Tā bunkuri bija izbūvēti drīzāk kā patvēruma vietas, lai pārlaistu 1944./1945. gada ziemu, nevis kā mobilas aizstāvēšanās vietas pret nacistu vai vēlāk sagaidāmās padomju okupācijas varas bruņotajiem formējumiem. Kaut arī R. Rubeņa bataljonā bija leģionāri ar kauju pieredzi Austrumu frontē, daudziem tādas nebija. Nepietiekama bija arī tuvākās apkārtnes izlūkošanas un sakaru sistēma. Tāpēc gandrīz mēnesi ilgusī leitnanta R. Rubeņa bataljona pretošanās vācu okupācijas varas militārajiem formējumiem šādos ļoti nepiemērotos apstākļos uzskatāma par sasniegumu un ir spilgts apliecinājums un simbols Latvijas tautas neatkarības centieniem un pretestībai okupācijas varām.

R. Rubenim veltīts piemiņas akmens uzstādīts Puzes pagasta Dzelzkalnu kapos (1997) un atklāta piemiņas plāksne pie Malnavas koledžas (2000). No 2009. gada atvērts nodibinājuma “Rubeņa fonds” izveidots muzejs Ugālē, un atjaunots R. Rubeņa komandēto karavīru 2. rotas bunkurs Usmas pagastā.