Bebru pagasts tika izveidots 19. gs. beigās. Līdz tam pagasta teritorija piederēja pie Kokneses draudzes, bet pašā pagasta teritorijā luterāņu baznīca nebija uzcelta. Apdzīvotā vieta veidojās ap Vecbebru un Jaunbebru muižu, netālu atradās arī Blankas (vācu Blanke) pusmuiža.
1841. gadā Jaunbebru muižā un apkārtējos pagastos notika zemnieku nemieri, kas ieguva nosaukumu “Bebru kartupeļu dumpis” (vācu Kartoffelaufstand in Bewershof). Lai gan Vidzemē dzimtbūšana tika atcelta 1819. gadā, zemnieku stāvoklis joprojām bija smags. 1840. gadā, cerībā uz stāvokļa uzlabošanos, daļa zemnieku pārgāja pareizticībā, bet 1841. gadā, dzirdot baumas, ka Krievijas Impērijas dienvidos (mūsdienās Ukrainas teritorijā) zemniekiem par brīvu tiek dota zeme, masveidā devās uz Rīgu, lai iegūtu atļauju izceļot. Atļaujas vietā zemnieki tika aizturēti, nopērti un sūtīti atpakaļ.
1841. gada 8. septembrī Jaunbebru muižā no Rīgas ieradās adjutants A. fon Tranzē (A. von Transehe) kopā ar 10 kareivjiem, lai arestēt Āpškalnu saimnieku Viļumu Preisu, kurš esot aģitējis novadniekus pāriet pareizticībā. Tā kā V. Preiss nebija mājās, soda ekspedīcija devās uz Jaunbebru muižu, kurā zemnieki vāca kartupeļus. Redzot notiekošo, aptuveni 50 zemnieku ar dakšām uzsāka pretošanos, kuras rezultātā aizsākās nemieri tuvākajā apkārtnē, tostarp Kokneses, Meņģeles un Aderkašu pagastā. Ar Baltijas ģenerālgubernatora Karla Magnusa fon der Pālena (Carl Magnus Freiherr von der Pahlen) pavēli sākās nemieru apspiešana, kas noslēdzās ar eksekūcijām 1841. gada decembrī. Tika notiesāti 108 zemnieki, tostarp viena sieviete, sodot ar miesas sodiem un izsūtīšanu uz Sibīriju. Sodīto dumpinieku pēršana tiek vērtēta kā viena no nežēlīgākajām pret vietējiem iedzīvotājiem vērstajām soda akcijām Vidzemes vēsturē.
Agrārās reformas laikā Bebru pagasta muižu zeme tika sadalīta. Apkārtnē tika izveidotas vairākas jaunsaimniecības. Pagasta valde atradās Vecbebros. Nozīmīgs notikums Vecbebru attīstībā bija Vecbebru Biškopības un dārzkopības skolas izveide 1922. gadā. Padomju okupācijas laikā skola tika pārveidota par Vecbebru tehnikumu, bet vēlāk – par sovhoztehnikumu.
Padomju okupācijas laikā apkārtnē tika izveidoti kolhozi “Bebri”, “Komunārs” un “Rosme”, kas vēlāk apvienoti ar Vecbebru sovhoztehnikumu. 1945. gadā tika izveidoti Bebru ciems un Jaunbebru ciems, bet Bebru pagasts 1949. gadā tika likvidēts. 1954. gadā Bebru ciemam pievienots Vērenes ciems, bet 1960. gadā daļa no Bebru ciema tika iekļauta Plāteres ciemā. Jaunbebru ciems 1954. gadā tika pievienots Ratnicēnu ciemam, bet 1962. gadā daļa Ratnicēnu ciema pievienota Bebru ciemam.
Pēc Latvijas neatkarības atjaunošanas 1990. gadā tika atjaunots Bebru pagasts. Bebru ciems tika pārdēvēts par Vecbebriem.
2008. gadā uz vienas no Vecbebru muižas saimniecības ēkas pamatiem tika uzcelts katoļu dievnams – Vecbebru svētās ģimenes Romas katoļu baznīca.
2009. gadā Bebru pagasts tika iekļauts Kokneses novadā, bet pēc 2021. gada administratīvi teritoriālās reformas Bebru pagasts iekļauts Aizkraukles novadā.