Iznīcinātāju bataljoni tika izveidoti saskaņā ar PSRS Tautas komisāru padomes 24.06.1941. lēmumu “Par iestāžu un organizāciju apsardzību un iznīcinātāju bataljonu izveidošanu” divas dienas pēc nacistiskās Vācijas un PSRS karadarbības sākuma. To izformēšana tika veikta 20. gs. 50. gadu vidū, kad nacionālās bruņotās pretošanās kustība PSRS rietumu teritorijās bija gandrīz iznīcināta.
Iznīcinātāju bataljoni pēc to izveides bija pakļauti PSRS Iekšlietu tautas komisariātam (Народный комиссариат внутренних дел, НКВД, NKVD). Saskaņā ar 1947. gadā īstenoto reformu atbildība par nacionālās bruņotās pretošanās kustības apkarošanu PSRS rietumu teritorijās tika nodota PSRS Valsts drošības ministrijai (Министерство государственной безопасности, МГБ, MGB), un arī iznīcinātāju bataljoni no Iekšlietu ministrijas (līdz 15.03.1946. – NKVD) tika nodoti MGB.
Iznīcinātāju bataljonu dibināšanas sākotnējais mērķis bija stiprināt objektu aizsardzību Sarkanās armijas aizmugurē no nacistiskās Vācijas diversantu un izlūku grupu darbības, tādējādi tie darbojās kā militārs palīgspēks vienkāršu uzdevumu izpildei, lai atslogotu citus spēkus darbībai frontē. Iznīcinātāju bataljoni tika izveidoti tikai PSRS rietumu apgabalos, kur tie apsargāja svarīgākās iestādes, militāros un tautsaimniecības objektus, cīnījās pret diversantu grupām, kā arī piedalījās aizsardzības kaujās pret Vācijas bruņotajiem spēkiem.
PSRS–Vācijas karadarbības noslēguma posmā iznīcinātāju bataljonu pastāvēšanas un veidošanas nepieciešamību un nozīmi noteica atšķirīgie iekšpolitiskie apstākļi PSRS okupētajās teritorijās. Tajās atradās ļoti liels PSRS nelabvēlīgu iedzīvotāju skaits, no kuriem veidojās spēcīga nacionālā bruņotās pretošanās kustība. Tāpat nelegālā statusā bija personas, kas dezertēja vai izvairījās no iesaukšanas Sarkanajā armijā, un citi nelegālisti, kuru meklēšana ietilpa iznīcinātāju bataljonu darbības uzdevumos. Iznīcinātāju bataljoni bija nozīmīgs palīgspēks cīņā ar nacionālās bruņotās pretošanās kustību, jo tajos iesaistītie vietējie iedzīvotāji bija informācijas avots par vietējiem apstākļiem, kuros NKVD iekšlietu karaspēka vienības orientējās vāji, un šis kļuva par nozīmīgāko iznīcinātāju bataljonu uzdevumu turpmāko gadu laikā. Gan nacionālo partizānu darbības, gan ievērojami pieaugušā noziedzības līmeņa dēļ iznīcinātāju bataljonu atbildībā saglabājās arī valsts, sabiedrisko un saimniecisko organizāciju un objektu apsardzība.
Iznīcinātāju bataljonu kaujinieki tika iesaistīti arī PSRS organizētajās deportācijās okupētajās teritorijās. 25.03.1949. deportācijā Baltijas valstīs tika iesaistīti vismaz 18 387 jeb 24,13 % iznīcinātāju bataljonu spēku Baltijas valstīs. Iznīcinātāju bataljonu kaujinieki tika iekļauti operatīvo grupu sastāvā, kas pārvietoja deportējamos iedzīvotājus no viņu dzīvesvietām uz pārsūtīšanas stacijām. Nav zināms, cik daudz iznīcinātāju bija iesaistīti deportācijas nodrošināšanā Latvijā, taču tiek lēsts, ka viņu skaits varētu būt bijis ap 9800.
Iznīcinātāju bataljonu struktūra faktiski bija militāra, lai arī to uzdevumi bija policejiski. Izveidošanās sākumā iznīcinātāju bataljonu noteiktais lielums bija 100–200 cilvēki. Bataljonus dalīja rotās un vados, un tie tika komplektēti no komunistiskās partijas un komjaunatnes biedriem, kā arī padomju aktīvistiem. Iznīcinātāju bataljonu vadībā iecēla NKVD vai milicijas operatīvos darbiniekus. 1941. gada jūlija beigās PSRS bija 1755 iznīcinātāju bataljoni ar 328 000 dalībnieku, kuri bija pakļauti NKVD pilsētu un rajonu nodaļām. Kara tālākajā gaitā, kad Sarkanā armija pakāpeniski virzījās uz rietumiem, vairāk nekā 250 000 iznīcinātāju bataljonu dalībnieku tika iekļauti Sarkanās armijas vienībās, bet aptuveni 30 000 kaujinieku tika iesaistīti sarkano partizānu vienībās pretinieka aizmugurē.
1945. gadā Baltijas valstīs NKVD iekšlietu karaspēkā bija 25 000 karavīru, kuru atbalstam tika saformēti Igaunijas, Latvijas un Lietuvas Padomju Sociālistisko Republiku (PSR) NKVD struktūrām pakļauti iznīcinātāju bataljoni ar apmēram 45 000 kaujinieku, no kuriem katrā bija vidēji līdz 300 kaujinieku. Vēlāk vienā bataljonā varēja būt 600 un vairāk kaujinieku. Katrā apriņķī tika izveidots viens iznīcinātāju bataljons, kas tika dalīts rotās (vidēji sešas līdz astoņas rotas vienā iznīcinātāju bataljonā). Katrā rotā bija vidēji divi līdz trīs pagastu vadi ar 20–50 kaujiniekiem katrā vadā. Iznīcinātāju bataljona vadība tika uzticēta NKVD pilsētu un apriņķu daļu, kā arī nodaļu priekšniekiem. Latvijā iznīcinātāju bataljonos 1944.–1956. gadā kopumā bija dienējuši aptuveni 44 000 cilvēku. Vienlaikus tajos atradās vidēji 14 500–15 000 personu, taču strukturālo izmaiņu un personālsastāva atskaitīšanas periodos skaits mēdza būt arī mazāks.
PSRS okupētajās teritorijās iznīcinātāju bataljonu komplektēšana notika pēc līdzīgiem principiem, tajos uzņemot padomju aktīvistus un bijušās militārpersonas. Bija noteikts iznīcinātāju bataljonu personālsastāvu komplektēt galvenokārt no karadienestam nepakļautām personām, tostarp pirmsiesaukuma vecuma un vecāka gadagājuma personām ar iesaukšanas pagarinājumu, kā arī Sarkanās armijas veterāniem ar invaliditāti. Iznīcinātāju bataljonu vadībā un komandieru amatos joprojām tika iecelti NKVD darbinieki. Bataljonu formēšana sākotnēji notika daļēji pēc brīvprātības principa, un 1944.–1945. gadā tie tika komplektēti, arī mobilizējot vietējos iedzīvotājus, lai nodrošinātu ātrāku vienību izveidi.
Iznīcinātāju bataljonu komplektēšanā PSRS okupētajās teritorijās liela nozīme bija uzsvaram uz sabiedrības apakšslāņu iesaisti šajās vienībās. Tas izrietēja no PSRS ideoloģiskajām nostādnēm, kas noteica par nepieciešamu panākt šīs sabiedrības daļas atbalstu un izmantot to pret turīgākajiem slāņiem, kas pārsvarā bija naidīgi padomju okupācijas varai. Ar šādu iznīcinātāju bataljonu komplektēšanas politiku tika mēģināts ieviest realitātē ideoloģisko konceptu par šķiru cīņu. Šāda kadru politika noveda pie situācijas, kurā iznīcinātāju bataljonos iestājās arī daudz degradētu indivīdu, kas izmantoja jauniegūtā statusa privilēģijas personīgā sociālā stāvokļa celšanai un materiālā labuma gūšanai, nereti pārsniedzot sev dotās pilnvaras un pastrādājot noziegumus. Iznīcinātāju bataljonu kaujinieku starpā bija ļoti izplatīti dažādi disciplīnas pārkāpumi saistībā ar alkoholismu, tāpat bija raksturīgi regulāri huligānisma gadījumi, zādzības un laupīšanas.
Tā kā iznīcinātāju bataljoni sākotnēji kalpoja par likumīgu iespēju izvairīties no dienesta Sarkanajā armijā un deva iespēju nodrošināt sev noteiktus materiālos labumus, tajos iestājās arī personas un viņu radinieki, kas atbalstīja nacionālos partizānus, un tādējādi, izmantojot savu dienesta stāvokli, atbalstīja nacionālās bruņotās pretošanās kustību. Turpmākajos pēckara gados PSRS drošības dienesti tam veltīja sevišķu vērību, veicot pastiprinātas kaujinieku pārbaudes un izslēdzot no dienesta simtiem politiski neuzticamu kaujinieku.
Iznīcinātāju bataljonu kaujiniekus iedalīja algotajā un nealgotajā sastāvā. Algotā sastāva iznīcinātāji tika izmantoti iznīcinātāju bataljonu operatīvajās grupās, kas atradās pastāvīgā gatavībā un kā kaujasspējīgākā daļa tika aktīvi izmantotas drošības iestāžu operācijās, tostarp arī iekšlietu karaspēka vienību atbalstam. Nealgotā sastāva darbība bija organizēta pēc zemessardzes principa, proti, tā kaujinieki tika periodiski izsaukti uz noteiktu uzdevumu izpildi, bet ikdienā bija nodarbināti savā pamatdarbā.
Iznīcinātāju bataljonu kaujas apmācības līmenis bija visai zems, jo apmācībai tika paredzēts neliels stundu skaits, no kura ievērojamu daļu aizņēma politiskā un ierindas apmācība, bet salīdzinoši maz uzmanības pievērsa kaujas iemaņu attīstīšanai. Piemēram, 1945. gadā iznīcinātāju bataljonu kaujinieku pamatapmācības kurss bija noteikts 64 stundu apjomā, no kā 16 stundas bija atvēlētas politiskajai audzināšanai, savukārt taktiskajai apmācībai slēpņu izlikšanā, patrulēšanā, mežu pārmeklēšanā un objektu apsardzībā bija veltītas tikai sešas stundas.
Iznīcinātāju bataljonu bruņojumu un tā kvalitāti noteica to otršķirīgā loma iepretim citiem spēkiem, kā arī to uzdevumi. Kā vieglo kājnieku vienības, kuru uzdevumi bija cīnīties pret nelielām bruņotām grupām un indivīdiem vai apgrūtināt to darbību, iznīcinātāji lielākoties bija bruņoti ar vieglajiem strēlnieku ieročiem, t. sk. šautenēm, mašīnpistolēm un rokas ložmetējiem ar nelielu munīcijas komplektu. Iznīcinātāju bruņojums bija samērā pieticīgs un bieži vien sliktā stāvoklī, kas bija viens no iznīcinātāju bataljonu zemo kaujasspēju iemesliem. Sliktās apgādes dēļ izplatīta bija iznīcinātāju bataljonu kaujinieku apbruņošana ar dažādiem trofeju ieročiem, kas pastiprināja problēmas ar munīcijas krājumu nodrošināšanu.
20. gs. 40. gadu otrajā pusē–50. gados bija ļoti izteikta atšķirība starp algotā un nealgotā sastāva kaujinieku bruņojumu. Nealgotā sastāva kaujinieki lielākoties tika apbruņoti ar šautenēm, bet algotais sastāvs – ar automātiskajiem ieročiem. Šāda atšķirība apbruņojumā, visticamāk, bija saistīta gan ar algotā sastāva pārstāvēto operatīvo grupu augstāku nozīmību, kā arī ar drošības dienestu nevēlēšanos pieļaut spēcīgākā automātiskā apbruņojuma nonākšanu nacionālo partizānu rokās, kuri regulāri atbruņoja un iznīcināja individuālus nealgotā sastāva iznīcinātājus.
Iznīcinātāju bataljoni bija būtisks padomju okupācijas režīma balsts Latvijā, jo nodrošināja režīma iestāžu apsardzību, tie tika iesaistīti sabiedriskās kārtības uzturēšanā, kā arī atbalstīja represīvo funkciju izpildi. Iznīcinātāju bataljoni tika plaši izmantoti nacionālās bruņotās pretošanās kustības apkarošanā, taču reģionos ar lielu un spēcīgu nacionālo partizānu grupu klātbūtni iznīcinātāju vienības nespēja nodrošināt okupācijas režīma varas stabilitāti vai veikt efektīvas pretpartizānu operācijas bez iekšlietu karaspēka vienību piesaistes.
Latvijā kaujās un atsevišķās sadursmēs pret nacionālajiem partizāniem 1944.–1955./56. gadā kritušo iznīcinātāju skaits lēšams no 386 līdz 420 kaujiniekiem, taču, ņemot vērā dažādus aprēķinus par arī nacionālo partizānu uzbrukumos cietušajiem iznīcinātājiem, kopā bojā gājušo iznīcinātāju skaits varētu pārsniegt 700 cilvēku.