Turnīra sarīkošana tika uzticēta iepriekšējā, otrā, Eiropas čempionāta uzvarētājai Lietuvai. Trešais čempionāts tika organizēts tā laika Lietuvas galvaspilsētā Kauņā; par turnīra sarīkošanu un norisi bija atbildīga Eiropas čempionāta Organizācijas komiteja (lietuviešu III Europos krepšinio pirmenybių organizacinio komitetas) sadarbībā ar Eiropas čempionāta Tehnisko komiteju (lietuviešu III Europos krepšinio pirmenybių techninis komitetas). Līdztekus turnīram tika organizētas dalībvalstu sanāksmes ar FIBA amatpersonu līdzdalību, kā arī dažādas svinīgas pieņemšanas un citi pasākumi čempionāta dalībniekiem un oficiālajiem pārstāvjiem.

Eiropas čempionāta spēles tika aizvadītas speciāli šī turnīra norisei uzbūvētajā Kauņas Fiziskās kultūras pilī (lietuviešu Kūno Kultūros Rūmai; saukts arī par Kauņas sporta namu, lietuviešu Kauno sporto halė), kuras ierīkošanas un labiekārtošanas darbi turpinājās līdz pat čempionāta atklāšanas dienai. Saskaņā ar preses ziņām, 1939. gada Eiropas čempionāta laikā Fiziskās kultūras pils varēja uzņemt ap 12 000 skatītāju.

Trešajā Eiropas basketbola čempionātā startēja astoņas dalībvalstis – Francija, Igaunija, Itālija, Latvija, Lietuva, Polija, Somija, Ungārija. Trijām valstsvienībām – Francijai, Itālijai un Latvijai – tas bija trešais Eiropas čempionāts. Pirms turnīra tika plānota arī Bohēmijas–Morāvijas protektorāta (Vācijas okupētās Čehoslovākijas daļa) izlases piedalīšanās, taču Vācijas sporta vadība tās dalību atsauca.

Eiropas čempionāta tehniskās komitejas sēdē 20.05.1939. tika nolemts, ka čempionāts norisināsies kā viena apļa turnīrs, kura gaitā katra dalībvalsts aizvadīs pa vienai spēlei pret katru dalībvalsti. Katrai izlasei bija jāaizvada septiņas spēles – pa vienai spēlei dienā. Kopā turnīrā bija paredzētas un tika aizvadītas 28 spēles, pa četrām spēlēm dienā. Spēļu secība tika izlozēta, atstājot rīkotājvalstij Lietuvai tiesības pēc izlozes izvēlēties savu pretinieku turnīra pēdējā dienā. Lietuvas pārstāvji par noslēdzošās dienas pretiniekiem izvēlējās Itāliju, kas ietekmēja citu izlašu kalendāru, un Latvijai pirmajā dienā izlozētā pretinieka – Somijas – vietā nācās spēlēt pret Lietuvu.

Tehniskās komitejas sēdē 20.05.1939. tika sniegta atļauja piedalīties turnīrā visiem pieteiktajiem Lietuvas izlases spēlētājiem, kuri bija ieradušies no Amerikas Savienotajām Valstīm (ASV), tostarp Pranam Lubinam (angļu Frank Lubin, lietuviešu Pranas Lubinas), kurš 1936. gadā bija kļuvis par olimpisko čempionu ASV basketbola izlases sastāvā. Komiteja arī atzina, ka nav pierādījumu par amatierisma principu pārkāpumiem attiecīgo spēlētāju darbībā.

Pirms Eiropas čempionāta tika aktualizēts jautājums par spēlētāju auguma ierobežojumiem, ko bija rosinājis ieviest FIBB kongress 1936. gadā. Pēc ilgstošām diskusijām Eiropas čempionāta Tehniskās komitejas sēdē 20.05.1939. tika panākts kompromiss – atļauts turnīrā piedalīties visiem spēlētājiem bez auguma ierobežojuma un nolemts, ka šajā turnīrā čempioni jeb meistari tiks noteikti divās kategorijās – neierobežota auguma (ja ir kāds spēlētājs virs 190 cm) un ierobežota auguma (līdz 190 cm). Tas nozīmēja, ja turnīrā uzvarētu izlase, kurā bija kāds par 190 cm garāks spēlētājs, tad tiktu noteikta arī otra čempionvienība – augstāko vietu ieguvusī izlase ar spēlētāju augumu līdz 190 cm. Saskaņā ar preses ziņām spēlētāji virs 190 cm bija tikai Igaunijas un Lietuvas izlasēs.

Trešā Eiropas basketbola čempionāta svinīgā atklāšanas ceremonija norisinājās 21.05.1939. Kauņas Fiziskās kultūras pilī, kur bija pulcējušies goda viesi – valdības pārstāvji, diplomāti un citas amatpersonas – un ap 12 000 skatītāju. Ceremonija sākās ar Fiziskās kultūras pils atklāšanu un iesvētīšanas ceremoniju. Turnīra dalībnieku parādes gājiena sākumā soļoja turnīra tiesneši, turpinājumā – alfabēta secībā septiņas dalībvalstis ar valstu karogiem. Latvijas basketbola izlase parādē soļoja aiz kapteiņa Visvalža Meldera, Latvijas valsts karogu parādē nesa Voldemārs Šmits. Dalībvalstu parādē nepiedalījās astotās dalībvalsts – Somijas – izlase, kas Kauņā ieradās tikai 21.05.1939. vēlā vakarā, jau pēc atklāšanas ceremonijas beigām.

Svinīgā uzrunā Lietuvas prezidents Antans Smetona (Antanas Smetona) pasludināja trešo Eiropas basketbola čempionātu par atklātu. Pēc svinīgā atklāšanas akta sekoja vingrojumu un tautas deju paraugdemonstrējumi, pēc tiem – Kauņas un Varšavas pilsētu sieviešu basketbola komandu spēle.

Turnīra pirmā spēle norisinājās 22.05.1939. starp Francijas un Somijas izlasēm; viens no diviem atklāšanas spēles tiesnešiem bija Viktors Maike no Latvijas. Turpmākās čempionāta spēles tiesāja divi tiesneši no Latvijas – V. Maike un Ernests Ķīvītis. Pēc tam, kad turnīra ceturtajā spēlē 22.05.1939. (Latvija–Lietuva) skatītāju radītais troksnis bija traucējis normālai spēles norisei, no spēļu otrās dienas norises vietā skaļrunī skatītāji tika aicināti netrokšņot, pārkāpuma gadījumā draudot ar sodu pretinieku labā.

Eiropas čempionāta pēdējā spēle norisinājās 28.05.1939. starp Lietuvas un Itālijas izlasēm. Pēc organizatoru aplēsēm turnīra spēles visu dienu summā bija apmeklējuši 100 000 skatītāju, kas kļuva par Eiropas basketbola čempionāta rekordu.

Eiropas čempionāta apbalvošanas ceremonija norisinājās 28.05.1939. vakarā pēc turnīra pēdējās spēles. Dalībvalstu izlases parādes tērpos aiz savu valstu karogiem izkārtojās sacensību norises vietā, uzrunu teica čempionāta Organizācijas komiteja priekšsēdētājs Dr. J. Novaks un tika izziņotas turnīrā ieņemtās vietas.

Balvu pasniegšanu valstsvienībām veica Lietuvas premjerministrs ģenerālis Jons Čerņus (Jonas Černius). Kā Eiropas čempionvienība tika sveikta Lietuvas izlase, kuras kapteinim Feliksam Krjaučjūnam (Feliksas Kriaučiūnas) pasniedza galveno balvu – Lietuvas prezidenta A. Smetonas dāvāto pūra lādi. Latvijas izlase tika apbalvota kā turnīra otrās vietas ieguvēja un čempionvienība ierobežotā auguma kategorijā; J. Čerņus valstsvienībai pasniedza Lietuvas izglītības ministra sarūpēto balvu – masīvu plaketi. Balvas saņēma arī visu pārējo dalībvalstu izlases. Pēc apbalvošanas beigām premjerministrs J. Čerņus pasludināja Eiropas čempionātu par slēgtu, turpinājumā turnīra dalībnieki tika aicināti uz premjerministra rīkotu banketu.

Trešajā Eiropas čempionātā Latvijas valstsvienības sastāvā spēlēja Kārlis Ārens, Jānis Graudiņš, Teodors Grīnbergs, Alfrēds Hermanovskis, Alfons Justs, Maksis Kazāks, Alfrēds Krauklis, Indulis Laukevics, V. Melderis, Kārlis Sātiņš, Juris Solovjovs (vēlāk Silarājs), V. Šmits, Aleksandrs Vanags. Latvijas izlasi turnīram gatavoja un turnīrā vadīja treneris Valdemārs Baumanis. Latvijas izlases panākumi 1939. gada turnīrā kļuva par otru augstāko Latvijas basketbola izlases sasniegumu Eiropas čempionātos.

Latvijas sporta sabiedrība valstsvienības startu turnīrā novērtēja atzinīgi, tomēr par atsevišķiem spēles elementiem (t. sk. soda metienu precizitāti) saņēma kritiku. Pēc turnīra Latvijas prese uzsvēra, ka Eiropas čempionu titulu izcīnīja divas valstis – Lietuva un Latvija. Izcīnītais ierobežotā auguma Eiropas čempionu tituls arī Latvijas sporta aprindās netika uzskatīts par līdzvērtīgu Lietuvas izcīnītajam čempionu titulam. Mūsdienās FIBA statistikas apkopojumos nemaz netiek norādīts, ka 1939. gada Eiropas čempionātā tika izcīnīti divi čempionu tituli.

Pēc Latvijas delegācijas atgriešanās no turnīra valsts sporta vadība izvērtēja saņemto informāciju par Latvijas izlases dalības apstākļiem un 1939. gada jūnija sākumā ar Latvijas Fiziskās kultūras un sporta komitejas priekšsēdētāja un Latvijas Olimpiskās komitejas prezidenta Alfrēda Bērziņa piekrišanu paziņoja par sporta attiecību pārtraukšanu ar Lietuvu. Kā oficiālais pamatojums bija norādīta Lietuvas nedraudzīgā attieksme čempionāta spēlē starp Latvijas un Lietuvas basketbola izlasēm 22.05.1939., kad Latvijas basketbolistiem bija jāsaskaras ar lietuviešu skatītāju nepieklājīgu, atklāti naidīgu uzvedību sacīkstes laikā un pat fiziskiem uzbrukumiem uzreiz pēc spēles.

Negatīvo attieksmi pastiprināja emocionāls viedoklis, ka Lietuvas izlase attiecīgajā spēlē uzvarējusi negodīgi, norādot uz ASV dzimušu spēlētāju iekļaušanu Lietuvas valstsvienībā, amatierisma principu pārkāpšanu, lietuviešu līdzjutēju naidīgās uzvedības nenovēršanu un pat netaisnīgu tiesāšanu Latvijas–Lietuvas 22.05.1939. spēlē. Abu valstu sporta attiecības oficiāli palika pārtrauktas un Latvijas un Lietuvas sportisti savstarpēji nesacentās līdz pat Padomju Sociālistisko Republiku Savienības īstenotajai abu valstu okupācijai 06.1940.