Hordaiņi ir divpusēji simetriski dzīvnieki, un tiem ir tikai viena iedomāta simetrijas plakne, kas sadala ķermeni divās vienādās daļās. Hordaiņi ir otrmutnieki. Tiem sekundārā mute veidojas primārajai mutei (gastroporai) pretējā ķermeņa galā. Primārās mutes vietā veidojas anālā atvere. Hordaiņu ķermenim izšķir galvu, vidukli un asti. Izņēmums ir tunikāti. Tiem ķermeni apņem savdabīgs apvalks (tunika). Tunika daļēji ir ādas epitēlija, daļēji tajā esošo mezenhīmas šūnu izdalījums. Tas ir tunicīns, kas pēc ķīmiskā sastāva ir tuvs augu celulozei. Tipiskas hordaiņu pazīmes tunikātiem ir izteiktas tikai kāpura stadijā. Visiem hordaiņiem vismaz kādā no attīstības stadijām ir raksturīga horda (chorda dorsalis), dorsālā nervu caurule un centrālā nervu sistēma, žaunu spraugas. Horda ir skeleta ass. Tā ir elastīga, spēj locīties. Hordu veido īpatnēji audi, kas sastāv no vakuolizētām šūnām. Horda ir veidojusies entodermāli, atdaloties no zarnu caurules mugurējās sienas. Visu dzīves laiku horda saglabājas tikai zemākajiem hordaiņiem. Augstākajiem hordaiņiem tā ir tikai dīgļa stadijā. Vēlāk hordu nomaina mugurkaula skriemeļi. Skriemeļi veidojas no saistaudiem, kas apņem hordu. Centrālā nervu sistēma atrodas ķermeņa mugurpusē nervu caurulē. Hordaiņiem nervu caurule veidojas ektodermāli kā ieliekums mugurpusē dīgļa stadijā. Nervu caurules priekšējā daļā veidojas paplašinājums, kur veidojas smadzenes. Tās labi attīstītas ir tikai mugurkaulniekiem, kam smadzenēs ir specializēti funkcionālie apgabali. Tunikātu kāpuriem ir orgāni, kas ir jutīgi pret gaismu, un sajūtu orgāni, kas reaģē uz gravitāciju. Galvhordaiņiem nervu caurulē ir gaismas receptori, kas reaģē uz pēkšņām gaismas intensitātes izmaiņām. Acis un citi sajūtu orgāni vislabāk ir attīstīti mugurkaulniekiem. Žaunu spraugas ir pāra atveres zarnu caurules priekšējā nodalījuma (rīkles) sienā. Tās savieno zarnu dobumu ar apkārtējo vidi. Ūdenī dzīvojošajiem hordaiņiem žaunas saglabājas visas dzīves laikā un tiek izmantotas elpošanai. Sauszemes hordaiņiem žaunas ir tikai dīgļa stadijā. Plaušas ir galvenais elpošanas orgāns sauszemes mugurkaulniekiem un dažām zivīm. Hordaiņiem ir raksturīga muskuļaina aste, kas atrodas aiz anālās atveres. Daļai hordaiņu (arī cilvēkiem) aste ir tikai dīgļa stadijā. Hordaiņiem ir sekundārais ķermeņa dobums celoms, kas ir kopīga pazīme visiem celomātiem (Coelomata). Hordaiņi spēj kustēties ar muskuļu palīdzību vismaz kādā no attīstības stadijām. Galvhordaiņiem un mugurkaulniekiem muskuļi ir labi attīstīti, tunikātiem tie ir vienkāršāki. Tunikātu kāpuri kustas ar astes palīdzību. Galvhordaiņi pārvietojas, viļņveidā kustinot ķermeni. Mugurkaulniekiem pārvietošanās notiek, kustoties ar visu ķermeni (zuši, čūskas) vai spurām un kājām. Putniem un dažiem zīdītājiem kājas ir pārveidojušās par spārniem. Tunikāti un galvhordaiņi barojas, filtrējot ūdens masas un uztverot tajās esošās barības daļiņas. Kustinot uz žaunu atverēm esošās skropstiņas, tie pārvieto ūdeni mutē un cauri rīklei. Uz rīkles sieniņām atrodas gļotas, kas uztver barības daļiņas. Līdzīgi barojas bezžokļaiņi (Agnatha) nēģi. Tiem ūdens plūsmu veicina rīkles muskulatūras kontrakcijas. Hordaiņiem, izņemot tunikātus, ir slēgta asinsrites sistēma. Galvhordaiņiem asins plūsmu nodrošina asinsvadu kontrakcijas, bet tunikātiem un mugurkaulniekiem – sirds. Hordaiņu dzīves cikls sākas ar olšūnas apaugļošanos. Primitīvajām formām apaugļošanās ir ārēja. Bezdzimuma vairošanās ir raksturīga tunikātiem, dažām ķirzakām un zivīm. Hermafrodītisms ir dažām zivīm un tunikātiem. Daļai tunikātu un vairumam mugurkaulnieku ir raksturīga iekšējā apaugļošanās, dzīvdzemdēšana un vecāku rūpes par mazuļiem.