Neofunkcionālisma teorijas pamatā ir izpratne par savstarpēji pastiprinošiem procesiem, kur ikviena izmaiņa politikā ved uz tālāku integrāciju saistītajās jomās. To dēvē par pārplūdes efektu (spillover effect). Attiecīgi Eiropas integrācijas process ir relatīvi automātisks un racionālu nepieciešamību vadīts. Vienas politikas jomas reģionālās integrācijas veicināšana “pārplūst” citās politikas jomās, veicinot tālāku integrāciju. Neofunkcionālistu skatījumā Eiropas integrācija ir nacionālo valstu vai starptautisko organizāciju politisko un ekonomisko līderu virzīts process. Tādēļ neofunkcionālisma teorijas piekritēji analīzē koncentrējas uz politisko partiju, valdību, ietekmīgu uzņēmumu un interešu grupu lomu lēmumu pieņemšanā nacionālā un pārnacionālā līmenī. Neofunkcionālistu skatījumā politiskās elites viena otru socializē un ar laiku kļūst arvien pārnacionālākas un domā primāri Eiropas līmenī, nevis šauri nacionālajā. Līdzīgs process notiek arī biznesa elišu vidū, kuras sāk uzlūkot savas intereses un peļņas gūšanu pārnacionālā līmenī un tiecas strādāt ar pārnacionālām institūcijām, nevis nacionālajām valdībām.

Neofunkcionālisms sākotnēji izauga no 20. gs. starpkaru perioda starptautisko attiecību funkcionālisma teorijām, kas uzsvēra valstu centienus sadarboties un veidot kopīgas institūcijas. Tieši neofunkcionālisms tiek uzskatīta par pirmo Eiropas integrācijas teoriju. To 20. gs. 50. gadu otrajā pusē un 60. gadu sākumā izstrādāja amerikāņu politologs Ernsts Hāss (Ernst Bernard Haas), reaģējot uz Eiropas Ogļu un tērauda kopienas (EOTK, European Coal and Steel Community) un vēlāk Eiropas Ekonomikas kopienas (EEK, European Economic Community) izveidi. Neilgi pirms E. Hāsa nozīmīgās grāmatas “Eiropas apvienošana” (The Uniting of Europe) publicēšanas 1958. gadā sadarbība ogļu un tērauda jomā bija “pārplūdusi” uz EEK un Eiropas Atomenerģijas kopienu (European Atomic Energy Community, tā dēvētais Euratom). Valstu brīvprātīgas suverenitātes atdošana pārnacionālam līmenim un kolektīva ekonomisko interešu koordinēšana bija jauna parādība starptautiskajā politikā. E. Hāsa idejas ļoti kontrastēja ar tobrīd dominējošo starptautisko attiecību reālisma skolas teorētiķu skatījumu, kuri atzina tikai valstis kā analīzes vienības un galveno uzskatīja tieši interešu savstarpēju konfrontāciju, nevis sadarbību. Vienlaicīgi neofunkcionālisma pamatā ir arī epistemoloģiskajā pozitīvismā balstīts pieņēmums, ka aktoru uzvedību var izskaidrot un mērīt ar objektīvu to pastāvēšanas un darbību trajektoriju analīzi.

Sākotnēji E. Hāsa izstrādātā teorija bija attiecināma uz citiem valstu reģionālās sadarbības piemēriem arī ārpus Eiropas. Tomēr lielāko popularitāti neofunkcionālisms ieguva, tieši skaidrojot Eiropas integrāciju kopš Otrā pasaules kara beigām, un atgriešanās pie tā notika arī gadu tūkstošu mijā. Sākotnēji neofunkcionālisma teorija uzsvēra ekspertu lomu problēmu definēša/nā un risināšanā. Eksperti attiecīgi mācījās no savas pieredzes un mācīja to tālāk citiem līdzīgu problēmu risināšanai. Vēlākie teorijas pielāgojumi jau uzsvēra tiešā veidā institūciju un reģionālo organizāciju kopējo spēju ietekmēt lēmumu pieņemšanu un pārmaiņas. Šis process, kad rīcībpolitika “pārplūda” no vienas jomas uz citu vai arī no zemāka līmeņa uz augstāku lēmumu pieņemšanas līmeni, tostarp no nacionāla uz pārnacionālu un otrādi, kļuva par galveno neofunkcionālisma pētniecības objektu. 20. gs. 60. gadu beigās un 70. gadu sākumā E. Hāss daudzus elementus pārskatīja un pat noraidīja sākotnējo versiju kā novecojušu. Neofunkcionālismu tālāk modificēja un papildināja virkne autoru, tostarp amerikāņu politologi Filips Šmiters (Philippe C. Schmitter), Leons Nords Lindbergs (Leon Nord Lindberg) un Stjuarts Šeingolds (Stuart A. Scheingold). E. Hāss vairākkārt centās pielāgot neofunkcionālisma teoriju, iepludinot tajā starpvaldību teorijas, konstruktīvisma un savstarpējās atkarības teorijas elementus. Tomēr tikai 20. gs. 90. gadu otrajā pusē neofunkcionālisms atguva popularitāti, jo tas sakrita arī ar atgriešanos pie federālisma politiskās ideoloģijas dominances Eiropas integrācijā un ļoti strauju praktisko Eiropas Savienības padziļināšanos un paplašināšanos pēc Aukstā kara beigām.

Sākotnēji neofunkcionālisma pētījumos netika piešķirta nozīme sabiedriskajam viedoklim vai iedzīvotāju politiskajai aktivitātei. Tikai ar 20. gs. 60. gadiem iedzīvotāju politiskā līdzdalība un interešu grupas guva lielāku ievērību. Neofunkcionālisms arī klasiski ir uzsvēris to, ka integrācija ir process un tam nav gala stāvokļa, kas tiks sasniegts. Tas bieži novedis diskusijās pie tā, ka neofunkcionālismu pieskaita konceptiem, kas nespēj skaidrot plašākus notikumus kā citas starptautisko attiecību vai Eiropas integrācijas teorijas. Tāpat neofunkcionālisms ir ticis kritizēts par to, ka “pārplūdes efekts” tiek uzskatīts par pašsaprotamu un automātisku. Kritiķi un pat paši neofunkcionālisti ir tiekušies iekļaut aģentu – politiķu, institūciju, birokrātu u. c. – ietekmes detalizētāku skaidrojumu Eiropas integrācijas procesos. Tāpat neofunkcionālistiem pārmet, ka tie nespēj skaidrot periodus, kad Eiropas integrācijā dominē vai to bremzē suverenitātes un nacionālisma principi un ideoloģijas, kā arī valstu sabiedrību atbalsts reģionālās integrācijas procesiem.

Neofunkcionālisma teorētiķi izdala trīs veidu pārplūdes: funkcionālo, politisko un kultivēto. Atsevišķos gadījumos runa ir arī par “atplūdes efektu” (spillback effect) kā atsevišķu veidu. Lielbritānijai izstājoties no Eiropas Savienības, notika reakcionāra virzība, kuru bija izraisījušas “pārplūdes desmitgades” kopš Lielbritānija iestājās organizācijā. Funkcionālais pārplūdes veids nozīmē, ka ekonomisko sektoru savstarpējā saikne izraisa nepieciešamību pēc saistītas politiskās regulācijas tajos visos. Notiekot krīzei vienā, notiks krīze arī saistītajos sektoros, ja nebūs nodrošināta vienota pieeja. Politiskās pārplūdes veids nozīmē, ka elites un lēmumu pieņēmēji var izvēlēties sekmēt lēmumu pieņemšanu pārnacionālā jeb reģionālā līmenī, ja to plāni un intereses netiek īstenoti nacionālā līmenī. Visbeidzot, kultivētās pārplūdes veids nozīmē, ka pašas pārnacionālās institūcijas, lai palielinātu savu ietekmi un paplašinātos, sekmē integrāciju arvien jaunos sektoros un valstīs. Ikviens no šiem veidiem ir bieži ticis kritizēts arī par to, ka tie nav universāli piemērojami, jo empīriskais materiāls bieži iezīmē pretrunas ar šiem pieņēmumiem.

Neofunkcionālisma teorijas metodoloģijas pamatā ir mācīšanās un socializācijas pieeja, kas nav universāli izplatīta starptautisko attiecību teorijās. Socializēšanas pētniecība uzsver, ka regulāra politisko aktoru savstarpēja mijiedarbība dažādos līmeņos un dažādās jomās noved pie vienotu izpratņu, pieeju un uztveres attīstības. Tas sekmē arī vienotu naratīvu veidošanos un attiecīgi – kopīgu interešu un politiku veidošanu.

Kvalitatīvo pētījumu metožu ziņā neofunkcionālisma teorijas sekotāji izmanto galvenokārt gadījuma analīzi, salīdzinošo analīzi, dokumentu analīzi, statistikas datu analīzi.

Neofunkcionālisms tiek lietots politikas zinātnes disciplīnā, konkrēti starptautisko attiecību, politiskās ekonomikas un Eiropas integrācijas pētniecības apakšdisciplīnās. Neofunkcionālisma “pārplūdes efektu” integrācijas teorētiķi pielietojuši plašam parādību spektram, kā arī disciplīnās, tostarp socioloģijā, ekonomikā, kultūrā. Jautājumi par funkcionālo savstarpējo atkarību, birokrātiskajām mijiedarbībām, kā arī interešu grupu veidošanos un mobilizēšanos jomu un politiku aizstāvēšanai pakāpeniski ir ieviesušies arī citās starptautisko attiecību un citu disciplīnu teorijās, lai arī lielākoties bez tiešām atsaucēm.

Neofunkcionālismam ir bijusi ietekme uz daudziem autoriem un teorijām vai nu tiešā veidā, vai ar neofunkcionālisma ideju kritiku. Proti, pirmās Eiropas integrācijas teorijas kritika noveda pie tā, ka veidojās un attīstījās citas Eiropas integrācijas teorijas un reģionālās integrācijas teorijas kopumā. Neofunkcionālisma teorija tiek izmantota gan akadēmiskajā pētniecībā, gan arī organizāciju darbības praktiskajā īstenošanā. Neofunkcionālisma teorijas ir plaši izmantotas Eiropas Savienības institūciju un iestāžu izveides un darbības skaidrošanai un pamatošanai, tostarp krīžu skaidrošanai.