Skola tika izveidota uz esošās Cēsu 1. vidusskolas bāzes (kura atguva ģimnāzijas statusu 1996. gadā un Cēsu Valsts ģimnāzijas nosaukumu 2007. gadā).
1991. gada septembrī mācības ģimnāzijā uzsāka konkursa kārtībā uzņemtie 116 ģimnāzisti, darbu skolas direktora Jāņa Endeles vadībā uzsāka 14 skolotāji: Austra Dika, Daiga Rubene, Laima Pērkone, Guna Ulme, Maija Sīle, Arnis Andersons, Laima Rutka, Alvis Kalniņš, Arnolds Strazdiņš, Viktorija Sīviņa, Egils Trumpe, Ivars Rausis, Andris Presis, Maiga Lapiņa. Daudzi skolotāji strādāja ģimnāzijā, turpinot darbu Cēsu 1. vidusskolā. Izveidojās divas fiziski atdalītas skolas: esošā Cēsu 1. vidusskola un jaunizveidotā Cēsu Valsts ģimnāzija, kurai tika iedalīts Cēsu 1. vidusskolas piebūves 4. korpuss – piecas klases. Papildus mācību procesa īstenošanai tika izmantotas telpas Raunas ielā 1, Raunas ielā 4b, Cēsu 3. deviņgadīgajā skolā, Cēsu Autoremonta rūpnīcas sporta zālē. No 1992. gada septembra Cēsu Valsts ģimnāzijai bezmaksas un beztermiņa lietošanā tika nodotas bijušā pilsētas 8. bērnudārza telpas Pūces ielā 2, Cēsīs, un divas Līvānu tipa viendzīvokļa dzīvojamās mājas Dzirnavu ielā 52, Dzirnavu ielā 54, Cēsīs. 1996. gadā Cēsu pilsētas dome iepriekš minētās ēkas nodeva Draudzīgā Aicinājuma Cēsu Valsts ģimnāzijas īpašumā. Pārejas periodā galvenā uzmanība tika veltīta pedagoģiskā personāla komplektēšanai, 9. un 10. klašu pārejai uz ģimnāzijas statusu, jaunu eksperimentālu programmu izstrādāšanai un apguvei un ekonomiskajai attīstībai.
1997. gadā skolā tika iekārtota pirmā datorklase, pēc diviem gadiem otrā, izveidots reģionālais datorcentrs, kas jau tad deva iespēju izmantot internetu. Ģimnāzija bija pirmā skola Cēsu rajonā, kas izveidoja mājaslapu tīmeklī.
Ģimnāzijai ir sava simbolika – studentu korporācijas “Patria” 1937. gadā Cēsu Valsts ģimnāzijai dāvinātais karogs. Padomju okupācijas laikā vēsturisko skolas karogu saglabāja bijusī skolas darbvede Vilma Mihailova-Jēgere. 1989. gada 20. maijā karogu nodeva Cēsu 1. vidusskolas direktoram Ivaram Zemītim, bet tālāk tas tika nodots jaunradītajai Draudzīgā aicinājuma Cēsu valsts ģimnāzijai, kas sevi pozicionēja kā 1925. gadā dibinātās ģimnāzijas tiesību un saistību pārņēmēju. Skolas logotips tika izveidots 1990. gadā. Skolas himnas vārdu un mūzikas autors ir tās absolvents Mārtiņš Zemzars; dziesma skolai dāvināta skolas 15 gadu jubilejā 2005. gadā.