Jānis Ruberts bija pirmais LU Acu klīnikas vadītājs (1922–1934), LU otrais rektors (1923–1925).

Dzimis krodzinieka Hermaņa Jūlija Ruberta un Emīlijas Marijas (dzimusi Šlesere) ģimenē, bija viņu vecākais bērns. Ģimenē bija vismaz seši bērni. Vecākais no jaunākajiem brāļiem – Bernhards – bija Rīgas pilsētas lopkautuves veterinārārsts. 

J. Ruberts apprecējās Tērbatā (mūsdienās Tartu) 03.12.1901. ar tur dzimušo zeltera fabrikanta meitu – atraitni Ludmilu Černovu (dzimusi Branta; Ludmila Ida Katarīna Branta, Ludmilla Ida Katharina Brandt). Laulībā piedzima trīs bērni – dēls Bernhards, kurš bija ārsts un izdarīja pašnāvību 29 gadu vecumā; meitas Karina un Kēte, kuras arī pāragri nomira.

J. Ruberts mācījās Daugavgrīvas elementārskolā, vēlāk Rīgas Aleksandra ģimnāzijā, ko pabeidza 1894. gadā. Studēja medicīnu Tērbatas Universitātē (tagad Tartu Universitāte, Tartu Ülikool) no 1894. līdz 1899. gadam, iegūstot ārsta grādu.

29.03.1903. J. Ruberts ieguva medicīnas doktora grādu Tērbatas Universitātē, aizstāvot disertāciju par lepras izraisītām acu slimībām (О заболеваниях глаз при проказе).

Bija studentu korporācijas “Lettonia” filistrs.

No 1900. gada J. Ruberts bija Tērbatas Universitātes Acu klīnikas asistents, bet no 10.1902. līdz 12.1903. iesaukts karadienestā Krievijas armijā (95. Krasnojarskas kājnieku pulka jaunākais ārsts turpat Tērbatā; formāli skaitījies dienestā 180. Ventspils kājnieku pulkā).

No 02.1904. J. Ruberts pēc ķeizarienes Marijas Aklo kuratorijas (попечительства императрицы Марии Александровны о слепых) uzaicinājuma kļuva par acu dziednīcas direktoru Zveņigorodkā, Kijivas guberņā. Pēc J. Ruberta ierosinājuma šī dziednīca vēlāk pārveidota par Kijivas guberņas zemstes acu slimnīcu. Tā kļuva pazīstama plašā apkārtnē. Veicot klīniskos pētījumus, J. Ruberts iepazinās ar Svētā Vladimira Universitātes (Императорский университет Святого Владимира) Kijivā patoloģiskās anatomijas profesoru Vladimiru Visokoviču (Владимир Константинович Высокович), kurš viņu uzaicināja darbā universitātē. Kijivas posms bija ļoti nozīmīgs J. Ruberta izaugsmē, jo šajā laikā viņš kļuva par pazīstamu un atzītu speciālistu ne tikai Krievijas Impērijā, bet arī ārzemēs.

1910. gadā J. Ruberts ievēlēts par Svētā Vladimira Universitātes Kijivā privātdocentu. Viņš pilnveidoja zināšanas Vācijas, Austroungārijas, Šveices klīnikās un augstskolās, tostarp pie Eiropā tolaik atzītākā oftalmologa Karla Teodora Aksenfelda (Karl Theodor Axenfeld) Freiburgā. J. Ruberts kļuva par pastāvīgu autoru krievu un vācu oftalmoloģijas žurnālos, iesaistījās vairāku oftalmologu biedrību darbā.

Pēc oftalmoloģijas profesora Aleksandra Šimanovska (Александр Федорович Шимановский) nāves J. Rubertu 03.1919. ievēlēja par profesoru un Acu slimību klīnikas direktoru. Viņš bija arī klīniku Direktoru padomes priekšsēdētājs un īslaicīgi – universitātes rektora aizvietotājs.

J. Ruberts 03.1922. atgriezās Latvijā, bija Latvijas Augstskolas (vēlākās LU) organizācijas padomes loceklis, no 04.1922. – Latvijas Augstskolas (22.08.1922. pārdēvēta par LU) profesors un Acu klīnikas direktors. 

No 23.04.1923. J. Ruberts bija Medicīnas fakultātes dekāns, taču jau 16.05.1923. viņu ievēlēja par LU rektoru (amatā no 01.07.1923. līdz 01.07.1925.).

J. Ruberta vadībā doktora disertācijas aizstāvēja oftalmologs Kārlis Apinis un oftalmologs Kārlis Balodis.

Pēc J. Ruberta iniciatīvas 1928. gadā Rīgā tika sasaukts 1. Baltijas oftalmologu kongress (konference) un izveidota Baltijas Oftalmologu savienība. Turpmāk šādi saieti notika 1930. gadā Tērbatā, 1932. gadā Kauņā un 1934. gadā Rīgā, kad J. Ruberts vienbalsīgi tika ievēlēts par Baltijas Oftalmologu savienības pirmo goda priekšsēdētāju. 1929. gadā viņš pārstāvēja Latviju Starptautiskajā Oftalmologu kongresā Amsterdamā.

J. Ruberts 11.1932. piedalījās Latvijas Oftalmologu biedrības nodibināšanā un bija tās pirmais priekšsēdētājs.

LU rektora J. Ruberta vadības laikā (1923–1925) notika strauja augstskolas akadēmiskā un zinātniskā izaugsme.

J. Ruberts pētījis acs patohistoloģiju, fliktenulozo acu slimību etioloģiju, asaru novadceļu saslimšanu trahomas gadījumā, adrenalīna ietekmi uz acs iekšējo spiedienu, kataraktas ekstrakciju, acābola siderozi, kā arī oftalmoloģijas vēsturi.

Triju Zvaigžņu ordenis (1927, III šķira). Strādājot Kijivā, J. Ruberts apbalvots ar Krievijas Svētā Staņislava ordeni (II un III šķira), kā arī Svētās Annas ordeni (II un III šķira).

Lielajos kapos 05.1998. atklāts piemiņas akmens J. Rubertam, jo dzimtas kapavieta nav saglabājusies Senču ielas izbūves dēļ.