1991. gada 20. augustā Igaunijas Republikas Augstākā padome pieņēma rezolūciju par Igaunijas valsts neatkarību, ar kuru tika pasludināta Igaunijas Republikas neatkarība pēc apvērsuma mēģinājuma Maskavā. Šai rezolūcijai bija būtiska nozīme mūsdienās spēkā esošās konstitūcijas izstrādē, jo tās rezultātā tika izveidota Konstitucionālā asambleja, kuras uzdevums bija izstrādāt jaunu Igaunijas konstitūciju. Konstitucionālajā asamblejā tika iekļauti Igaunijas Kongresa un Augstākās padomes locekļi, kuras abas 1990. gadā bija tautas ievēlētas pārstāvniecības institūcijas; pirmajās vēlēšanās varēja piedalīties Igaunijas pilsoņi (tie, kuri dzīvoja Igaunijā padomju okupācijas laikā), bet otrajās – visi Igaunijas teritorijā dzīvojošie.
Konstitucionālā asambleja strādāja pie jaunās konstitūcijas izstrādes, izmantojot piecus likumprojektus, no kuriem viens bija 1938. gadā pieņemtā konstitūcija. Divi no šiem likumprojektiem, toreizējā tieslietu ministra Jiri Raidlas (Jüri Raidla) un jurista Ando Lepsi (Ando Lepsi) sagatavotie, atbalstīja prezidentālu, nevis parlamentāru pārvaldes sistēmu, un A. Lepsi izstrādātais projekts bija ļoti līdzīgs 1938. gadā pieņemtajai konstitūcijai. Trešo likumprojektu izstrādāja Jiri Adamss (Jüri Adams), Igaunijas Nacionālās neatkarības partijas (politiskā partija, kas dibināta pirms neatkarības atjaunošanas un nebija komunistiska) biedrs. J. Adamsa likumprojektā tika dota priekšroka parlamentārajai demokrātijai, iekļaujot gan 1920. gada, gan 1938. gada konstitūcijas elementus. Ceturto likumprojektu, kas arī ļoti līdzinājās 1920. gada konstitūcijai un saglabāja iespēju pāriet uz monarhiju, nosaucot valsti nevis par Igaunijas Republiku, bet vienkārši par Igauniju, izstrādāja rojālistu partijas līderis Kalle Kulboks (Kalle Kulbok). Konstitucionālā asambleja nolēma konstitūciju balstīt J. Adamsa likumprojektā.
Likumprojekts tika izskatīts trīs lasījumos. Pirmais lasījums noritēja diezgan raiti, tika uzaicināti arī ārvalstu eksperti, un galvenā uzmanība tika pievērsta pamattiesībām. Otrajā un trešajā lasījumā radās būtiskas domstarpības par to, vai ieviest parlamentāru vai prezidentālu pārvaldes sistēmu. Turklāt tika apspriesti arī tie konstitūcijas aspekti, par kuriem iepriekš bija panākta vienprātība, un pēc turpmākām apspriedēm dažos jautājumos tika ieņemtas atšķirīgas nostājas. Lai atrisinātu šo sarežģīto situāciju, tika izveidota jauna konstitūcijas izstrādes komiteja ar mērķi salāgot dažādas konstitūcijas nodaļas, jo iepriekš pie dažādām konstitūcijas daļām strādāja atsevišķi, nesaskaņojot darbu ar citu sadaļu izstrādātājiem. Konstitūcijas projekts tika publicēts 1991. gada 13. decembrī, un sabiedrībai tika dota iespēja izteikt savus komentārus. Divi galvenie priekšlikumi: ieviest tiešas prezidenta vēlēšanas un nosaukt valsts vadītāju par prezidentu. Atbalstu guva tikai otrais priekšlikums. 1992. gada 14. februārī Konstitucionālā asambleja nolēma konstitūcijas projektu nodot referendumam. Referendums notika 1992. gada 28. jūnijā, un konstitūcija tika pieņemta ar pārliecinošu balsu vairākumu.
Līdz 2026. gada aprīlim pašreizējā konstitūcija ir grozīta sešas reizes. Pirmais grozījums stājās spēkā 2005. gada 17. oktobrī un ar to tika mainīts vēlēšanu grafiks, – pašvaldību vēlēšanas sāka rīkot reizi četros, nevis reizi trijos gados. Otrais grozījums tika veikts 2003. gadā, kad referendumā tika pieņemts Likums par grozījumiem Igaunijas Republikas konstitūcijā (Grozījumu likums), kā atsevišķs likums, kas papildina konstitūciju. Šī likuma pieņemšana bija priekšnoteikums, lai Igaunija varētu iestāties Eiropas Savienībā (ES; European Union). Trešais grozījums tika ieviests 2007. gadā, izdarot izmaiņas preambulā, kā vienu no konstitūcijas mērķiem iekļaujot igauņu valodas saglabāšanu cauri laikiem. Ar grozījumiem, kas stājās spēkā 2011. gadā, tika nedaudz grozītas parlamenta (riigikogu) un republikas prezidenta pilnvaras un veiktas nelielas izmaiņas nodaļā par valsts aizsardzību. Piektais grozījums, kas tika pieņemts 2015. gadā, pazemināja balsošanas vecumu pašvaldību vēlēšanās no 18 līdz 16 gadiem. Visbeidzot, pēdējie konstitūcijas grozījumi stājās spēkā pakāpeniski, daļa 2025. gadā un daļa – 2026. gadā. Ar šo grozījumu tika atceltas trešo valstu pilsoņu tiesības balsot pašvaldību vēlēšanās. Pēc pirmā grozījuma stāšanās spēkā balsstiesības tika saglabātas bezvalstniekiem, bet saskaņā ar grozījumiem, kuri stājās spēkā 2026. gada 1. martā, tiesības balsot pašvaldību vēlēšanās ir tikai Igaunijas pilsoņiem un ES pilsoņiem.