Ikšķiles baznīcas celšanu blakus Daugavas lībiešu ciemam 1184. gadā uzsāka vācu misionārs Meinards (vācu Meinhard von Segeberg, latīņu Meynardus). 12. gs. beigās tika uzbūvēta vienjoma romānikas stila baznīca ar apsīdu. Tās dienvidu siena daļēji iekļauta 13. gs. pirmajā pusē pārbūvētā divjomu baznīcā, kurai bija taisnstūrains koris. Viduslaikos baznīca kopā ar blakus celto Ikšķiles pili veidoja vienotu nocietinājumu kompleksu. 1879.–1881. gadā baznīca pārbūvēta, pagarinot uz rietumu un austrumu pusi. Pēc sagraušanas Pirmajā pasaules karā saglabājušās drupas, kas kopš 1975. gada beigām atrodas uz mākslīgi izveidotas salas uzplūdinātajā Rīgas hidroelektrostacijas (HES) ūdenskrātuvē.

Citi nosaukumi: 1186.–1196. gadā – Ikšķiles Svētās Marijas baznīca, bīskapa Meinarda Doms; 13.–17. gs. – Ikšķiles Svētā Sīmaņa un Jūdas baznīca.

Daugavas lejtecē 12. gs. 80. gados ieradās katoļu misionārs, augustīniešu mūks Meinards no Zēgebergas, kuru 1186. gadā Brēmenes metropolīts iesvētīja par Ikšķiles bīskapu. Ieguvis atļauju no Polockas kņaza, viņš kristīja lībiešus, nopirka zemi Daugavas stāvajā labajā krastā blakus lībiešu ciemam un 1184. gada vasarā sāka celt baznīcu. Pēc Indriķa Livonijas hronikas (Heinrici cronicon Lyvoniae, 1225–1227) ziņām un arheoloģiski atsegto drupu būvizpētes Ikšķiles baznīcas celtniecības gaitu pētījis un secinājumus 2004. gadā publicējis arhitekts Gunārs Jansons. Hipotētiski tiek pieņemts, ka vispirms uzcelta koka baznīca. Tās vietā pēc 1185. gada Gotlandes meistari uzbūvēja vienjoma romānikas stila baznīcu ar 11 m platu kvadrātisku kori un pusaploces apsīdu. Tā mūrēta uz granītakmeņu pamatiem no Daugavas krastā izlauztiem dolomīta akmeņiem. Ap 1230. gadu ēka pārveidota pēc cisterciešu būvtipa, uzceļot 23 m garu romānikas un gotikas pārejas stila divjomu baznīcu, kuras dienvidu ārsienā tika iekļauta pirmās baznīcas dienvidu siena. 13 m platās draudzes telpas četru traveju velves balstīja telpas vidū novietots krustveida pīlārs, bet 11 m platajam korim bija taisns austrumu sienas noslēgums. Triumfa loku sadalīja apaļa kolonna ar balstekļa konsolē izkaltu pieclapu rozeti, abas sānu ailas pārsedz smailloka arkas. Uz dienvidiem no baznīcas bija kapsēta, kurā arheoloģiski izpētīja ap 800 apbedījumu. Baznīca un uz austrumiem no tās uzceltā Ikšķiles pils viduslaikos bija apjoztas ar aizsargmūri un veidoja vienotu nocietinājumu kompleksu.

Ikšķile 1184. gadā bija jaundibinātas katoļu draudzes baznīca, bet 1186.–1201. gadā Ikšķiles bīskapijas pirmā bīskapa Meinarda un nākamo divu bīskapu katedrāle jeb Svētās Marijas Doms. No 13. gs. līdz 16. gs. vidum – draudzes baznīca, kuras svētie patroni bija Svētais Sīmanis un Jūda. Līdz 18. gs. baznīca bija apbedījumu vieta ar altārtelpā izbūvētām zemgrīdas kapličām. Kopš 16. gs. otrās puses šī bija luterāņu draudzes baznīca.

Ikšķiles baznīcā apbedīts pirmais bīskaps Meinards 1196. gadā, otrais bīskaps Bertolds 1198. gadā, jaunkristītie lībiešu mocekļi Kirjāns (Kyrianus) un Lajāns (Layanus) 1206. gadā. Kad trešais bīskaps Alberts (Albert von Buxhoeveden, Albertus Rigensis) 1201. gadā savu sēdekli pārcēla uz Rīgu, Ikšķile kļuva par draudzes baznīcu. 1225. gadā Ikšķilē ieradās pāvesta legāts Vilhelms no Modenas (Wilhelm von Modena, Gulielmus Mutinensis) un noturēja misi pirmo bīskapu piemiņai. Domājams, ka laikā no 1226. līdz 1230. gadam baznīcu pārbūvēja un to nosauca par Svētā Sīmaņa un Jūdas baznīcu. Vai nu tolaik, vai līdz 14. gs. abu pirmo bīskapu pīšļus pārapbedīja no Ikšķiles uz Rīgas Domu.

16. gs. 60. gados Ikšķiles muiža nonāca Rīgas pilsētas īpašumā, un tās rāte kļuva par Ikšķiles baznīcas patronu. No 16. gs. beigām līdz 19. gs. baznīcai ik pa laikam remontēts jumts un velves, paplašināti logi, pie kora uzcelta sakristeja. 1879.–1881. gadā pēc arhitekta Johana Daniela Felsko (Johann Daniel Felsko) projekta vecā ēka pagarināta un pārbūvēta par neogotisku divjomu baznīcu, uzcelts augsts rietumu tornis un kora telpai piebūvēts poligonāls altārgals. Pirmā pasaules kara laikā 1915.–1916. gadā baznīcu sašāva vācu artilērija.

20. gs. 70. gados Ikšķiles baznīca nonāca projektētā Rīgas HES ūdenskrātuves zonā, kur ūdens līmeni bija plānots pacelt 1,5 m virs baznīcas grīdas. Lai drupas neizskalotu, to apakšdaļu apbēra ar smiltīm un dolomīta šķembām 2,5 m biezā slānī. 1975. gada beigās baznīcas drupas nonāca uz uzplūdinātajā Daugavā mākslīgi izveidotas salas. 1998. gadā Ikšķiles pilsētas dome salu piešķīra lietošanā Svētā Meinarda katoļu draudzei un nodēvēja to pirmā bīskapa Svētā Meinarda vārdā.

1926. gadā Pieminekļu valde iekļāva Ikšķiles baznīcas drupas valsts aizsargāto pieminekļu sarakstā. Arhitekts Pauls Kampe izstrādāja baznīcas atjaunošanas projektu, kas netika realizēts. Baznīcas drupās 1927. gadā notika izrakumi Lundas Universitātes (Lunds universitet) profesora Helges Čellīna (Helge Kjellin) vadībā, piedaloties arhitektam Osvaldam Tīlmanim. 1960.–1963. gadā vēsturnieks Roberts Malvess veica daļēju mūru atrakšanu, bet arhitekts G. Jansons – uzmērījumus un arhitektonisko izpēti. 1962. un 1963. gadā notika mūru konservācijas darbi. 1972. un 1973. gadā arheologs Jānis Graudonis atsedza baznīcas drupas, un līdz 1975. gadam notika to konservācija. 2000. gadā arhitekts Teodors Nigulis izstrādāja projektu, lai baznīcas drupas pārsegtu ar baldahīna veida metāla jumtu. “Ikšķiles baznīcas drupas” ir Valsts nozīmes arhitektūras piemineklis. Mūsdienās pie baznīcas var nokļūt ar laivu. Kad Rīgas HES vasarās pazemina ūdens līmeni, uz salu var aiziet kājām pa uzdambētu ceļu. Uz salas uzstādīts augsts krusts un akmens altāris, pie kura notiek brīvdabas dievkalpojumi.

Ikšķiles viduslaiku baznīcu 1692. gadā attēlojis Olofs Kvists (Olof Quist), bet zīmējums nav saglabājies. Baznīcu 1792. un 1798. gadā zīmējis Johans Kristofs Broce (Johann Christoph Brotze), 1829. gadā baznīcu un interjera kolonnu – Karls fon Ungerns-Šternbergs (Johann Carl Emanuel von Ungern-Sternberg). Lībiešu kristīšanu Ikšķiles baznīcā 1839. gadā attēlojis mākslinieks Frīdrihs Ludvigs fon Maidels (Friedrich Ludwig von Maydell) ofortā “Pirmā pagānu kristīšana Ikšķiles baznīcā netālu no Rīgas 1186. gadā” (Erste Heidentaufe in der Kirche zu Uxkul bey Riga Ao 1186). 1879. gadā baznīcu zīmējis arhitekts Vilhelms Bokslafs (Wilhelm Ludwig Nikolai Bockslaff). 20. gs. sākumā tapusi Arnolda Tigina (arī Tiggins) glezna ar 19. gs. beigās pārbūvēto baznīcu. Vairākus Ikšķiles baznīcas un pils 12.–13. gs. hipotētiskas rekonstrukcijas zīmējumus izgatavojis un 2004. gadā publicējis arhitekts G. Jansons.