Piektais posms ir tikai nosacīti pieskaitāms Livonijas krusta karu laikam. Ap 13. gs. 60. gadu vidu, kad esot atsākusies sporādiska zemgaļu militārā pretošanās, tika mobilizēti skaitliski lieli, ja ticama būtu "Vecākās Livonijas atskaņu hronikas" (Älteste Livländische Reimchronik, 1290–1298) informācija, Livonijas Vācu ordeņa spēki. Šīs bruņinieku krustnešu apvienotās militārās ekspedīcijas pret zemgaļu, kā arī kuršu nocietinātām apdzīvotām vietām (Dobeli, Mežotni, Tērveti, Kuldīgu) noslēdzās 1272. gadā ar to atkārtotu pakļaušanu. Pēc Vecākās atskaņu hronikas vēstījuma un nedaudziem dokumentārajiem avotiem zināms, ka 1279. gada pavasarī notikusī kauja pie Aizkraukles, kurā Vācu ordenis cieta sakāvi, bija ilgstoši briedušu nesaskaņu sekas starp šīs garīgi militārās korporācijas eliti un kristīto zemgaļu vadoni Nameisi. Šim posmam raksturīgs, ka arvien biežāk Vācu ordeņa brāļi sevi dēvēja par krustnešiem (pilgerîme), kuru ekspedīcijas pret Livonijas “pagāniem” ir svētais karš. Šādi veidotam publiskam paštēlam vajadzēja iedvesmot gan ordeņa zemēs Livonijā un Prūsijā kalpojošos brāļus, gan vēl potenciāli rekrutējamos ārpusē – Svētās Romas Impērijas zemēs. Par revanšu pēc Aizkraukles kaujas uzskatāmas Vācu ordeņa ekspedīcijas, kuras atbalstīja ne tikai kurši un esti, bet arī Rīgas arhibīskapa un Livonijas bīskapu vasaļi, sākot ar 1280./1281. gadu līdz 1287. gadam, tās virzot pret Tērveti, Dobeli un citiem zemgaļu centriem. Rakte, Dobele un Sidrabene esot bijušas pēdējās nocietinātās vietas, kuras zemgaļi 1290. gadā zaudējuši Vācu ordenim. Šai sakāvei, pēc Vecākās atskaņu hronikas attēlojuma, sekojusi zemgaļu aiziešana uz Lietuvu. Avotu materiāls atklāj šim posmam pēc Livonijas krusta kariem raksturīgu parādību: pēc 1264./1266. gada, kā liecina dokumentētā pāvestu Urbāna IV (latīņu Urbanus IV; īstajā vārdā Žaks Pantaleons, franču Jacques Pantaléon) un Klementa IV (latīņu Clemens IV; īstajā vārdā Gvido Fuko, franču Gui Foucois, arī Foulques vai Foucault) griba par grēkatlaižu piešķiršanu “svētceļniekiem”, Romas kūrijas un pāvestu atbalsts krusta karu kustībai Livonijas virzienā vairs netika nodrošināts. Taču interese par Livoniju nebija apsīkusi, nemazinājās arī krustnešu plūsma, galvenokārt no Lībekas ostas. Vēstures avoti liecina, ka krusta karotāju klātbūtne Livonijā, it sevišķi Rīgā, bija līdz pat 13. gs. 90. gadu nogalei.
Krusta karu darbība topošajā Livonijas telpā nodrošināja to teritoriālo bāzi, uz kuras varēja veidoties bīskapijas un garīgo zemes kungu vara. Šis process, lai gan ne tik daudz kā kristīgā misija, tieši un neatgriezeniski mainīja pirms tam pastāvējušo sociālo vidi un sabiedrības organizācijas formas: to vietā veidojās jaunas, Rietumu kultūrā sakņotas sociālo un politisko attiecību struktūras un modeļi, piemēram, lēņa attiecības. Krusta kari mobilizēja dažādas profesionālās, sociālās un etniskās grupas no atšķirīgiem Eiropas reģioniem migrācijai Livonijas virzienā. Šādi radītās saskarsmes rezultātā ar vietējām nekristiešu sabiedrībām tika veicināti ekonomiskās apmaiņas un zināšanu pārneses procesi, kas ļāva topošajai Livonijas sabiedrībai kopš 13. gs. 2. puses iekļauties Rietumu kultūras telpā. Nenoliedzami ir tas, ka arī Livonijā svētā kara ideāliem bija ļoti liela nozīme kolektīvo (dzimtu, brālību u. c.) identitāšu veidošanās procesos.