Vēlākās Livonijas teritorijai no sākta gala bija raksturīga liela etniskā daudzveidība. Kopš aizvēstures tajā līdztekus baltu valodās runājošajiem latgaļiem, sēļiem, zemgaļiem un kuršiem dzīvoja Baltijas somiem piederīgie lībieši, kā arī igauņi, kas latīņu avotos tiek saukti par Estones, neatkarīgi no tā, ka arī viņu vidū pastāvēja reģionāla diferenciācija kultūras un dialektu ziņā. Kopš 12. gs. beigām dažādu motīvu dēļ Austrumbaltijā pakāpeniski arvien lielākā skaitā sāka apmesties ieceļotāji no Svētās Romas Impērijas vācu zemēm (Reinzemes, Vestfālenes, Saksijas u. c.), kas veidoja kopumā vienotu, lai arī izcelsmes atšķirību dēļ kultūras ziņā ne gluži homogēnu sabiedrības augšslāni. Paralēli Livonijas ziemeļu piekrastē un Igaunijas rietumos apmetās ieceļotāji no Skandināvijas, galvenokārt zviedru zemnieki. Jāpiemin arī krievu imigrācija, kas konstatējama, vēlākais, kopš 12. gs. beigām atsevišķās vietās gar Daugavu un vēlāk Livonijas pilsētās, kā arī Peipusa ezera apkaimē. Katra minētā iedzīvotāju grupa pārsvarā dzīvoja savā valodas un kultūras telpā, lai gan it īpaši pilsētās bija vērojama arī kultūru un valodu mijiedarbība. Tā kā privileģētā stāvoklī atradās viduslejasvācu valodā runājošā sabiedrības daļa, citu etnosu piederīgajiem sociālā stāvokļa uzlabošanas iespējas pavēra asimilācija, taču tās apjomus nav iespējams noteikt.
Kopumā viduslaiku cilvēkiem etniskā pašapziņa bija vāji izteikta, un liecības par etniska rakstura spriedzi starp dažādām Livonijas iedzīvotāju grupām avotos nav atrodamas. Apstrīdams ir populārais pieņēmums, ka 1343.–1345. gada Jurģu nakts sacelšanās Ziemeļigaunijā netieši norāda uz etniska rakstura spaidiem un tās pamatā bijusi igauņu vēlme atgūt zaudēto brīvību. Iespējams, ka šiem nemieriem pirmām kārtām bija ekonomiski un sociāli, nevis etniski cēloņi.