Sākotnējiem zemju piešķīrumiem Dienviditālijā, Sicīlijā un Palestīnā drīz vien tika pievienoti dāvinājumi Spānijā, Grieķijā, Francijā un citur, bet visvairāk Svētās Romas Impērijas vācu zemēs, kur ordenis bija īpaši populārs. Vācu ordeņa prestižs strauji pieauga ceturtā virsmestra Hermaņa no Zalcas (latīņu Hermannus de Saltza, vācu Hermann von Salza) laikā (1209–1239), kurš bija viens no galvenajiem ķeizara Frīdriha II (latīņu Fredericus II, vācu Friedrich II) padomniekiem un politikas balstiem Palestīnā, Impērijā un ārpus tās. Viņš veiksmīgi pildīja starpnieka lomu ķeizara konfliktos ar pāvestiem, vienlaikus saglabādams gan uzticību Frīdriham II, gan autoritāti pāvesta kūrijā.
Hermanis no Zalcas lika lietā savu ietekmi, lai Vācu ordenim iegūtu valdīšanā kādu teritoriju, kurā tas kļūtu par vienīgo noteicēju. Sākotnējie mēģinājumi izveidot kompaktu teritoriālu valdījumu Palestīnā, tad Kiprā un nedaudz vēlāk Transilvānijā (mūsdienās Rumānijā) dažādu iemeslu dēļ izrādījās nesekmīgi. Par zemi, kurā ordenis ieguva valdnieka pilnvaras, kļuva Prūsija; tās pakļaušana tika pabeigta līdz 13. gs. beigām. Paralēli Vācu ordenis ieguva jaunus teritoriālus valdījumus Livonijā, kur tas 1237. gadā stājās iepriekšējā gadā Saules kaujā sagrautā un likvidētā Zobenbrāļu ordeņa vietā. Vēlāk, 13. gs. gaitā iesaistoties Livonijas krusta karos, Vācu ordenis tam Livonijā piederošo teritoriju paplašināja vēl vairāk. 1346. gadā ordeņa zemēm tika pievienota vēl arī no Dānijas pirkuma ceļā iegūtā Ziemeļigaunija.
1309. gadā uz Marienburgu (poļu Malborka) Prūsijā tika pārcelta ordeņa virsmestra rezidence, kas pēc krusta karu neveiksmēm Tuvajos Austrumos un Akonas zaudēšanas kopš 1291. gada atradās Venēcijā, un no 14. gs. līdz Reformācijai 16. gs. par galveno Vācu ordeņa militārās un politiskās darbības lauku kļuva Baltijas jūras piekrastes zemes. Vidusjūras reģiona nozīmei ordeņa politikā šajā laikā bija tendence strauji samazināties, un līdz 16. gs. vidum tas, izņemot dažas nelielas teritorijas Itālijā, savus īpašumus Vidusjūras baseinā bija zaudējis.
Turpretī Svētās Romas Impērijas vācu zemēs, pateicoties dāsnajiem ziedojumiem, ordenis arvien vairāk nostiprinājās. Daudzi bruņinieki, kas bija cēlušies no vācu zemēm un Vācu ordenī bija iestājušies tur, vēlāk savu kalpošanu turpināja Prūsijā vai Livonijā, taču lokālajā līmenī ordenim bija nozīmīga sociāla un politiska loma arī turpat Vāczemē. Būdams daļa no vietējās sabiedrības un minimāli atkarīgs no vadības tālajā Prūsijā, Vāczemē ordenis bija pirmām kārtām saistīts ar vietējām norisēm un Impērijas notikumiem. Tā īpašumā vai pārziņā nonāca visdažādākās materiālās vērtības – no veselām pilīm un saimniecības kompleksiem, aramzemēm, pļavām un mežiem līdz dzīvojamām un saimniecības ēkām pilsētās, kā arī jau agrāk dibināti hospitāļi un baznīcas. Pa visu Impērijas teritoriju izkaisītās ordeņa zemes tika sasaistītas kopīgā organizatoriskā struktūrā ar Vāczemes mestru priekšgalā (izņemot īpašumus, kas tika atstāti tiešā virsmestra pakļautībā). Ar pirkšanas un maiņas darījumu palīdzību ordenis mēģināja tās, cik iespējams, konsolidēt, tomēr lielākus neatkarīgus teritoriālos valdījumus tam Impērijā izveidot neizdevās.
Neraugoties uz garīgas korporācijas statusu un pakļautību pāvestam, Vācu ordenis bija spiests rēķināties ar vietējām laicīgajām un garīgajām autoritātēm. Svētās Romas Impērijas ķeizars un firsti pieprasīja dažāda veida pakalpojumus, bet baznīcās un draudzēs, kurās ordenim piederēja patronāta tiesības, tas garīgos jautājumos bija atkarīgs no vietējā bīskapa.
Kopš 15. gs. ordenī pieauga laicīguma tendences un vājinājās iekšējā disciplīna. Kamēr ordeņa vadība un daļa brāļu turpināja ievērot regulu, arvien vairāk bija tādu personu, kam pazemības un askēzes ideāli vairs nelikās pievilcīgi. Ne viens vien ordeņa pavēlnieks un brālis bruņinieks deva priekšroku aristokrātiskam dzīvesveidam, aizrāvās ar dzīrēm un medībām, piešķirto amatu izmantoja savai un savas dzimtas iztikas nodrošināšanai un pret mestriem izturējās kā laicīgie aristokrāti pret teritoriālajiem valdniekiem. Atsevišķas ordeņa daļas arvien vairāk tuvinājās Svētās Romas Impērijai un ķeizaram. 1494. gadā Vāczemes mestrs tika iecelts Impērijas firsta statusā un iesaistīts reihstāga darbā. Šīs pārmaiņas, kas bija pretrunā ar pāvesta Honorija III piešķirto privilēģiju, norāda uz to, ka šajā laikā izpratne par ordeņa tiesisko neatkarību no Impērijas visdrīzāk jau bija zudusi. 1526. gadā par Impērijas firstu kļuva arī ordeņa Livonijas zemes mestrs Volters fon Pletenbergs (vācu Wolter von Plettenberg, latīņu Gualterus Plettenbergius).