Vācu ordenis, kam bija noteicošā loma senprūšu zemju iekarošanā un viņu apdzīvotās teritorijas pakļaušanā, Prūsijā izveidoja teritoriālu valdījumu, kurā bija sakoncentrēti tā galvenie militārie un saimnieciskie resursi un kur no 14. gs. sākuma līdz 1525. gadam rezidēja ordeņa virsmestrs.

1226. gadā Mazovijas hercogs Konrāds I (latīņu Conradus I, poļu Konrad I Mazowiecki) lūdza Vācu ordeņa virsmestram Hermanim no Zalcas (latīņu Hermannus de Saltza, vācu Hermann von Salza) palīdzēt aizsargāt hercogistes ziemeļu robežu pret nemitīgajiem senprūšu sirojumiem. Piekrišanu Vācu ordeņa iesaistīšanai cīņās ar senprūšiem deva arī ķeizars Frīdrihs II (latīņu Fredericus II, vācu Friedrich II), un 1230. gadā Konrāds I piešķīra ordenim Kulmas zemi Vislas lejteces austrumdaļā, kas kļuva par bāzi nākamajā gadā senprūšu apdzīvotajā teritorijā uzsāktajai militārajai ekspansijai. 1234. gadā ordeņa tiesības uz Kulmas zemi un pagānu zemēm, ko tas iekaros nākotnē, oficiāli apstiprināja pāvests Gregors IX (Gregorius IX), bet gadu vēlāk – ķeizars Frīdrihs II.

Izvēršot ekspansiju pret senprūšiem, Vācu ordenim sākotnēji bija jārēķinās ar 1215. gadā par Prūsijas bīskapu iesvētītā Kristiāna (Christian) ambīcijām, kuru atbalstīja 1228. gadā pēc Zobenbrāļu ordeņa parauga nodibinātais Dobrinas/Dobžiņas bruņinieku ordenis (latīņu fratres de Dobrin). Tomēr Vācu ordenim ātri izdevās bīskapu nobīdīt malā, kā arī 1235. gadā panākt pāvesta piekrišanu Dobrinas brāļu iekļaušanai savā sastāvā. Vācu ordenis, kam palīdzēja krusta karotāji no Polijas, Pomerēlijas un Svētās Romas Impērijas, pakāpeniski salauza senprūšu pretošanos un ap 1285. gadu ieguva pilnīgu militāru kontroli pār Prūsiju. Pakļautie senprūši tika kristīti. Iekarojumu gaitā uzceltās pilis un nodibinātās pilsētas kļuva par atbalsta punktiem iegūtās teritorijas pārvaldīšanai.

1243. gadā tika reformēta Prūsijas baznīcas organizācija, izveidojot četras bīskapijas. Trijās no tām ordenim drīz vien izdevās panākt, ka domkungiem ir jāpakļaujas Vācu ordeņa statūtiem, t. i., šo bīskapiju inkorporāciju. Tādējādi ordenim pavērās iespēja kontrolēt trīs diecēzes un faktiski neierobežoti valdīt Prūsijā. Tiešā Vācu ordeņa kontrolē neatradās vienīgi Vārmijas bīskapija.

Iespaidīgu teritoriālu veidojumu Prūsijā ieguvušais Vācu ordenis kļuva par vienu no galvenajiem militārajiem un politiskajiem spēkiem Baltijas jūras reģionā. 13. gs. tā priekšgalā atradās Prūsijas landmestrs jeb zemes mestrs, bet pēc tam, kad 1309. gadā Marienburga (poļu Malborka) kļuva par ordeņa virsmestra rezidenci un Vācu ordeņa galveno pili, abi šie amati tika apvienoti.

Atšķirībā no vairuma Eiropas zemju, Prūsijā valdīja nevis viena persona, bet garīga korporācija ar sekmīgi funkcionējošu hierarhiju. Ordenim pakļautajā teritorijā tika izveidota savam laikam efektīva pārvaldes sistēma ar sazarotu amatu un pienākumu sadali. Amati tika piešķirti uz ierobežotu laiku, un, tos atstājot, bija jāsniedz atskaite. Šī kārtība ievērojami samazināja iespēju saimniekot savās vai savu radinieku interesēs, ko nereti praktizēja amatpersonas laicīgu un garīgu valdnieku pārvaldītajās zemēs. Ordeņa teritorija bija iedalīta pārvaldes apgabalos – komturejās un fogtejās –, kuru priekšgalā esošie komturi un fogti īstenoja zemes kundzību lokālajā līmenī. Atšķirībā no vairuma tā laika teritoriālajiem zemes valdījumiem, šīm administratīvajām vienībām bija skaidras robežas, un to pārvalde atradās vienās rokās. Komturs vai fogts atbildēja par viņiem uzticētā pārvaldes apgabala kaujas spējām, kontrolēja ienākumus un sprieda tiesu pār zemniekiem. Pilīs rezidējošie ordeņbrāļi veidoja konventus. Starp viņiem tika sadalīta atbildība par atsevišķām garīgās, militārās un saimnieciskās darbības jomām.

Ordenis stimulēja masveida vācu zemnieku un pilsētnieku ieceļošanu, kas nāca par labu zemes kultivēšanai, tirdzniecības attīstībai un Prūsijas saimnieciskajam uzplaukumam. Demogrāfisko pārmaiņu ietekmē aizsākās vācu un senprūšu izcelsmes iedzīvotāju saplūšana, kas ilglaicīgā perspektīvā noveda pie senprūšu asimilēšanās. Vācu ordeņa dibinātajās pilsētās un ciematos bija spēkā uz Magdeburgas tiesībām balstītās Kulmas tiesības, ar kuru palīdzību tika racionālā veidā sabalansētas ordeņa kā zemeskunga un kolonistu intereses. Atsevišķi to nosacījumi salīdzinājumā ar senprūšu zemes lietošanas tiesībām bija zemniekiem labvēlīgāki. Saskaņā ar Kulmas tiesībām dzīvoja arī daļa ordenim lojālo senprūšu.

Priviliģēts sociālais statuss bija ordeņa vasaļiem, kuri apmaiņā pret dienestu smagajā kavalērijā saņēma apsaimniekošanā salīdzinoši lielas zemes platības un bija atbrīvoti no cita veida nodevām. Viņu kārtas pašapziņai un prasībām pret ordeni bija tendence pieaugt, kas kopš 15. gs. vidus arvien biežāk noveda pie konfliktiem. Ap šo laiku, karaspēkā pieaugot algotņu nozīmei, tradicionālā zemes kundzības sistēma jau bija novecojusi un vairs nespēja nodrošināt ordeņa vajadzības. Daudzi vasaļi savas dienesta muižas pārvērta par dzimtas īpašumiem, un bieži vien arī ordeņa komturi un fogti no materiālo resursu pārvaldītājiem pārtapa par savtīgiem personīgā labuma guvējiem.

13. un 14. gs. mijā Vācu ordenis turpināja paplašināt savu teritoriju vairs ne uz pagānu zemju, bet uz kristīga kņaza pārvaldītās Pomerēlijas rēķina, vēršanās pret kuru ar ieročiem rokās bija pretrunā ar garīga bruņinieku ordeņa uzdevumiem. Izmantojot jukas, kas izcēlās pēc tam, kad Pomerēlijas valdošā dinastija izmira, ordenis 1308. gadā sagrāba Pomerēliju un līdz ar to ieguva kontroli pār Vislas upes lejteci ar svarīgo ostas pilsētu Dancigu (mūsdienās Gdaņska). Tā kā uz šo stratēģiski un saimnieciski vērtīgo teritoriju pretendēja arī Polija un Brandenburgas markgrāfiste, ordenim bija svarīgi savus militāros panākumus nostiprināt arī juridiski. Brandenburgas markgrāfam par piekāpšanos tika samaksāta kompensācija, bet Polija ordeņa tiesības uz Pomerēliju neatzina. Sadrumstalotības un iekšējo nesaskaņu dēļ Polija tomēr cīņu par šo zemi nebija spējīga turpināt un galu galā 1343. gada Kališas līgumā no savām pretenzijām uz Pomerēliju atteicās. Formāli starp Poliju un ordeni iestājās miers, kas ilga vairākus gadu desmitus, taču saspīlējums neizzuda.

Pēc senprūšu pakļaušanas Vācu ordenis aktivizēja uzbrukumus Lietuvai, kas turpināja pieturēties pie pagānisma, kā arī pastāvīgi apdraudēja sauszemes satiksmi starp Prūsiju un Livoniju. Ordeņa organizētajos regulārajos sirojumos un kaujās iesaistījās arī daudzi Rietumeiropas aristokrātijas pārstāvji un sīkā bruņniecība. Viņu vidū 14. gs. karagājieni pret lietuviešu un žemaišu pagāniem, lai apliecinātu varonību, izbaudītu asas izjūtas un mednieka azartu, demonstrētu militārās prasmes, iegūtu slavu un laupījumu, kļuva par plaši izplatītu parādību un sava veida modes lietu.

Pēc tam, kad Lietuvas lielkunigaitis Jagailis (Jogaila) pirms laulībām ar Polijas karalieni Jadvigu (poļu Jadwiga) pieņēma latīņu rita katoļticību un 1386. gadā starp Poliju un Lietuvu tika noslēgta personālūnija, bet nākamajā gadā nodibināta Viļņas bīskapija, Lietuvu varēja sākt uzskatīt par kristīgu zemi. Tā kā ordenis par savu galveno darbības mērķi bija deklarējis kristiešu aizstāvēšanu pret neticīgajiem, šāds notikumu pavērsiens varēja radīt šaubas, vai tā eksistence Prūsijā un Livonijā nākotnē būs nepieciešama. Ordenis neatzina Lietuvu par kristīgu valsti, turpināja to apdraudēt un izvērsa plašu propagandas kampaņu, apstrīdot bijušo pagānu Jagaiļa un viņa brālēna Lietuvas lielkunigaiša Vitauta (Vytautas) tiesības būt par kristīgu valstu valdniekiem.

1410. gadā Lietuvas un Polijas apvienotais karaspēks smagi sakāva Vācu ordeni pie Žalgires (Grīnvaldes) vienā no lielākajām kaujām viduslaiku vēsturē. No pilnīgas sagrāves to izglāba Marienburgas noturēšana, kuras aplenkšanu poļu un lietuviešu karaspēkam sērgas un apgādes grūtību dēļ pēc 10 nedēļām nācās pārtraukt. Ordenis konsolidēja atlikušos spēkus un pabeidza karu bez būtiskiem teritoriāliem zaudējumiem, lai gan 1411. gadā noslēgtajā Pirmajā Toruņas miera līgumā bija spiests apņemties maksāt lielu kontribūciju.

Sakāve Žalgires kaujā deva triecienu gan ordeņa godam un slavai, gan arī kļuva par smagu slogu Prūsijas ekonomikai, jo kompensācijas maksājumi gūlās uz zemes iedzīvotāju pleciem un tika segti uz to labklājības rēķina. Neapmierinātību izraisīja arī lielos mērogos ordeņa piekoptā tirdzniecība ar labību, no kā cieta pilsētu ekonomika. Saimnieciski un politiski aktīvās Prūsijas kārtas – bruņniecība un pilsētnieki – izrādīja savu nepatiku ne tikai pret materiālā stāvokļa pasliktināšanos, bet arī prasīja līdzdalības tiesības zemes pārvaldē un ar ordeni kopīgi veidotu tiesu instanci strīdu izšķiršanai. Lai panāktu savu prasību īstenošanu, 1440. gadā bruņniecība un pilsētnieki izveidoja pret ordeni vērstu savienību. Konfliktam eskalējoties, 1453. gadā kārtas atteicās pakļauties Vācu ordenim un atzina Polijas karaļa virskundzību. Sekoja 13 gadus ilgs karš, kurā abās pusēs galveno lomu spēlēja algotņi. Vācu ordenis to zaudēja un saskaņā ar 1466. gadā noslēgtā Otrā Toruņas miera līguma noteikumiem bija spiests atdot Polijai gan Pomerēliju, gan vērtīgās Prūsijas rietumu zemes, tajā skaitā Marienburgu un tās apkārtni. Ordeņa virsmestra rezidence tika pārcelta uz Kēnigsbergu, un tā valdīšanā palika vien Austrumprūsija, turklāt virsmestrs apņēmās par savu virskungu atzīt Polijas karali. 

Pēc tam, kad Lietuva un Žemaitija bija pieņēmušas kristīgo ticību, krusta karu laikmets Baltijas jūras reģionā bija noslēdzies. 15. gs. Vācu ordeņa darbības priekšplānā izvirzījās īpašumu apsaimniekošana, un tas arvien vairāk sāka atgādināt citas Romas katoļu baznīcas institūcijas, kas dižciltīgo ģimeņu jaunākajiem dēliem varēja piedāvāt kārtai atbilstošu iztikšanu un perspektīvu iegūt kādu cienījamu amatu. Politisko, militāro un sociālo pārmaiņu ietekmē 15. gs. gaitā pakāpeniski mainījās Vācu ordeņa brāļu dzīves mērķi un vērtību hierarhija. Arvien vairāk viņi sevi uztvēra ne tik daudz kā karotājus, bet drīzāk kā savdabīgu elitāru sabiedrības grupu. Piederība korporācijai deva prestiža sajūtu, garantēja pārticīgu dzīvi un potenciālu iespēju tikt pie personīgā īpašuma.

1511. gadā par Vācu ordeņa virsmestru tika ievēlēts vienam no Hoencollernu (Hohenzollern) dzimtas atzariem piederīgais Brandenburgas-Ansbahas markgrāfa dēls Albrehts (Albrecht von Brandenburg-Ansbach) – augstas raudzes aristokrāts ar radniecīgiem sakariem vairākos Eiropas karaļnamos. Izcelsme un audzināšana deva viņam pārākuma apziņu pār ierindas ordeņbrāļiem, turklāt viņam, par spīti jaunībai, šķiet, bija raksturīga lielāka politiskā tālredzība nekā vairumam laikabiedru. Nākotne piederēja valdniekiem, kas spēja pakļaut savus vasaļus, attīstīt tirdzniecību un ražošanu, iekasēt nodokļus un noalgot algotņus. Prūsijā gan pilsētnieku un bruņniecības, gan arī daudzu ordeņbrāļu vidū arvien pieauga Mārtiņa Lutera (Martin Luther) ideju popularitāte, un arī Albrehts izšķīrās par pāriešanu luteriskajā konfesijā. Paralēli notika diplomātiskas sarunas par pakļaušanos Polijas un Lietuvas lielkunigaitijai, cīņai pret kuru ordenis ilgu laiku veltīgi bija gaidījis palīdzību no Svētās Romas Impērijas. 1525. gadā virsmestrs likvidēja Vācu ordeni Prūsijā un sekularizēja tā īpašumus, tos pārveidojot par no Polijas un Lietuvas lielkunigaitijas atkarīgu laicīgu hercogisti ar mantojamu varu. Albrehts kļuva par tās pirmo valdnieku un jaunās hercogu dinastijas dibinātāju.