Etnosa izzušana Aprakstot Vācu ordeņa karu ar senprūšiem, Dusburgas Pēters savā hronikā vairākkārt ir minējis pakļauto zemju izpostīšanu, kas nodrošināja šo zemju pakļaušanu un iespēju novērst varbūtējas turpmākas vietējo iedzīvotāju sacelšanās. Nevar noliegt apdzīvoto apmetņu nopostīšanu un civiliedzīvotāju upurus, kas ir vērojami jebkura militāra konflikta laikā, taču nevar arī absolutizēt šos upurus, pasludinot etnosa iznīcināšanu krusta karu rezultātā, kā tas vērojams 19.–20. gs. marksistiskajā un latviešu, lietuviešu un poļu nacionālajā historiogrāfijā un mākslā.
Par senprūšiem un viņu valodu ir saglabājušās daudzas 13.–18. gs. tapušas rakstiskas liecības, kas apstiprina, ka prūši kā etnoss nebija izzudis, bet iekļāvās Vācu ordeņa un Prūsijas bīskapiju, vēlāk – Prūsijas hercogistes sociāli ekonomiskajā dzīvē, kur tas pastāvēja līdzās pārējiem citas etniskas izcelsmes iedzīvotājiem, kas ieceļoja Prūsijas teritorijā pēc 13. gs.
Pēc senprūšu pakļaušanas 13. gs. beigās Prūsijas vietējie iedzīvotāji paturēja savas prūšu tiesības un iekļāvās Vācu ordeņa un Prūsijas bīskapiju veidotajā zemes pārvaldē kā zemnieki, zemes turētāji, lēņa vīri, kalpoja ordeņa militārajā dienestā (t. s. vītingi) vai bija ordeņa un bīskapiju tulki. Vārmes bīskapijā daudzi augstdzimušie prūši tika piesaistīti arī jauno vācu ciematu dibināšanā kā ciemu vecākie. Zemnieku pienākums bija maksāt savas zemes kungam nodevas un piedalīties zemes aizsardzībā un nocietinājumu būvē. Lēņa vīri bija atbrīvoti no zemnieku nodevu maksāšanas, taču viņu pienākums bija piedalīties sava zemes kunga vadītajās militārajās operācijās un zemes aizsardzībā.
Prūši dzīvoja savos ciematos, taču, veidojoties jaunām dzīvojamām apmetnēm 14.–15. gs., daudzi no viņiem apmetās arī jaundibinātajos vācu ciematos, mazpilsētās un pilsētās. Atšķirībā no vācu ieceļotājiem, tiesiski viņi pakļāvās prūšu likumiem un tika tiesāti saskaņā ar prūšu likumiem. Gadījumos, kad tas nebija iespējams (piemēram, pilsētās vai vācu ciematos), prūšus tiesāja vietējais zemes kungs – komturs, ordeņa mestrs vai bīskapijas fogts.
13.–16. gs. Prūsijā paralēli pastāvēja divas tiesiskās sistēmas – prūšu tiesības un vietējās vācu jeb Kulmas tiesības. Jau 13. gs. Vācu ordenis sev lojālajiem Prūsijas pamatiedzīvotājiem sāka piešķirt Kulmas tiesības, kas sākotnēji būtiski neatšķīrās no prūšu tiesībām, taču vēlākajos gadsimtos vācu tiesību turētājiem tika piešķirtas dažādas priekšrocības, padarot šīs tiesības priviliģētākas. 15. gs. sākumā tika pieņemti vairāki tiesiskie akti, kas ierobežoja prūšu saimnieciskās tiesības, piemēram:
-
aizliegums prūšu kalpiem apmesties un strādāt vācu ciemos un pilsētās;
-
aizliegums prūšiem strādāt krogos un nodarboties ar krodzinieka amatu;
-
15. gs. otrajā pusē – aizliegums prūšiem apgūt amatnieku prasmes.
Prūsijas vietējo iedzīvotāju kristianizācija 14.–15. gs. noritēja gausi. To kavēja sociālās un lingvistiskās barjeras starp senprūšiem un ieceļotājiem no vācu zemēm, jo baznīcas parasti tika celtas vācu apmetnēs, tāpat trūka kvalificētu sludinātāju, kas varētu sludināt senprūšu valodā. Neraugoties uz soda sankcijām, kas tika paredzētas par izvairīšanos no dievkalpojumu apmeklējuma, 16. gs. sastādītie vēstures avoti apliecina visai aktīvu pagāniskās senprūšu reliģijas praksi vai tās elementu klātbūtni senprūšu vidū. 16.–17. gs. bija vērojama attieksmes maiņa pret prūšu izcelsmes iedzīvotājiem Prūsijas hercogistē, un senprūšu izcelsmes iedzīvotāji, kas bija saglabājuši savu valodu un paražas, jau tika uzlūkoti kā pagātnes relikts. Reformācijas laikā, 16. gs., bija vērojami mēģinājumi uzlabot senprūšu stāvokli un iesaistīt viņus Prūsijas sabiedrības sociālajā dzīvē, veicinot kristīgās ticības pieejamību sabiedrības daļā, kas runāja senprūšu valodā. Prūsijas hercoga Alberta (Albrecht von Preußen) 1544. gadā dibinātajai Kēnigsbergas Universitātei (Albertus-Universität Königsberg) par vienu no darbības mērķiem uzdeva mācītāju sagatavošanu darbam ar vietējiem nevācu izcelsmes iedzīvotājiem. 16. gs. tika sagatavoti un izdoti arī vairāki Mazā katehisma tulkojumi senprūšu valodā (1545. un 1561. gadā).
Senprūšu izzušana 17.–18. gs. ir saistāma ar šīs izcelsmes iedzīvotāju iekļaušanos Prūsijas vāciskajā sabiedrībā, pārņemot vācu valodu, tradīcijas un identitāti, vienlaikus ienesot prūsiskos elementus Austrumprūsijas reģionālajā kultūrā, veicinot vietējās reģionālās identitātes veidošanos. Šo iekļaušanos veicināja arī mēra epidēmija 18. gs. sākumā, jaunu kolonistu pieplūdums Prūsijā un vācu un prūšu zemnieku tiesību nonivelēšana, kas izlīdzināja atšķirības starp Prūsijas iedzīvotājiem. Lai arī senprūši un viņu valoda tika uzskatīti par izzudušiem, daudzi senprūšu valodas vārdi tika pārņemti Austrumprūsijas reģionālajās vācu valodas izloksnēs. Par senākajiem šīs zemes iedzīvotājiem liecināja arī daudzie Austrumprūsijas toponīmi, kas, mazāk vai vairāk vāciskoti, saglabāja senāko vietvārdu senprūšu valodas formu. Par prūsisko izcelsmi liecināja arī daudzu Austrumprūsijas iedzīvotāju dzimtu uzvārdi.
Par senprūšu etnosa pilnīgu izzušanu var runāt pēc 1945. gada, kad Otrā pasaules kara laikā, glābjoties no Sarkanās armijas iebrukuma Austrumprūsijā 1945. gadā, vietējie iedzīvotāji pameta savas dzīvesvietas un devās svešumā, kur turpmāko gadu desmitu laikā saplūda ar jauno mītnes zemju vietējiem iedzīvotājiem. Kādreizējās senprūšu zemes, kas atradās Austrumprūsijas teritorijā, 1945. gadā saskaņā ar Potsdamas konferences lēmumu tika sadalītas starp Padomju Sociālistisko Republiku Savienību (PSRS) un Poliju, kur jaunie šo zemju iedzīvotāji ienesa jaunu kultūru, aizstājot kādreizējo Austrumprūsijas vāciski prūsisko kultūru un senos prūšu vietvārdus. Senprūšu toponīmi vēl ir saglabājušies mūsdienu Polijas ziemeļaustrumos, kur tie ir polonizēti, taču paturējuši senprūšu vārdu saknes. Atsevišķos gadījumos iepriekšējais vāciskās izcelsmes vietvārds pat ir aizvietots ar polonizētu senāko, prūsisko vietvārda formu, piemēram, senprūšu Kwēdina (Quedin) → vācu Marienweder → poļu Kwidzyn. Mūsdienu Krievijas Federācijas sastāvā ietilpstošajā Kaļiņingradas apgabalā senie vietvārdi pēc Otrā pasaules kara tika nomainīti ar krieviskas izcelsmes padomju vietvārdiem, atstājot senākos nosaukumus vien pāris hidronīmiem – Pregoļa (krievu Преголя, prūšu Prēigara, vācu Pregel), Deima (Дейма, Dēimi, Deime), Angrapa (Анграпа, Wangrappi, Angerapp), Pisa (Писса, Pisā, Pissa).