Svarīgākās gramatiskās iezīmes Senprūšu valodas morfoloģiskā sistēma ir pamatos līdzīga lietuviešu un latviešu valodas sistēmai. Tiek šķirtas tās pašas vārdšķiras, tomēr nevienas morfoloģiskais apraksts nav pilnīgs ierobežotā valodas materiāla dēļ.
Lietvārdiem, īpašības vārdiem, skaitļa vārdiem, vietniekvārdiem un divdabjiem ir dzimtes, skaitļa un locījuma kategorija. Senprūšu valodā atšķirībā no austrumbaltu valodām līdzās vīriešu un sieviešu dzimtei ir saglabājusies arī nekatra dzimte lietvārdiem, piemēram, assaran ‘ezers’ (: latviešu ezers, lietuviešu ežeras); meddo (: latviešu medus, lietuviešu medus); median ‘mežs’ (: latviešu mežs, lietuviešu (dialektisms) medžias). Nekatras dzimtes formas ir arī īpašības vārdiem un vietniekvārdiem.
Sastopami divi skaitļi – vienskaitlis un daudzskaitlis. Katehismu tekstos ir atrodamas piecu locījumu formas – nominatīvs, ģenitīvs, datīvs, akuzatīvs, vokatīvs. Instrumentāļa un lokatīva funkcijas pilda konstrukcijas ar prievārdiem, piemēram, sen wissans pērgimmans ‘ar visām radībām’, sen stesmu wirdan ‘ar to vārdu’ un an maian kraugen ‘manās asinīs’, en wissans nautins ‘visās rūpēs’.
Īpašības vārdiem ir fiksētas gan salīdzināmās pakāpes, piemēram, urs ‘vecs’, dsk. ak. ur-ais-ins ‘vecākus’, vsk. ak. ucka kusl-ais-in ‘visvājāko’, gan nenoteiktās un noteiktās galotnes, piemēram, vsk. ak. walnenenn-ien ‘labo’.
Personas vietniekvārdiem as ‘es’, tou ‘tu’, kā arī atgriezeniskajam vietniekvārdam saglabātas vecākas vsk. dat. fomas – mennei, tebbei, sebbei. Vietniekvārdiem mes ‘mēs’, ioūs ‘jūs’ saglabātas supletīvas paradigmas, sal. nom. mes : ģen. noūson, nom. ioūs : ak. wans. Kā trešās personas vietniekvārds lietots tāns ‘viņš’. Piedrības vietniekvārdi ir mais ‘mans’, twais ‘tavs’, swais ‘savs’. Norādāmais vietniekvārds stas ‘tas’, sta ‘tā’. Tekstos lietoti arī vietniekvārdi kas ‘kas, kurš’, schis ‘šis’, kawīds ‘kāds’, stawīds ‘tāds’, subs ‘pats’, vsk. ak. kittan ‘citu’ u. c.
Darbības vārdu sistēmā šķirtas izteiksmes, laika, personas un skaitļa kategorijas konjugējamām formām, kā arī kārtas, dzimtes, skaitļa un locījuma kategorijas divdabjiem. Izteiksmju sistēmu veido īstenības izteiksme jeb indikatīvs, piemēram, ast ‘ir’, pavēles izteiksme jeb imperatīvs, piemēram, d-ai-s ‘dod’, s-ei-ti ‘esiet’, vēlējuma izteksme jeb kondicionālis, piemēram, bou-lai ‘būtu’. Imperatīva 3. personas formu, piemēram, bou-sei ‘lai ir’ mēdz uzskatīt arī par atsevišķu izteiksmi – optatīvu vai permisīvu.
Īstenības izteiksmē sastopamas tagadnes (dāst ‘dod’), pagātnes, (dai ‘deva’) un nākotnes formas, turklāt nākotni katehismos parasti veido analītiski ar palīgverbu wirst un pagātnes darāmās kārtas divdabi (stai wīrst boūuns ‘viņi būs’, wīrstai aupallussis ‘(jūs) atradīsiet’).
Verbiem ir divi skaitļi un trīs personas. Trešajā personā nav skaitļu opozīcijas (stas ast ‘tas ir’ : stai ast ‘tie ir’). Īpašas vienskaitļa pirmās un otrās personas formas lietotas reti, parasti to funkciju veic trešās personas forma – as, tu, stas druwē ‘es, tu, viņš tic’, bet daudzskaitlī – druwēmai ‘ticam’, druwētei ‘ticat’. Līdzās tiešajām sastopamas arī verbu atgriezeniskās formas – etlāikusin ‘atturas’, endāst sien ‘notiek’.
Tekstos droši sastopami trīs lokāmie divdabji: darāmās kārtas tagadnes (skellā-nt-s ‘parādā esošs’) un pagātnes (billī-uns ‘runājis’), kā arī ciešamās kārtas pagātnes (perklantī-t-s ‘nolādēts’) divdabji. Tikai viena forma – poklausī-man-as ‘paklausāmas’ – tiek parasti skaidrota kā ciešamās kārtas tagadnes divdabis.
Raksturīga senprūšu valodas darbības vārdu iezīme ir trīs dažādas cilmes nenoteiksmes formas – ar galotnēm -t, -twei, -ton, kuras katehismos lietotas bez nozīmes atšķirības (dāt, dātwei, daton ‘dot’).
Senprūšu valodas sintakses īpatnības nav droši atklājamas, jo visi trīs katehismi ir tulkoti lielākoties vārdu pa vārdam, tādējādi atspoguļojot nevis senprūšu valodas, bet gan vācu oriģinālteksta sintaksi.