Ikšķiles mūra pili Daugavas labajā krastā blakus lībiešu ciemam 1185. gadā cēla vācu misionāra Meinarda (vācu Meinhard von Segeberg, latīņu Meynardus) ataicinātie Gotlandes akmeņkaļi. Viduslaikos pils kopā ar blakus celto Ikšķiles baznīcu bija iekļautas vienotā nocietinājumu kompleksā. Pils bija apdzīvota līdz 16. gs. Mūsdienās pilnībā apbērtas pilsdrupas atrodas blakus baznīcas drupām Svētā Meinarda salā.

Par Ikšķiles pils celšanu stāstīts Indriķa Livonijas hronikā (Heinrici cronicon Lyvoniae, 1225–1227). 12. gs. 80. gados vācu misionārs Meinards kopā ar tirgotājiem bija ieradies pie Daugavas lībiešiem sludināt katoļticību. Pēc 1185. gada sākumā piedzīvotā postošā zemgaļu uzbrukuma viņš aicināja lībiešus kristīties un viņu aizsardzībai apsolīja uzcelt stipru mūra pili. Par sludinātāja līdzekļiem celta 1/5 pils, bet pārējo apmaksāja lībieši. Brēmenes metropolīts 1186. gadā iesvētīja Meinardu par Ikšķiles bīskapu, un pils bija viņa un lībiešu dzīvesvieta.

Pili no dienvidu puses sargāja ap 6 m augsta Daugavas krasta klints, bet austrumu pusē – mākslīgi rakts aizsarggrāvis, pa kuru bija ierīkota noeja līdz Daugavas krastam. Iespējams, grāvis bijis izrakts arī abās pārējās malās, bet izrakumos tas netika pārbaudīts. Pili apjoza no dolomīta akmeņiem celts aizsargmūris, kas apņēma ap 56 x 22 m lielu četrstūrainu teritoriju, kurā ieeja bija no ziemeļaustrumu stūra. Izrakumu laikā pils pagalmā atsedza vairāku mūra ēku paliekas. Rietumu malā blakus baznīcai bijis plānā 10 x 16 m liels dzīvojamais korpuss ar velvētu pagrabstāvu. Tā grīda bija bruģēta ar laukakmeņiem, un tajā no lielākiem plakaniem akmeņiem bija izlikts latīņu krusts. Šo ēku uzskata par bīskapa Meinarda pils daļu, bet uz austrumiem esošo teritoriju – par lībiešu daļu. Pils pagalma ziemeļrietumu stūra ēkas apakšstāvā atsedza siltgaisa apkures krāsni. Pili, uz rietumiem no tās esošo baznīcu un kapsētu 13. gs. ietvēra apkārtmūris, izveidojot vienotu nocietinājumu kompleksu.

Līdz 13. gs. sākumam pils bija Ikšķiles bīskapa un lībiešu dzīvesvieta, no 1201. gada – bīskapa vasaļa pils, no 15. gs. līdz 1566. gadam – Rīgas arhibīskapa pils.

Indriķa Livonijas hronikā minēts, ka 1186. gadā Ikšķiles pili aplenca zemgaļi, kas nepazina mūru saistīšanu ar javu un bez panākumiem mēģināja ar virvēm būvi ievilkt Daugavā. 1201. gadā bīskaps Alberts (Albert von Buxhoeveden, Albertus Rigensis) Ikšķiles lēni piešķīra vasalim Konradam no Meiendorpas (Conradus de Meyiendorpe). 1203. gadā pili aplenca Polockas kņazs. 1205. gadā Zobenbrāļu ordenis atvairīja lietuviešu uzbrukumu un padzina no pils lībiešus. 1257. gadā Rīgas arhibīskaps izlēņoja pili Johanam no Bardevisas (Johann von Bardewis), kura pēcnācēji sevi dēvēja “von Uexkül” (no vācu ‘no Ikšķiles’). 1306. gadā pils tika ieķīlāta Vācu ordenim, pēc tam vasaļi to atguva, bet 1388. gadā pili atkal ieķīlāja ordenim. 15. gs. pirmajos gadu desmitos Ikšķilē ik pa laikam uzturējies ordeņmestrs. Pirms 15. gs. vidus pils pārgāja Rīgas arhibīskapa īpašumā. 16. gs. pirmajā pusē pils vairs nav apdzīvota. Tai blakus 16. gs. otrajā pusē ierīkots kaļķu ceplis, un no mūriem izlauztus akmeņus izmantoja kaļķu dedzināšanai. 1582. un 1590. gadā pils vieta aprakstīta poļu veiktajā Ikšķiles muižas revīzijā. Nākamajos gadsimtos pils dienvidu malas aizsargmūris un daļa krastam pieguļošās teritorijas palu laikā ir iegāzusies Daugavā. Pirmā pasaules kara laikā 1915.–1916. gadā pilsdrupas postīja vācu artilērija.

1975. gada beigās, uzplūdinot Rīgas HES ūdenskrātuvi, pilsdrupas apbēra ar smiltīm un dolomīta šķembām, bet mūru trasi marķēja ar dzelzsbetona seguma plātnēm. Mūsdienās pilsvieta atrodas uz mākslīgi izveidotās salas blakus Ikšķiles baznīcai. 1998. gadā Ikšķiles pilsētas dome salu piešķīra lietošanā Svētā Meinarda katoļu draudzei un nosauca to pirmā bīskapa Svētā Meinarda vārdā. Pilsdrupu teritorijā uzstādīts 10 m augsts metāla krusts, ierīkots brīvdabas granīta altāris un pārvietotas pils mūru marķējuma plāksnes.

1839. gadā pilsdrupu un baznīcas situācijas plānu uzzīmēja Fridrihs Krūze (Friedrich Karl Hermann Kruse). 1942. gadā vācu pētnieks Ervīns Asmans (Erwin Aβmann) pilsdrupās veica nelielus izrakumus. 1960.–1963. gadā vēsturnieks Roberts Malvess daļēji atraka mūrus un arhitekts Gunārs Jansons veica uzmērījumus. 1968.–1974. gadā arheologs Jānis Graudonis pabeidza pils teritorijas atsegšanu.

1792. un 1798. gadā Johans Kristofs Broce (Johann Christoph Brotze) blakus Ikšķiles baznīcai zīmējis pilsdrupas un tajās celtas muižas saimniecības ēkas. 1829. gadā Karls fon Ungerns-Šternbergs (Johann Carl Emanuel von Ungern-Sternberg) zīmējis pilsdrupas no ziemeļrietumu puses ar Daugavu fonā. 1833. gada 24. jūlijā pilsdrupas zīmējis Augusts Matiass Hāgens (August Matthias Hagen). Vairākus Ikšķiles baznīcas un pils 12.–13. gs. plāna un izskata rekonstrukcijas zīmējumus izgatavojis un 2004. gadā publicējis arhitekts G. Jansons.