Atradās galvenokārt mūsdienu Kenijas teritorijā.
Britu Austrumāfrikai ir vairākas radnieciskas nozīmes, sākot ar tirdzniecības monopola uzņēmuma, kas pēc līguma pārvaldīja teritoriju Āfrikas austruma vidienē 1888.–1896. gadā, koloniālo administratīvo nosaukumu Britu Impērijas kolonijai 1896.–1920. gadā, kā arī visas kolonijas Britu Impērijā, kas atrodas Austrumāfrikā (vēlākās Sudāna, Uganda, Kenija, Tanganjika, Zanzibāra, arī Somālija, Britu Somālija un Eritreja).
19. gs. vidū Eiropas lielvalstis sāka tālāk izpētīt un apgūt Āfrikas iekšieni. Līdz tam Eiropas sakari ar Āfriku bija pārsvarā ar okeāna piekrastes iedzīvotājiem un valstiskajiem veidojumiem, kurus eiropieši izmantoja par starpniekiem tirdzniecībā (galvenokārt meklējot zeltu un cilvēkus, ko pārdot verdzībā). Eiropiešiem bija grūti pretoties tropiskajām slimībām. Bruņojuma ierobežojumi un apgādes problēmas ierobežoja to, cik tālu eiropieši spēja ielauzties kontinentā. Līdz ar industriālo revolūciju, straujo modernizāciju un zinātniskajiem atklājumiem šie ierobežojumi sāka izzust. Tajā pašā laikā Eiropas valstu sacensība par resursiem radīja priekšnoteikumus koloniju tīkla izveidei visā Āfrikā, – izmantojot tehnoloģisko pārsvaru radās iespējas pakļaut vietējos valstiskos veidojumus, lai rastu nepieciešamo izejvielu ieguves vietas un jaunus noieta tirgus savām precēm.
Pirms eiropiešu kolonizācijas sākuma, lielākā daļa Austrumāfrikas bija iekļauta Zanzibāras sultāna zemēs, kurš šo teritoriju kontrolēja virspusēji, – iekšzemes cilšu vadoņi sūtīja viņam nodevas un pieņēma viņu autoritāti, bet tālāk sultāna vara nesniedzās. 19. gs. Eiropas lielvalstis – Lielbritānija un Vācija – pēc savstarpējas vienošanās Zanzibāras sultāna zemes sadalīja, mūsdienu Tanzānijas teritoriju piešķīra Vācijai, bet mūsdienu Kenijas un Ugandas teritorijas – Britu Impērijai.
Koloniālās pārvaldes pirmajos gados, briti izmantoja tradicionālu sistēmu, lai pārvaldītu šo jauniegūto teritoriju. Līdzīgi kā iepriekš Ziemeļamerikā un Dienvidāzijā, britu karaliene Viktorija (Victoria) piešķīra atļauju darbībai un jauniegūto koloniju apsaimniekošanai īpaši dibinātai tirdzniecības kompānijai – Imperiālajai britu Austrumāfrikas kompānijai (Imperial British East Africa Company, IBEAC). Piešķirtās tiesības bija neskaidras, taču tās ietvēra kompānijas tiesības vākt nodokļus un nodevas, lemt tiesu lietas, slēgt līgumus un rīkoties kā teritorijas pārvaldītājiem.
IBEAC galvenā mītne Austrumāfrikā atradās ostas pilsētā Mombasā Indijas okeāna krastā. IBEAC sāka būvēt infrastruktūru, kas veicinātu tirdzniecību teritorijā, kas stiepās no Viktorijas ezera (mūsdienu Ugandā) līdz okeāna piekrastei. Infrastruktūras pamatā bija dzelzceļa līnijas izbūve un tvaika kuģu satiksmes organizācija Viktorijas ezerā. Lielie izdevumi, kā arī papildu grūtības, cīnoties pret vietējo varu Kampalas apkārtnē, noveda kompāniju līdz maksātnespējas robežai. Rezultātā, 1895. gadā Britu valdība bija spiesta pārņemt tās varu un pārveidot kompānijas pārvaldīto teritoriju par Britu Impērijas koloniju.
Sākumgados pastāvēja pārejas periods, kurā Britu Impērijas valdība radīja tiesiskos pamatus kolonijai un lēma par tās tālāko attīstību. Uz īsu laiku kolonija tika pakļauta Ārlietu ministrijai, līdz tika nodota Koloniālā biroja pakļautībā. Neliela teritorija okeāna krastā oficiāli palika Zanzibāras sultāna īpašumā, lai gan patiesībā bija iekļauta vispārējā Britu Impērijas pārvaldē Austrumāfrikā. Jau sākumā kļuva skaidrs, ka pastāv divas atšķirīgas protektorāta daļas: iekšzeme Riftu ielejā un tās apkārtnē (apmēram tagadējā Kenija) un teritorija pie Viktorijas ezera, kur bija pastāvējušas vēsturiskas afrikāņu monarhijas. Pēc 1920. gada Austrumāfrikas protektorāts tika pārdalīts divās kolonijās ar daudzveidīgu etnisko un reliģisko sastāvu – Kenijā un Ugandā.
Viktorijas ezera krastos vietējā monarhija Baganda sākotnēji izrādīja britiem pretestību. Pēc neveiksmīgas sacelšanās, kuras rezultātā monarhs atkāpās, Bagandas karaliskā ģimene un viņu atbalstītāji noslēdza līgumu ar Britu Impēriju, pieņemot britu virskundzību, bet arī saglabājot Bagandas karaļa statusu ar ierobežotu ietekmi uz iekšpolitiku. Britu koloniālie pārstāvji izveidoja paralēlu administrāciju, kas ieviesa nodokļus, un mudināja lauksaimniecības attīstību iekļaut pasaules tirgū. Īpaši britu pārvalde centās veicināt kokvilnas audzēšanu, lai atgūtu izdevumus, kas bija radušies sacelšanās apspiešanas rezultātā un sekmētu infrastruktūras uzbūvi.
Britu koloniālā vara maz izmantoja eiropiešus Ugandas daļā, pārsvarā tie bija virsadminstratori un drošības virsnieki. Iebraucēji no Dienvidāzijas tika izmantoti par darbaspēku dzelzceļu būvdarbos. Daži no viņiem palika uz dzīvi Ugandā un ar laiku monopolizēja tirdzniecību, kā arī bankas lietas. Briti izmantoja netiešo pārvaldes sistēmu (indirect rule) un izmantoja Bagandas monarha pavalstniekus kā īpašus britu pārstāvjus. Baganda izmantoja šo situāciju un izveidoja savu iekšējo koloniālo sistēmu, kurā bagandieši valdīja pār citām etniskām grupām un ciltīm, un veidoja lauksaimniecības iekārtu, kas bija ekonomiski izdevīga Bagandai (piemēram, auglīgākā zeme kā privātīpašums nonāca Bagandas rokās utt.). Lai arī šādā pārvaldes sistēmā pastāvēja separātisma potenciāls, pirmajos kolonijas pastāvēšanas gados tās ekonomika uzplauka un nesa bagātību. Līdz ar afrikāņu pievēršanu kristietībai, aktīvu misionāru kustību un pelņu no kokvilnas un citiem resursiem, Ugandas teritorijā veidojās labi attīstīta izglītības sistēma, kas savukārt sekmēju kopējo iedzīvotāju kvalifikācijas pieaugumu. Vēlākajos gados, kad teritoriju pārveidoja par Ugandas koloniju un tajā veidojās neatkarības kustības pirmsākumi, sāka izpausties neapmierinātība ar Bagandas virskundzību pār citām Ugandas etniskajām grupām.
Kenijas daļa, atšķirībā no Ugandas daļas Austrumāfrikas protektorātā, attīstījās citādi. Jau 19. gs. beigās britu pētnieks, lords Delamīrs (Lord Delamere) ieradās Kenijā un nolēma, kā tās augstienes būtu labi piemērotas eiropiešu kolonistiem lauksaimniecības attīstībai. Viņš vairākkārt prasīja zemi no koloniālās administrācijas, līdz viņam piešķīra gandrīz 100,00 akru lielu zemes gabalu, ko viņš centās pārvērst par ienesīgu lauksaimniecības zemi. Viņu vairākkārt vajāja neveiksmes (lopi gāja bojā no tropiskām slimībām, raža tika zaudētu vietējo apstākļu nepiemērotības dēļ), tomēr viņš neatlaidīgi sludināja Keniju par eiropiešu kolonizācijai piemērotu zemi. Ar koloniālās varas palīdzību zemi atsavināja vietējiem iedzīvotājiem (kikujiem un masajiem) un nodeva eiropiešu kolonistiem. Tika īstenota rasu segregācija, radot privilēģijas eiropiešiem, un kolonijas vadība pielika visas pūles, lai veicinātu eiropiešu labklājību uz afrikāņu rēķina. Līdz 1930. gadam gandrīz 30 000 eiropiešu kolonistu apmetās uz dzīvi Kenijā. Rezultātā kikuji sacēlās pret Kenijas kolonijas varasiestādēm Maumau sacelšanās laikā. Tas bija viens no faktoriem, kas paātrināja Kenijas ceļu uz neatkarīgu valsti. Kad kļuva skaidrs, ka Britu Impērija piešķirs neatkarību Kenijai demokrātijas apstākļos un neatbalstīs kolonizācijas turpinājumu, daudzi eiropieši pameta neatkarīgo Keniju.
Kopumā Britu Austrumāfrikai bija īss mūžs. Šajā koloniālajā veidojumā neveiksmīgi mēģināja apvienot divas atšķirīgas kolonijas – Ugandu un Keniju. Būtiskākais apvienotās kolonijas pastāvēšanas mērķis bija dabas resursu iegūšana Britu Impērijas labā. Abām kolonijām tika uzbūvēti dzelzceļu savienojumi ar modernu ostu un radīta lauksaimniecība, kas iekļāvās pasaules tirgū. Administratīvi koloniālā pieredze abās Britu Austrumāfrikas daļās bija ļoti atšķirīga – Ugandā Britu Impērija mēģināja valdīt ar Bagandas monarhijas starpniecību – no tās vēlāk izveidojās neatkarīgā Uganda. Turpretim Kenijā Britu Impērija atbalstīja eiropiešu kolonistu ieceļošanu un veidoja koloniju ieceļotājiem. Kolonizācijas pamats izzuda līdz ar Britu Impērijas sabrukumu un neatkarīgās Kenijas dibināšanu. 1920. gadā, saprotot Ugandas un Kenijas daļu būtiskās atšķirības, britu Koloniālais birojs šīs divas daļas sadalīja kā divās atsevišķas administratīvās kolonijās.