Tautas skaitīšanas metodoloģiskie principi, programma un organizācija balstījās uz Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) Ministru padomes Centrālās statistikas pārvaldes izstrādāto metodoloģiju atbilstoši valdības apstiprinātajai programmai. Tāpat kā 1970. gadā, arī 1989. gadā tautas skaitīšana atbilda ANO rekomendācijām par tautas skaitīšanas organizēšanu gadā, kurš beidzas ar nulli, vai gadā, kas tam tuvs, tāpēc tautas skaitīšanas dati bija izmantojami starptautiskajos salīdzinājumos.
1989. gada tautas skaitīšanas programma ietvēra 25 jautājumus un sastāvēja no trim daļām. Uz 13 jautājumiem atbildes bija jāiegūst pilnīgā skaitīšanā, uz pieciem jautājumiem bija jāatbild izlasē iekļautajiem 25 % pastāvīgo iedzīvotāju. Trešā daļa, kas ietvēra septiņus jautājumus par mājokli, tika aizpildīta saskaņā ar noteiktu kārtību.
Tāpat kā 1979. gadā, arī 1989. gada tautas skaitīšanā izmantoja skaitīšanas lapas, kas vienlaikus bija informācijas tehniskais nesējs tās tiešai ievadīšanai elektroniskajā skaitļotājā.