Ekosistēmu veido dzīvo organismu kopa (biocenoze jeb biokopa) un vide (biotops), kas mijiedarbojas, pakāpeniski to pārveidojot. Biocenoze ietver mikrobiocenozi (mikroorganismus), mikobiocenozi (sēnes), fitocenozi (augus) un zoocenozi (dzīvniekus). Jēdzienu “biotops” Latvijā traktē divējādi – kā ekosistēmas nedzīvo (abiotisko) komponenti vai ietverot arī vides dzīvos (biotiskos) elementus. Pēdējā gadījumā bieži tiek lietots termins “dzīvotne”. Ekosistēmas jēdziens ietver dažāda mēroga ekosistēmas – no mikroskopiskām līdz makroskopiskām. Visbiežāk ekosistēmas aplūko vidējā mērogā, jēdzienu attiecinot uz pietiekami plašām teritorijām ar salīdzinoši viendabīgu vidi, piemēram, noteikta veida mežiem, pļavām, ūdenstilpēm. Ekosistēmu robežas var būt izteiktas, tomēr visbiežāk tās veido robežjoslu jeb ekotonu, kur sastopamas sugas no abām ekosistēmām, piemēram, pļavas un meža.

Ekosistēmas klasificē, balstoties uz veģetāciju un/vai abiotiskiem faktoriem. Parasti tās tiek nodalītas, balstoties uz biotopa (dzīvotnes) atšķirībām, tāpēc bieži izmanto jēdzienu “biotopu klasifikācija”. Eiropā visplašāk lieto Eiropas Dabas informācijas sistēmas (European Nature Information System, EUNIS) biotopu klasifikatoru (EUNIS Habitat Classification), kurā ir 11 biotopu grupas. Latvijas biotopu klasifikācijas sistēma ietver 13 biotopu grupas – jūras biotopus, jūras krasta biotopus, stāvošus ūdeņus, upes, pļavas, mežus, purvus, iežu atsegumus, tīrumus un dārzus, parkus un apstādījumus, ruderālus biotopus, pilsētu un apdzīvotu vietu apbūvi, mākslīgas ūdenstilpes un regulētas ūdensteces. Atsevišķām ekosistēmu grupām izstrādāti specifiski klasifikatori, piemēram, plaši lieto mežu tipoloģisko klasifikāciju, kas izveidota mežsaimniecības vajadzībām. Dabas aizsardzībā Eiropā izmanto Eiropas Padomes Direktīvas 92/43/EEK “Par dabisko dzīvotņu, savvaļas faunas un floras aizsardzību” (Biotopu direktīva; Council Directive 92/43/EEC on the conservation of natural habitats and of wild fauna and flora) I pielikuma biotopu sarakstu, kas ietver Eiropā aizsargājamus biotopus. Latvijas vajadzībām šis saraksts precizēts, aptverot deviņas Eiropas Savienības aizsargājamu biotopu grupas – jūras un iesāļu augteņu, piejūras un iekšzemes kāpu, saldūdeņu, virsāju, zālāju, purvu, iežu atsegumu un meža biotopus. Kopā sarakstā iekļauti 58 aizsargājami Latvijas biotopi. To identifikācija balstīta uz tipiskām un raksturīgām augu un dzīvnieku sugām, kā arī abiotiskiem faktoriem, piemēram, reljefu vai augsni. Ik pēc sešiem gadiem Latvija Eiropas Komisijā iesniedz atskaiti par Eiropā aizsargājamo biotopu un sugu stāvokli.

Ekosistēmas cilvēkam sniedz pakalpojumus, kurus iedala trīs grupās. Apgādes jeb nodrošinājuma pakalpojumi – ekosistēmas rada cilvēkam apstākļus pārtikas izaudzēšanai, nodrošina ar izejvielām, saldūdeni un ārstnieciskiem resursiem. Ekosistēmu regulējošie un atbalsta pasākumi – regulē klimata un gaisa kvalitāti, mazina katastrofu iespējamību, mazina augsnes eroziju un saglabā augsnes auglību, nodrošina sugām dzīvotnes, uztur ģenētisko daudzveidību. Ekosistēmu kultūras un nemateriālie pakalpojumi – nodrošina cilvēkam atpūtu, tūrismu, estētisku pasaules uztveri; ir iedvesmas avots kultūrā, mākslā un zinātnē.