Sēnes nepieder ne pie augu valsts, ne arī pie dzīvnieku valsts, bet veido atsevišķu valsti. Latvijā sastopamas vairāk nekā 4000 sēņu sugas. Cepurīšu sēņu sugu skaits ir apmēram 1250, piepju sugu skaits – apmēram 150 (2017). Aizvien tiek atklātas jaunas sugas. Plaši izplatītas ir mikroskopiskās sēnes, kas sastopamas augsnē vai kā parazīti – augu, dzīvnieku un cilvēku slimību izraisītājas. Nepietiekamās izpētes dēļ sēņu sugu skaits nav pietiekami apzināts. Sēnes pēc to barošanās veida ir saprotrofas (barojas ar gatavām organiskām vielām), simbiotrofas (veido mikorizu ar augu saknēm) un biotrofas (parazītiskās sēnes). Vienkāršākajām sēnēm veģetatīvo ķermeni veido kails protoplasts vai aizmetņa tipa micēlijs. Augstāk attīstītām sēnēm micēlijs sastāv no hifām. Sēņu valsts sistemātika mūsdienās tiek veidota, balstoties uz DNS sekvenču pētījumiem.

Hitrīdijsēnes (Chytridiomycota) ir vienkāršākās uzbūves sēnes. Šīs sēnes izraisa augu slimības, piemēram, kartupeļu vēzi, kāpostu dēstu melnkāju. Zigosēnēm (Zygomycota) raksturīga labi izveidota, bet šūnās nesadalīta sēņotne. Tās barojas saprotrofi (mukoru, Mucor; rizopu, Rhizopus, ģints sēnes) vai parazitē uz dzīvniekiem, piemēram, entomoftoru (Entomophtora) ģints sēnes – uz kukaiņiem. Glomerosēnēm (Glomeromycota) raksturīgs zarots micēlijs, vairojas bezdzimumiski. Tās veido mikorizu ar augu saknēm. Dabā plaši pārstāvētas ir askusēnes (Ascomycota). Askusēnēm dzimumvairošanās notiek ar askusporām, kas attīstās askos. Daudzām askusēnēm notiek arī bezdzimumvairošanās ar konīdijām. Konīdijsporas parasti veidojas veģetācijas sezonā, bet askusporas veidojas, kad trūkst barības vielas vai tuvojas rudens. Askusēņu uzbūves komplekss ir atšķirīgs. Vienkāršas vienšūnas askusēnes ir raugi. Vairumam askusēņu raksturīga labi izveidota daudzšūnu sēņotne. Pie askusēnēm pieder īstās miltrasas sēnes (Erysiphales), kas ir augu parazīti. Īstās miltrasas sēnēm uz inficētajām augu daļām attīstās sēņotne, kas ieaug augu audos. Attīstības sākumā uz bojātajām augu daļām redzama šo sēņu anamorfa, ko veido bezdzimumvairošanās sporas konīdijas. Vasaras beigās un rudenī uz bojātajām augu daļām veidojas teleomorfa – sēnes augļķermeņi. Ozolu īsto miltrasu ierosina Microsphaera alphitoides, ērkšķogulāju Amerikas miltrasu – Sphaerotheca mors-uvae. Dabā plaši pārstāvēti ir dažādi pelējumi: peniciliji (Penicillium spp.), aspergili (Aspergillus spp.). Pavasaros sausos priežu mežos aug parastā bisīte (Gyromitra esculenta), kas satur indīgu vielu giromitrīnu. Lapu koku mežos, zem krūmiem, pavasaros aug Austrijas agrene (Sarcoscypha austriaca), ķēvpupi (Verpa spp.), lāčpurni (Morchella spp.). Pilsētu apstādījumos, dārzos, vecās ugunskuru vietās aug parastais lāčpurns (Morchella esculenta).

Bazīdijsēnes (Basidiomycota) ir gan mikroskopiskas, gan makroskopiskas. Dzimumvairošanās notiek ar bazīdijsporām, kas veidojas uz bazīdijām. Rūsas sēnes (Puccinia spp.) ir parazīti, kas attīstās uz augu lapām, stumbriem, retāk uz citām augu daļām. Tām raksturīgs sarežģīts attīstības cikls ar saimniekaugu maiņu. Melnplaukas sēnes (Ustilago spp.; Tilletia spp.) arī ir parazīti, kas inficē galvenokārt augu ģeneratīvos, retāk – veģetatīvos orgānus. Melnplaukas sēnēm neveidojas augļķermeņi, tās vairojas un izplatās ar sporām, kas veidojas, sairstot un noapaļojoties hifu šūnām. Bazīdijsēņu vidū ir daudz sēņu, ko iecienījuši sēņotāji. Parastā gailene (Cantharellus cibarius) aug sausos un mēreni mitros skuju koku un jauktu koku mežos. Parastās gailenes augļķermeņus dažkārt atrod līdz pat decembrim.

Augstvērtīgas ēdamās sēnes, kas veido mikorizu ar noteiktām koku sugām, ir baravikas (Boletus spp.), sviestbekas (Suillus spp.), apšubekas (Leccinum spp.). Parastā celmene (Armillaria mellea) kā saprotrofa sēne sastopama uz koku kritalām un celmiem. Tā var būt arī parazītiska un inficēt kokus, ierosinot balto trupi. Noteiktos apstākļos iespējams novērot trūdošas koksnes, kas caurvīta ar celmenes micēliju, spīdēšanu. Parasto zemestauku (Phallus impudicus) jaunos augļķermeņus izmanto ārstniecībā, kā arī uzturā. Vairumam sēņu augļķermeņi saglabājas neilgu laiku – no dažām dienām līdz dažām nedēļām, tomēr ir sēnes, kurām veidojas daudzgadīgi augļķermeņi, piemēram, parastajai apmalpiepei (Fomitopsis pinicola). Pārgriežot sēnes augļķermeni, tajā redzamas gadskārtas. Uz bērziem sastopama brūnā bērzupiepe (Piptoporus betulinus) un melnā spulgpiepe jeb čaga (Inonotus obliquus).

Latvijā indīgākā sēne ir zaļā mušmire (Amanita phalloides). Bīstami indīga ir arī baltā mušmire (Amanita virosa), kas aug galvenokārt lapu koku mežos. Pavasarī un vasaras sākumā sastopama nāvējoši indīga sēne Patujāra šķiedrgalvīte (Inocybe erubescens). Tā satur 20 reizes vairāk muskarīna nekā sarkanā mušmire (Amanita muscaria).

Aizsargājamas ir 62 sēņu sugas, 12 no tām – mikroliegumu sugas (2017). Reta sēne Latvijā ir toverīšu sarkosoma (Sarcosoma globosum), ko uzskatīja par izzudušu, bet pēdējos gados tā atrasta vairākas reizes. Aizsargājamas ir arī rumpuču skrimslene (Guepinia helvelloides) – aug zālājos, uz meža ceļiem, dažkārt lielās grupās, un Hadriāna zemestauki (Phallus hadriani) – sastopami smilšainās kāpās, retāk smilšainās vietās tālāk no jūras. Daudzu retu sēņu izplatība un sastopamība saistīta ar dabiskiem meža biotopiem, jo tajos ir liela izmēra dzīvi un atmiruši koki, vienmērīgi mitruma apstākļi. Sēnes izmanto arī kā dabisku mežu indikatorsugas. Košās zeltpores (Hapalopilus croceus) jaunie augļķermeņi ir dzelteni vai oranži. Šī sēne aug uz vecu ozolu stumbriem, bieži dobumos. Sastopama arī ārpus mežiem. Lapukoku svečtursēnes (Artomyces pyxidata) augļķermeņi ir viengadīgi, aug uz lapu koku kritalām. Svečtursēnes klātbūtne liecina par vecu mežu. Milzu cietpiepe (Phellinus populicola) ir daudzgadīga, sastopama vecos mežos uz dzīviem apšu stumbriem. Sēnes apdraud intensīva mežizstrāde un citu biotopu (zālāju, kāpu) degradācija.