Klāņezers atrodas Piejūras zemienē, Ventavas līdzenumā 18,8 m virs jūras līmeņa un aizņem ledāja darbības rezultātā izveidoto un Baltijas ledus ezera ūdeņu ietekmēto ieplaku. Ezeru no jūras atdala vairāk nekā 9 km plata un ~20 m virs jūras līmeņa augsta teritorija. Agrākajās publikācijās, balstoties uz ezera tuvo novietojumu jūrai un neņemot vērā ezerdobes augstumu virs jūras līmeņa un ezerdobes nogulumu raksturu, Klāņezers kļūdaini uzskatīts kā Litorīnas jūras lagūnas izcelsmes ezers.
Pēc administratīvā iedalījuma ezers atrodas Ventspils novadā uz robežas starp Popes un Tārgales pagastiem. Klāņezers atrodas starp Klāņu, Dziru un Pūņas purviem un ietilpst dabas liegumā “Klāņu purvs”, kas iekļauts Eiropas aizsargājamo dabas teritoriju NATURA 2000 tīklā, lai aizsargātu vairāku purvu kompleksu (Klāņu, Pūņas, Dzīru) un Klāņezeru. Ezera seklajiem līčiem aizaugot, izveidojusies slīkšņa, kas pāriet zemajā vai pārejas purvā (Eiropas Savienības Biotopu direktīvas biotopi).
Klāņezera platība mūsdienās ir 67 ha, garums – 1,2 km, lielākais platums – 0,7 km, lielākais dziļums – 1,8 m. Taču ezera izveidošanās sākumā (leduslaikmeta beigu posmā un holocēna sākumā) tā platība bija ievērojami lielāka.
Klāņezers mūsdienās ir sekls, diseitrofs mīkstūdens ezers ar ezereņu, lobēliju, krasteņu un purvmiršu audzēm, kura virsūdens aizaugums sasniedz 40 %. Ezera krasti ir lēzeni, zemi un pārpurvojušies. Krastos pārsvarā ir priežu meži, vietām gar pašu ezeru – melnalkšņi (Melnalkšņu staignājs, biotops 9080*), dūkstu vijolīte (Viola uliginosa), zaļziedu naktsvijole (Platanthera bifolia).