Paraugs komercinstitūta struktūras, kā arī mācību programmas izstrādē bija Rietumeiropas tirdzniecības akadēmijas un institūti, kā arī Rīgas komercinstitūts. Liepājas komercinstitūtā sākotnēji tika atvērtas Tirdzniecības nodaļa un Konsulārā nodaļa. Izveidojot Konsulāro nodaļu, bija plānots sagatavot diplomātiskā un konsulārā dienesta darbiniekus. Tirdzniecības nodaļa tika izveidota, lai sagatavotu bankas ierēdņus, tirdzniecības un rūpniecības iestāžu vadītājus, tautsaimniekus. Laika gaitā bija iecerēts institūta darbību paplašināt, tomēr finansējuma, kā arī klausītāju trūkuma dēļ tas netika īstenots. Jau 05.1930. Saeimā tika iesniegts likumprojekts par LKI pārveidi par Liepājas Politehnisko institūtu ar četrām nodaļām – Tirdzniecības, Konsulāro, Mehānisko un Lauksaimniecības. Projekts netika apstiprināts. 1931./1932. mācību gada beigās tika likvidēta Konsulārā nodaļa. Tās vietā 1932./1933. mācību gadā tika atvērta Administratīvā nodaļa, lai sagatavotu valsts pārvaldes, pašvaldību un apdrošināšanas iestāžu darbiniekus.
Mācības institūtā norisinājās darbadienu vakaros saskaņā ar trīs gadu kursu. Mācības komercinstitūtā bija par maksu. LKI katru gadu piešķīra arī noteiktu bezmaksas studiju vietu skaitu, kas primāri tika rezervētas Lāčplēša Kara ordeņa kavalieriem un kara invalīdiem.
LKI galvenais iekšējās pārvaldes orgāns bija institūta padome. Tā atbildēja par komercinstitūta administratīvajiem, mācību organizācijas, audzēkņu uzņemšanas un saimniecības jautājumiem. Padomi vadīja Izglītības ministra apstiprināts komercinstitūta direktors.