19. gs. beigās matemātikā jau bija pazīstamas pietiekami daudzas dažādas algebriskas sistēmas, lai būtu iespēja tās salīdzināt. Pirmoreiz tādu salīdzinājumu un vairākām sistēmām kopīgu iezīmju meklēšanu veica angļu matemātiķis, loģiķis un filozofs Alfreds Vaitheds (Alfred North Whitehead) 1898. gadā izdotajā grāmatā “Traktāts par universālo algebru” (A Treatise on Universal Algebra). Šajā darbā pirmoreiz parādījās nosaukums “universālā algebra”, un tas tika lietots ar nozīmi, kas ļoti līdzīga mūsdienu izpratnei. Ilgu laiku viņa darbam nebija īsta turpinājuma, līdz tikai nākamā gs. 30. gadu pašā sākumā parādījās Gereta Birkhofa (Garrett Birkhoff) un Eistena Ūres (Øystein Ore) publikācijas, kas pieskaitāmas universālajai algebrai. Piemēram, G. Birkhofs, veidojot režģu teoriju (angļu lattice theory), pamanīja tur virkni konstrukciju, kas radniecīgas dažās “klasiskajās” algebrās – grupu un gredzenu teorijās – jau lietotajām. Šis laiks arī tiek uzskatīts par universālās algebras sākumu. Turpmākās divās desmitgadēs liels skaits pētījumu abstraktajā algebrā notika G. Birkhofa aizsāktajā virzienā. Radās tādi nozīmīgi vispārīgi jēdzieni kā brīva algebra, apakšalgebru un kongruenču režģi, varietāte, algebru tiešais reizinājums. Tika atklāts, ka pastāv zināma dualitāte starp dažām svarīgām algebru klasēm un noteiktu topoloģisku struktūru klasēm – Stouna (pēc Māršala Stouna, Marshall Harvey Stone, vārda) dualitāte. Četrdesmitajos gados, mijiedarbojoties ar matemātisko loģiku, sāka veidoties modeļu teorija, radās interese ne vien par algebrām, bet arī par vispārīga veida algebriskām sistēmām. Ar tām nodarbojās Anatolijs Maļcevs (Анатолий Иванович Мальцев) un Alfreds Tarskis (Alfred Tarski). Brīvo algebru loma un nozīme pilnībā atklājās daudzās poļu algebras skolas piecdesmito gadu publikācijās, sākot ar Edvardu Marčevski (Edward Marczewski). Sešdesmitajos gados Viljams Lovers (William Lawvere) universālajā algebrā ieviesa kategoriju teorijas metodes. Sākot no sešdesmitiem gadiem, uzmanība tika pievērsta aksiomatizējamu algebru un algebrisku sistēmu klašu, īpaši kvazivarietāšu, teorijai. Tika arī pētīti apakšalgebru un kongruenču režģi (piemēram, Georgs Gretcers (angļu George Grätzer, ungāru Grätzer György)). Septiņdesmitajos gados universālās algebras attīstības līmeni apliecināja pirmās monogrāfijas (A. Maļcevs, Bjarni Jonsons (Bjarni Jónsson), Pauls Kons (Paul Moritz Cohn), G. Gretcers); tām ir nozīme arī mūsdienās. Īpašu uzmanību šai laikā pievērsa galīgām algebrām (Ralfs Makkenzijs, Ralph McKenzie); par patstāvīgu apakšnozari kļuva modeļu teorija. 20. gs. pēdējā ceturtdaļā, attīstoties datorzinātnēm, universālās algebras lietojumi tajās stimulēja pastiprinātu pievēršanos daudzsugu (angļu many-sorted) jeb heterogenām algebrām. Aktīvi attīstījās arī algebriskā loģika, kongruenčvarietāšu un dabiskās dualitātes (Čandlers Deiviss, Chandler Davis) teorijas.