P. Kleperis no 1947. gada maija līdz savai nāvei ieņēma dažādus augstus amatus padomju varas kontrolētajā baznīcas vadībā. Pēc Latvijas otrreizējās okupācijas aktīvi sadarbojās ar padomju režīmu. Kopā ar Albertu Freiju 1968. gadā nostājās opozīcijā pret arhibīskapu Gustavu Tursu. No četriem Virsvaldes ieteiktajiem arhibīskapa kandidātiem Reliģijas lietu padomes (RLP) pilnvarotais Ģenerālās Sinodes apstiprināšanai 1968. gadā kā vispiemērotāko izvēlējās P. Kleperi. 

P. Kleperis pamatizglītību ieguva Cēsu pilsētas elementārskolā (1915–1928). Vidējo izglītību ieguva L. Ausēja reālskolā (1918–1920) un Bērzaines vidusskolā (1920–1925). Pēc vidusskolas beigšanas uzsāka studijas Latvijas Universitātes Teoloģijas fakultātē, bet tās nepabeidza. Eksāmenu mācītāja tiesību iegūšanai nokārtoja 10.04.1933.

P. Kleperis Latvijas Evaņģēliski luteriskajā baznīcā bijis Virsvaldes Jaunatnes biroja vadītājs (1932–1934). Ordinēts par mācītāju Tukuma draudzē 23.04.1933., kur kalpojis līdz 1934. gadam. Strādājis arī kā latīņu valodas un ticības mācības skolotājs Tukuma ģimnāzijā un komercskolā. Biķeru draudzē par mācītāju ievēlēts 11.02.1934., savukārt no 1936. gada oktobra līdz 1944. gadam kalpojis Krusta draudzē Rīgā. No 15.10.1944. mācītājs Rīgas Jaunajā sv. Ģertrūdes baznīcā.

P. Kleperis Latvijas Evaņģēliski luteriskās baznīcas Latvijas PSR Virsvaldes locekļa amatu ieguva pēc tam, kad līdzšinējo arhibīskapa pienākumu izpildītāju Kārli Fridrihu Irbi un Virsvaldes locekli Paulu Rozenbergu 1946. gada februāra beigās apcietināja padomju drošības iestādes un Alberts Virbulis, otrs arhibīskapa pienākumu izpildītājs, 24.03.1946. nomira. Baznīcas vadība nonāca padomju režīma ieceltu personu (G. Turss, Krišjānis Šlosbergs, Arvīds Kauliņš) rokās. Viņi, pretēji baznīcas Satversmes noteikumiem, pašrocīgi un Reliģijas un kulta lietu padomes pilnvarotā Voldemāra Šeškena kontrolē un uzraudzībā uzņēmās baznīcas vadības pienākumus. Šīs personas 1947. gada maijā iecēla P. Kleperi par Virsvaldes locekli. No 1947. gada P. Kleperis bija arī Rīgas iecirkņa prāvests.

14.–15.03.1948. padomju režīma rūpīgi saplānotā un organizētā Latvijas Evaņģēliski luteriskās baznīcas Latvijas PSR Ģenerālā Sinode legalizēja baznīcas sovjetizāciju, G. Tursu ievēlēja par arhibīskapu, pieņēma jaunu Satversmi un izveidoja jaunu Virsvaldi, kurā par locekli un baznīcas kasieri ievēlēja P. Kleperi. V. Šeškens panāca, ka P. Kleperis tiek iecelts par vienu no arhibīskapa vietniekiem, lai nodrošinātu padomju režīmam izdevīgu lēmumu pieņemšanu. 1951. gada oktobrī arhibīskapa G. Tursa prombūtnē P. Kleperis un vēl četri Virsvaldes paplašinātās sēdes dalībnieki, pakļāvušies Reliģijas un kulta lietu padomes spiedienam, noraidīja G. Tursa mēģinājumu reformēt baznīcas vadību – ieviest “arhibīskapa padomi” un “ģenerālvikāra” institūciju. Tas nozīmētu baznīcai svarīgu jautājumu lemšanā iesaistīt daudz plašāku cilvēku loku, ko padomju režīms nespētu tik labi kontrolēt. Padomju režīms pret baznīcas interesēm vērstas iniciatīvas bieži realizēja ar Virsvaldes locekļu P. Klepera un arī Viktora Ozoliņa atbalstu. 20.02.1968. prāvestu informatīvā sanāksmē P. Kleperis un V. Ozoliņš atbalstīja A. Freija priekšlikumu G. Tursam atteikties no arhibīskapa amata. P. Kleperis pārstāvēja padomju režīma intereses baznīcā un vērsās pret arvien pieaugošo G. Tursa nerēķināšanos ar Reliģijas lietu padomi un patstāvīgu lēmumu pieņemšanu baznīcas interesēs. 23.03.1968. Ģenerālajā Sinodē, kad G. Turss atteicās no arhibīskapa amata, par arhibīskapu apstiprināja P. Kleperi, kura nozīmēšanai šajā amatā padomju režīma iestādes bija gatavojušās kopš 1967. gada jūnija. P. Kleperis arhibīskapa amatu pildīja nepilnu mēnesi un mira ceļā uz Pasaules luterāņu federācijas konferenci Budapeštā – vilcienā, Hmeļņickas stacijā –, uz kuru devās kopā ar A. Freiju un Haraldu Kalniņu. P. Kleperi uz Rīgu pārveda Konsistorijas nosūtītais virsmācītājs Jānis Matulis.

P. Kleperis no 1958. gada bija pārstāvis PSRS–Dānijas un PSRS–Čehoslovākijas draudzības un kultūras biedrībā, piedalījās Miera konferencēs Čehoslovākijā, Dienvidslāvijā, Kanādā un Šveicē. 

Sarakstījis reliģiskus rakstus “Kalposim patiesībai vārdos un darbos” (1936) un “Dzīvība – Dieva dāvana” (1937). 

P. Kleperis bija lojāls padomju varai. Izstrādājis projektu baznīcas Satversmes labojumiem 1967. gadā, vēl vairāk to pielāgojot padomju likumdošanai par reliģiskiem kultiem. Viņam bija galvenā loma jaunas Satversmes izstrādāšanā, kuru 1968. gadā pieņēma Ģenerālā Sinode. Jaunā Satversme ierobežoja arhibīskapa pilnvaras, daudz vairāk nošķīra draudzes un mācītājus no baznīcas vadības, izpratni par draudzi un baznīcu pielāgoja Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) likumiem.