Latvijas teritorijā Reformācijas idejas izplatījās jau 16. gs. sākumā. 1522. gadā Rīgā Svētā Pētera baznīcā pirmo reizi notika disputs, kurā Andreass Knopkens (Andreas Knöpken), kurš bija ietekmējies no humānistu idejām un iepazinies arī ar Mārtiņa Lutera (Martin Luther) rakstiem, izklāstīja savas tēzes. Kopā ar Silvestru Tegetmeijeru (Sylvester Tegetmeyer), kuru Rīgas rāte iecēla par mācītāju Svētā Jēkaba baznīcā, viņi kļuva par galvenajiem Rīgas un Vidzemes Reformācijas virzītājiem. Reformācija ātri izplatījās Livonijas pilsētās, un 1530. gadā Rīgā tika pieņemta luteriska agenda un baznīcas kārtība, kas kļuva par pamatu visas Livonijas luterāņu baznīcām. 1554. gadā Livonijā tika apstiprināta ticības brīvība.
Pēc Livonijas sabrukuma Pārdaugavas hercogistē, kas nonāca tiešā Polijas-Lietuvas Ūnijas atkarībā, tika atjaunots katolicisms, savukārt Kurzemes hercogistē, kas bija lēņu atkarībā no ūnijas, nostiprinājās luterisms. 1629. gadā Vidzeme nonāca zviedru karaļa pārvaldījumā, bet Latgale (Inflantija) kļuva par Polijas provinci. Vidzemē zviedru ietekmē atkal uzplauka luterisms. Šajā laikā luterāņu mācītājs Johans Ernsts Gliks (Johann Ernst Glück) iztulkoja Bībeli latviešu valodā. Latvijas teritorijai nonākot Krievijas Impērijas pakļautībā, luterisms saglabāja valdošās konfesijas pozīcijas. Pēc 1897. gada tautas skaitīšanas datiem Vidzemē, Kurzemē un Latgalē kopā bija 1 140 173 luterāņi, no kuriem lielākā daļa bija latvieši (1 009 994); 113 011 – vācieši. Daudziem luterāņu mācītājiem, piemēram, Johanam Gotfrīdam Herderam (Johann Gottfried von Herder), Augustam Bīlenšteinam (August Johann Gottfried Bielenstein), bija būtiska nozīme kultūras un reliģiskajā attīstībā Latvijas teritorijā.