Latvijas vēsturē par modernās reliģijas politikas vēstures sākumu tiek uzskatīta 13. gs. pirmā puse, kad Latvijas teritorijā sāka veidoties valsts un baznīcas institūcijas.

Livoniju dēvēja par baznīcas valsti, jo augstākais laicīgais un garīgais valdnieks šajā teritorijā bija arhibīskaps. Livonijas baznīcas valsts organizācijai raksturīgākā īpašība bija visas politiskās, sociālās un garīgās dzīves juridiska koncentrācija garīdzniecības vadošo personu – arhibīskapu un bīskapu – rokās. Arhibīskapa un bīskapu garīgā vara bija lielāka nekā viņu laicīgā vara, un tas izraisīja iekšpolitikas krīzes.

Reformācijas gaitā laicīgās varas ietekme un dominante būtiski palielinājās. Livonijas konfederācijā, tāpat kā visā pārējā Ziemeļeiropā, sākās varas sekularizācijas process. Protestantu zemēs reformētās baznīcas parasti kļuva par valsts baznīcām un monarhi – par baznīcas vadītājiem. Livonijas teritorijā šīs funkcijas sākotnēji tika dalītas starp bruņniecību, Rīgas pilsētu, landtāgu un citām varas institūcijām. Luterāņu baznīcai pašā sākumā nepastāvēja augstākā baznīcas hierarhija, tāpēc veidojās muižniecības un mācītāju reliģiskā pašpārvalde, tādējādi vasaļi ieguva mācītājus, kuri nebija atkarīgi no baznīcas augstākās hierarhijas – pāvesta un bīskapiem.

Livonijas kara (1558–1583) rezultātā sabruka Livonijas konfederācija, bet tās teritorija nonāca Polijas-Lietuvas sastāvā. Polijas-Lietuvas politiskā un reliģiskā tolerance mazināja katoļu un luterāņu cīņas mūsdienu Latvijas teritorijā, ļāva šeit ienākt un apmesties ebrejiem, vecticībniekiem glābties no Krievijas cara vajāšanām. Polijas-Lietuvas lielvalsts jaunā vara nodrošināja neaizskaramību luterāņu konfesijai, īpaši to neatbalstot.

17. gs. nāca ar jauniem militāriem un konfesionāliem kariem un jaunu protestantisko reliģisko politiku. Luterāņu baznīca ieguva politiskās privilēģijas, tā kļuva vienīgā atļautā kristīgā konfesija. Zviedrijas likumi strikti regulēja valsts un baznīcas attiecības, bet atsevišķos gadījumos pieļāva arī izņēmumus.

Kurzemes hercogistē bija vērojama nedaudz atšķirīgāka situācija. Polijas-Lietuvas valsts morāli un finansiāli atbalstīja katoļu baznīcas darbību, un Kurzemes hercogiem ar to bija jārēķinās. Tomēr Kurzemes hercogistei lielāka reliģiskā brīvība pastāvēja kā savdabīga atbalss no lēņa attiecībām ar Poliju-Lietuvu un tās likumdošanu, jo Kurzemes hercogistei nebija savas likumdošanas baznīcas jautājumos.

17. gs. Poļu Livonija nonāca Polijas-Lietuvas sastāvā un tiešā katoļu baznīcas kultūrtelpas areālā.

No 18. gs. Latvijas teritorija pakāpeniski nonāca Krievijas Impērijas sastāvā. Saskaņā ar Pētera I (Пётр I Алексеевич) Baznīcas reformu pareizticīgā baznīca tika iekļauta Krievijas Impērijas valsts aparātā. Šīs reformas gaitā tika nodibināta Svētā Sinode (1721). Saskaņā ar Rīgas kapitulācijas “akorda punktiem” 1710. gadā un ar 1721. gadā noslēgto Nīštates miera līgumu starp Krieviju un Zviedriju evaņģēliski luteriskai baznīcai bija dota ticības brīvība līdzās pareizticīgajai baznīcai. Attiecībā pret citām konfesijām Krievijas Impērijas reliģiskā politika 18. gs. pirmajā pusē bija diezgan mainīga, īpaši pret katoļiem, vecticībniekiem un jūdaistiem.

Katrīnas II Lielās (Екатерина II Алексеевна Великая) valdīšanas laikā notika visas Krievijas Impērijas varas centralizācija. Baznīcai bija jāpakļaujas valsts varai. Pat arhierejus uzskatīja nevis tikai par altāra kalpotājiem, bet arī par valsts ierēdņiem un uzticīgiem padotajiem. 18. gs. beigās un 19. gs. sākumā Latvijas teritorijā pastāvošais tiesiskais reliģiskās paritātes princips starp evaņģēliski luterisko un pareizticīgo baznīcu pilnībā apmierināja gan vietējo muižniecību, gan Krievijas valdību.

Valsts un baznīcas attiecību modelis Krievijas Impērijā Pāvila I (Павел I Петрович Романов) valdīšanas laikā būtiski nemainījās, taču šajā periodā uzlabojās Krievijas un Vatikāna attiecības, mazinājās saspīlējums starp valsti un katoļu baznīcu; tika atcelti atsevišķi ierobežojumi, bet saglabājās stingrā valsts kontrole pār katoļu garīdzniecību un augstāko baznīcas vadību Krievijā.

Aleksandrs I (Александр I Павлович) nolēma mainīt valsts īstenoto reliģisko politiku, virzoties pretī lielākai centra ietekmei, mēģinot centralizēt arī evaņģēliski luterisko baznīcu, tādējādi pakļaujot to kontrolei un mazinot tās ietekmi. Krievijas teritorijā tika nodibināta kopīga luterāņu draudžu pārvalde – Ģenerālkonsistorija, bet šī ideja līdz galam netika īstenota, jo pastāvēja liela luterāņu garīdzniecības un muižniecības pretestība. Pēc imperatora Nikolaja I (Николай I Павлович) rīkojuma 1828. gadā darbu sāka īpaša komisija, un 1832. gadā tika parakstīti jauni luterāņu draudžu baznīcas likumi. Konsistoriju izsludināja par augstāko pārvaldes orgānu, kas administratīvi bija pakļauta Iekšlietu ministrijai, bet juridiskajās lietās – Senātam.

Nikolaja I valdīšanas laikā Krievijā pareizticīgā baznīca pret pašas gribu kļuva par svarīgu pīlāru valsts reliģiskajā politikā.

Aleksandra II (Александр II Николаевич) valdīšanas sākumu baznīca sagaidīja ar lielām cerībām uz reformām un pārmaiņām. Centieni reformēt baznīcas institūcijas un valsts reliģisko politiku noveda galvenokārt tikai pie sarunām par pareizticīgās baznīcas administrācijas reformām un pasākumiem, lai novērstu garīdzniecības noslēgšanos no sabiedrības un reliģiskās izglītības trūkumu, un par izmaiņām likumdošanā, kas skāra jauktās laulības. Reformas tika īstenotas no augšas, tās maz skāra baznīcas un ticīgo ikdienas dzīvi.

Politisko reformu periodu nomainīja Aleksandra III (Александр III Александрович), vēlāk arī Nikolaja II (Николай II Александрович) konservatīvisma laikmets (1881–1905), ko, raksturojot tā laika reliģisko politiku Krievijā, dēvē par “Pobedonosceva ēru”. 1880. gadā Konstantīnu Pobedonoscevu (Константин Петрович Победоносцев) iecēla par Svētās Sinodes virsprokuroru. Tas notika brīdī, kad impērijā sākās varas krīze un tika darīts viss, lai nostiprinātu valsts varu. 19. gs. 80.–90. gados Baltijas provinces (guberņas) saskārās ar vēl nepieredzētu, spēcīgu un sistemātisku valsts īstenotu rusifikācijas politiku, piespiedu pareizticības izplatību un unifikāciju, kas radīja ne tikai vietējās muižniecības nepatiku un protestus, bet arī tās lielāku radikalizāciju, cenšoties nosargāt “vietējo varas sistēmu”, kuras neatņemama sastāvdaļa bija arī evaņģēliski luteriskā baznīca.

1905. gada revolūcijas Latvijā laikā un pēc tam mūsdienu Latvijas teritorijā jautājums par valsts un baznīcas attiecībām Baltijā negaidīti kļuva par populāru politisku, juridisku, vēsturisku diskusiju, interešu un spekulāciju objektu, taču katrai sabiedriskai grupai bija savi priekšstati un sava atšķirīga nostāja, nespējot nonākt pie vienota lēmuma, kas teorētiski spētu mainīt Krievijas valdības nostāju vai iespaidot reformu procesu. Par lielāko cietēju un “vaininieku” pēc revolūcijas bija kļuvusi evaņģēliski luteriskā baznīca un tās sabiedrotā – muižniecība.

Pēc “tolerances edikta” izdošanas 17.10.1905. pareizticīgā baznīca zaudēja daļu savu privilēģiju. Valdība turpināja ignorēt pareizticīgās baznīcas vietējās vadības nostāju un uzskatus un, apejot tās hierarhiju, turpināja izstrādāt scenārijus rusifikācijas politikas īstenošanā un latviešu pareizticīgās garīdzniecības lomas mazināšanā.

Pirmā pasaules kara laikā baznīca nonāca vēl lielākā valsts kontrolē. Ierēdņi, ņemot vērā kara un evakuāciju radīto dezorganizāciju, attieksmē pret reliģiskajām konfesijām rīkojās patvaļīgi. Visa konfesiju sarakste un lietvedība tika strikti cenzēta, un tika aizliegts lietot tajā vācu vai latviešu valodu.

Februāra revolūcijas rezultātā Krievijā notika nacionālās politikas liberalizācija, kas savā apjomā un vērienīgumā pārspēja 1905. gada revolūcijas reformas. Visi Krievijas Impērijas iedzīvotāji saņēma pilsoniskās tiesības un brīvības – individuālās, reliģiskās un kultūras tiesības. Diskriminējošie un izslēdzošie likumi attiecībā pret cittautībniekiem un citticībniekiem Krievijā tika atcelti. 02.–10.1917. ir Krievijas Pagaidu valdības īstenoto valsts un baznīcas attiecību reformu laiks, kad dažos mēnešos tika panākts daudz vairāk pozitīvu izmaiņu nekā iepriekšējos desmit gados, bet reformu pilnīgai īstenošanai vairs nebija atlicis laika.

Aizraušanās ar radikālo kreiso politisko (lieliniecisko) ideoloģiju Latvijā pēc lielinieku īstenotā Oktobra apvērsuma pārauga baznīcas vajāšanā un terorā, kas bija vērsts pret garīdzniecību un ticīgajiem. Viens no pirmajiem Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LSPR) valdības pieņemtajiem dekrētiem bija “Dekrēts par baznīcas šķiršanu no valsts un skolas šķiršanu no baznīcas” (20.02.1919.). Baznīcas šķiršana no valsts lielinieku izpratnē bija ne tikai juridisks solis, kas nozīmēja vienas institūcijas nošķiršanu no otras, bet arī juridiski striktu valsts iejaukšanos baznīcas dzīvē, šīs institūcijas darbības ierobežošanu, mantas atņemšanu utt.

18.11.1918., uzsākot valsts nostiprināšanas procesu, labvēlīgo politisko noskaņojumu nomainīja atsvešinātība un savstarpējā starpkonfesionālā neuzticība. Valsts nesakārtotā likumdošana un neizstrādātais likums par baznīcas un valsts šķiršanu radīja pamatu tiesisku neskaidrību un problēmu virknei, kas saistījās ar baznīcas tiesisko stāvokli, to īpašumiem. Likumdevēji nespēja atrast piemērotu modeli valsts un baznīcas attiecībām. No likumdošanas nepilnībām izrietošās problēmas radīja daudz sarežģījumu valsts un baznīcas attiecībās, veidojot problēmu ķēdi, – Svētā Jēkaba katedrāles, Doma baznīcas, pareizticīgo arhiereja rezidences, pareizticīgās baznīcas juridiskā statusa jautājumi, kas neveicināja sapratni starp konfesijām.

Notikušais valsts apvērsums 15.05.1934. izmainīja ne tikai Latvijas politiku, kultūru un ekonomiku, bet skāra arī baznīcas dzīvi. Valsts prezidents Kārlis Ulmanis tiecās veidot tādu baznīcu, kas pilnībā atbilstu viņa ideālam par baznīcas vietu atjaunotajā valstī. Tika izdota instrukcija par sektām un to darbību (08.03.1935.).

Padomju okupācijas (1940–1941) laikā notika straujas izmaiņas valsts īstenotajā reliģiskajā politikā. 25.08.1940. tika pieņemta LPSR Konstitūcija, kuras 96. pantā bija rakstīts, ka baznīca LPSR ir atdalīta no valsts, bet skola – no baznīcas. Ar īpašiem padomju okupācijas varas rīkojumiem šajā laika posmā tika slēgtas reliģisko konfesiju draudzes, nacionalizēti reliģisko konfesiju īpašumi, likvidēta Latvijas Universitātes (LU) Teoloģijas fakultāte, tās bibliotēkas un muzeju fondi, bet no bibliotēkām tika izņemta reliģiska satura literatūra. Ticības mācība tika svītrota no skolu programmām, bet skolotāji – atlaisti no darba. 25.11.1940. LPSR Tautas Komisāru padome (TKP) reorganizēja dzimtsarakstu aktu reģistrācijas kārtību, atņemot baznīcai metriku funkcijas.

Nacistiskās Vācijas okupācijas laikā (1941–1945) Latvijas teritorija nonāca Ostlandes teritorijas sastāvā. Nacistiskās varas īstenotā reliģijas politika bija visai noteikta un kontrolējoša jomās, kas attiecās uz politisko un ideoloģisko situāciju. Nacistiskā vara novilka arī stingras robežas attiecībās ar reliģiskajām konfesijām. 1941. gada beigās nacistiskās okupācijas vara atjaunoja reliģisko lietu pārraudzības institūciju – Baznīcas un konfesiju lietu departamentu.

Pēc Otrā pasaules kara padomju okupācijas (padomju otrreizējā okupācija) iestādes sāka īstenot vēl nesaudzīgāku pret baznīcu un ticīgajiem vērstu reliģisko politiku. Pēc kara Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) noteikumus par reliģiskajām organizācijām attiecināja arī uz Latvijas konfesijām. 20. gs. 40. gadu beigās un 50. gadu sākumā par reliģiskās politikas īstenošanas procesu LPSR atbildīgi bija reliģijas kulta lietu pilnvarotie, kas bija pakļauti PSRS TKP Reliģijas lietu padomei. Šīs institūcijas galvenie darbības virzieni bija saistīti ar padomju un reliģisko konfesiju ekleziālo varu (baznīcas hierarhiju), Valsts Drošības komitejas (VDK) un Padomju Savienības Komunistiskā partijas (PSKP) komunikācijas uzturēšanu, likumdošanas īstenošanu un sūdzību izskatīšanu, kulta kalpotāju reģistrāciju un sakrālo ēku slēgšanu vai atvēršanu.

PSKP Centrālkomitejas (CK) ģenerālsekretāra Ņikitas Hruščova (Никита Сергеевич Хрущёв) laikā notika izmaiņas reliģijas politikas nostādnēs. Jau 20. gs. 50. gadu otrajā pusē LPSR sākās jauna masveida antireliģiskā propaganda, kas tika īstenota daudz zinātniskākā un manipulatīvākā veidā nekā iepriekš. Antireliģiskā propaganda tikai vērsta vairākos virzienos: skola, izglītība, zinātne un jaunu padomju tradīciju konstruēšana un iedzīvināšana, kā arī kolaborācijas uzspiešana garīdzniecībai un reliģisko konfesiju vadībai. Galvenais bija ateisma propaganda un marksistiskās filozofijas intelektuālā stiprināšana, antireliģisko pasākumu mērķtiecīga un saturiska organizēšana. Šim mērķim tika izveidotas jaunas zinātniski pētnieciskas institūcijas un izdevniecības, sabiedriskās organizācijas, kā arī kultūras institūcijas. 07.07.1954. PSKP CK lēmums bija vērsts uz ateisma propagandas veicināšanu, bet tā paša gada 10.11. tika pieņemts partijas lēmums “Par kļūdām, kādas pieļautas, veicot zinātniski ateistisko propagandu iedzīvotāju vidū”, kas akcentēja ateistiskās audzināšanas zinātniskuma attīstību. Padomju antireliģiskā politika vairs neaprobežojās tikai ar ateistisku lekciju skaita palielināšanu, speciālu obligāto ateisma kursa ieviešanu skolās un augstskolās, bet veica arī t. s. individuālo darbu ar ticīgajiem, kas ietvēra arī ticīgo publisku nosodīšanu, iebiedēšanu un masu iesaistīšanu.

1964. gads nāca ar lielām izmaiņām PSRS iekšpolitikā. PSKP CK plēnuma laikā Ņ. Hruščovs tika atstādināts no amata, bet viņa vietā nāca Leonīds Brežņevs (Леонид Ильич Брежнев), kura laikā valdības īstenoto reliģisko politiku varētu dēvēt par “birokrātisko un formālisma laiku” valsts un baznīcas attiecībās PSRS. Valdība ateisma propagandai tērēja milzīgus finansiālos līdzekļus, mākslīgi uzturot kontroles un apkarošanas aparātu, kas reliģiskās konfesijas turēja žņaugos ar neskaitāmu aizliegumu un kontroļu palīdzību.

Mihaila Gorbačova (Михаил Сергеевич Горбачёв) nākšana pie varas un uzsāktie demokratizācijas procesi PSRS deva savu artavu padomju valsts un baznīcas attiecību uzlabošanas procesā. PSRS Augstākās Padomes (AP) likums “Par apziņas brīvību un reliģiskajām organizācijām” (О свободе совести и религиозных организациях, 01.10.1990.) atļāva reliģiskajām organizācijām iegūt juridisko statusu, ieviest fakultatīvo ticības mācību valsts skolās, iegādāties un uzturēt īpašumus un sakrālās ēkas, iepirkt un ievest ārzemēs izdoto reliģisko literatūru, veikt karitatīvo kalpošanu, uzturēt labdarības institūcijas, kā arī mazināja nodokļu slogu garīdzniecībai. Šis likums ļāva reliģiskajām konfesijām brīvi veikt reliģiskos rituālus, nodrošinot pilnīgu reliģisko brīvību, aizliedza valdībai iejaukties baznīcas iekšējā dzīvē un pārtrauca reliģisko diskrimināciju un padomju varas atbalstīto antireliģisko propagandu. 11.09.1990. LPSR AP pieņēma jaunu likumu “Par reliģiskajām organizācijām”, un tas atcēla 28.10.1976. likumu “Par reliģiskajām apvienībām LPSR”, kas bija morāli un ideoloģiski novecojis tiesiskais regulējums.

Pēc Latvijas valstiskuma atjaunošanas stājās spēkā jauns likums, kas regulēja valsts un baznīcas likumdošanu Latvijā, – “Likums par reliģiskajām organizācijām” (kopš 26.09.1995.), kam tika veikti daudzi labojumi un papildinājumi (1996; 2000; 2002; 2004; 2008; 2009).

Latvijas valstij pēc neatkarības atjaunošanas bija svarīgi veidot attiecības ar Vatikānu. Pirmais Latvijas un Vatikāna konkordāts tika noslēgts 30.05.1922. (ratificētas 01.07.1922.), kas ļāva Romas katoļu baznīcai Latvijā izveidot savas administratīvās struktūras, piešķīra tai juridiskās tiesības. Pirmā darba grupa konkordāta izstrādei tika izveidota 1996. gadā. Latvijas Republikas (LR) valdība 08.11.2000. izstrādāja jaunu Latvijas un Svētā Krēsla konkordāta projektu. Pēc divu gadu intensīva darba konkordāts tika ratificēts 25.10.2002. Konkordāts kļuva par pirmo precedentu atjaunotajā Latvijas valstī, kas juridiski veidoja attiecības starp valsti un vienu konkrētu reliģisku konfesiju. Konkordāts starp LR un Svēto Krēslu ir ne tikai svarīgs divpusējs starptautisks līgums, kas nosaka daudzu nozīmīgu juridisko attiecību kopumu starp divām valstīm – LR un Vatikānu –, bet arī iekšējais normatīvais akts, kas regulē attiecības starp LR un Romas katoļu baznīcu Latvijā.

LR valdība izstrādājusi jaunus normatīvos aktus, kas attiecas uz pārējo reliģisko konfesiju juridisko statusu Latvijā. 08.06.2004. tika parakstīts līgums starp valsti un septiņām tradicionālajām reliģiskajām konfesijām LR – Latvijas Evaņģēliski luterisko baznīcu, Pareizticīgo baznīcu Latvijā, Baptistu draudžu savienību, Vecticībnieku Pomoras baznīcas centrālo padomi, Septītās dienas adventistu Latvijas draudžu savienību, Apvienoto metodistu baznīcu un Rīgas Ebreju reliģisko draudzi, nosakot robežas Latvijas valsts un baznīcu sadarbībai izglītības, sociālās un garīgās aprūpes jomā. Pieņemti atsevišķi normatīvie akti, kas regulē arī citu reliģisko konfesiju sadarbības modeli ar Latvijas valsti, piemēram, “Rīgas ebreju reliģiskās draudzes likums” (pieņemts 20.06.2007.).