Sekularizācija nenozīmēja pilnīgu atiešanu no reliģiskās dzīves. Liela nozīme bija filantropisko organizāciju darbībai, kas balstījās reliģisko brālību tradīcijās un bieži vien tieši turpināja to darbību. Tādas bija slimnieku kopšanas biedrības Bikur Holim, kas atradās daudzās pilsētās, bezprocenta aizdevumu biedrības Gmiles Hesed un citas. Paralēli sekularizācijas procesiem notika arī ebreju kopienas konservatīvi reliģiskā spārna konsolidācija. To vadīja partija “Israēla savienība” (Agudas Isroel), kam Satversmes sapulcē un Saeimā bija stabils vēlētāju atbalsts. Pēc Kārļa Ulmaņa apvērsuma šī partija paplašināja savu ietekmi, it īpaši izglītības un kultūras jomā. Pēc padomu okupācijas ebreju draudžu īpašumi tika nacionalizēti, tika plānota dievnamu pārveidošana citām vajadzībām. Tika apcietinātas un ieslodzītas vairākas ievērojamas personības, piemēram, Agudas Isroel vadītājs Mordehajs Dubins un reliģisko cionistu partijas Mizrahi līderis rabīns Mordehajs Nuroks (Markuss). Holokausta sākumā pēc nacistu karaspēka iebrukuma tika nopostītas un iznīcinātas sinagogas. Bieži vien pašus ebrejus piespieda publiski dedzināt relikvijas, iekārtojuma elementus, reliģiskās grāmatas. Rīgas Lielās sinagogas dedzināšana 04.07.1941. tika filmēta kinohronikai Deutsche Wochenschau. Sinagogas dedzināšanai bija jākļūst par ilustrāciju šajā pašā dienā publicētajam uzsaukumam stāties t. s. Arāja komandā. Nacistu propaganda aktīvi izmantoja antisemītiskus mītus, t. sk. par jūdaisma kā reliģijas naidīgumu pret visām tautām un par kristiešu asins izmantošanu jūdaisma rituālos. Kopumā holokausta laikā no apmēram 92 tk ebreju, kas dzīvoja Latvijā 1941. gadā tika noslepkavoti 70–73 tūkstoši.
Padomju okupācijas režīmam atjaunojoties, izdzīvojušie vai no evakuācijas atgriezušies ebreji mēģināja atjaunot reliģisko dzīvi. 1945. gadā bija septiņas draudzes – Daugavpilī, Rēzeknē, Ludzā, Krāslavā, Tukumā un divas Rīgā (Peitavas ielā 6/8 un HaBaD draudze Suvorova, mūsdienās Marijas, ielā 13).
1950. gadā Latviju sasniedza t. s. cīņa pret kosmopolītiem, kurai lielā mērā bija antisemītisks raksturs. Tika apcietināti vairāki ievērojami ebreju kultūras darbinieki – žurnālisti, vēsturnieki, literāti, vienlaikus notika represijas arī pret reliģisko draudžu amatpersonām. Gandrīz visu padomju okupācijas laiku samazinājās draudžu un to locekļu skaits. 1952. gadā oficiāli likvidēja Suvorova ielas draudzi Rīgā; tās locekļi pārcēlās uz Peitavas ielas sinagogu. 1954. gadā tika slēgta Krāslavas draudze, 1961. gadā – Tukuma draudze. It īpaši draudžu locekļu skaits samazinājās pēc 1970. gada, kad sākās ebreju masveida izceļošana no Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS). 1959. gadā Latvijā bija 36 584 ebreji, 1979. gadā – 28 318, 1989. gadā – 22 897. Būtisks bija arī reliģiskā personāla (rabīnu, lopu kāvēju, apgraizīšanas veicēju) trūkums. Arvien lielāku nozīmi ieguva keiveroves tradīcija – radinieku kapu apmeklēšana mēnešos pirms ebreju Jaunā gada.
20. gs. 60.–80. gados bija izveidojušās nelielas, bet diezgan aktīvas jauniešu grupas, kas mēģināja “atgriezties pie tradīcijas”, redzot jūdaismā pretstatu padomju ideoloģijai un psiholoģisko balstu. Daļēji viņi bija saistīti ar ebreju nacionālo kustību, piedalījās nelegālās literatūras izplatīšanā, holokausta piemiņas pasākumos, cīņā par iespēju emigrēt no PSRS. Daļa šo cilvēku piedalījās ebreju kopienas oficiālas atjaunošanas kustībā neatkarības atjaunošanas gados.
Ebreju reliģiskā dzīve atdzima ar neatkarības atjaunošanas sākumu. 2018. gadā ebreju kopienas pastāvēja Rīgā, Liepājā, Daugavpilī, Ventspilī, Jelgavā, Jēkabpilī, Jūrmalā, Ludzā un Rēzeknē; ne visas no tām ir reģistrētas kā reliģiskās draudzes. Rīgā dzīvo absolūtais vairākums Latvijas ebreju. Ebreji, kas dzīvo vietās, kur nav ebreju kopienu, piedalās reliģiskajā dzīvē Rīgā vai citās pilsētās. Pilns dienas lūgšanu cikls notiek Rīgā, Peitavas ielas sinagogā un HaBaD-Ļubavič draudzē, savukārt citās pilsētās notiek sabata un svētku lūgšanas. Neskatoties uz Latvijai tradicionāli relatīvi zemu ikdienišķās reliģiozitātes līmeni, Latvijas ebreji uzskata jūdaismu par svarīgu savas identitātes sastāvdaļu. Jaunā gada (Roš ha-Šana) un Tiesas dienas (Jom Kippur) svētkos Rīgas Peitavas ielas sinagogā uz lūgšanu sanāk līdz 450 cilvēku. Pēc Iedzīvotāju reģistra datiem ebreju skaits 2007.–2016. gadā samazinājies no 10 336 uz 8659 cilvēkiem (16,3 % kritums), bet mozusticīgo draudžu locekļu skaits pēc Tieslietu ministrijas apkopotiem datiem samazinājies no 638 uz 315 cilvēkiem. Kopumā jūdaismam kā konfesijai nav aktīvas nozīmes Latvijas sabiedriskajā dzīvē, galvenokārt nelielā piekritēju skaita dēļ. Sabiedrības uzmanības lokā jūdaisms nonāk tikai konfliktsituācijās – tā 2011. gada Saeimas vēlēšanās pēc jūdaisma piekritēju lūguma tika pagarināts vēlēšanu iecirkņu darbalaiks, dodot iespēju ticīgajiem nobalsot pēc sabata beigām. Vissarežģītākais jautājums saistāms ar padomju okupācijas režīma nacionalizēto īpašumu atgūšanu. Tā kā jūdaismam nebija “reliģiskā centra” likuma “Par īpašumu atdošanu reliģiskajām organizācijām” izpratnē un vairākumā Latvijas pilsētu pēc holokausta vairs nebija ebreju draudžu, tad bieži vien tiesas atteica īpašumu atgriešanu; citās situācijās tās aizbildinājās ar “reliģiskā komponenta trūkumu”. 25.02.2016. Saeima, “lai ebreju draudzēm un biedrībām mazinātu vēsturiskās netaisnīgās sekas, kas radušās nacistiskā totalitārā režīma īstenotā holokausta un komunistiskā totalitārā režīma darbības rezultātā Latvijas Republikas teritorijā”, Latvijas ebreju draudžu un kopienu īpašumā nodeva piecas ēkas, t. sk. Dubultu un Kandavas sinagogas un reliģiskās skolas ēku Rīgā. 2008.–2009. gadā tika renovēta Rīgas Peitavas ielas sinagoga. 2015.–2016. gadā tika restaurēta Rēzeknes Zaļā sinagoga un Ludzas Lielā sinagoga. Abās ēkās tika izveidotas ekspozīcijas par vietējo ebreju kopienu vēsturi un ebreju tradīcijām.