Līdz ar okupācijas varu maiņu 01.07.1941. Rīgā ieradās vācu SiPo un SD operatīvās grupas “A” vadītājs SS (Schutzstaffel) brigādefīrers Valters Štālekers (Franz Walter Stahllecker). V. Štālekera plānos ietilpa arī speciālu vienību izveidošana no vietējiem iedzīvotājiem, kuras varētu izmantot nacistu represijās pret rases un politiskajiem pretiniekiem. Tādas bija Mārtiņa Vagulāna vienība Jelgavā, Herberta Teidemaņa grupa Valmierā, Fēliksa Rikarda un Viktora Arāja vadītās grupas Rīgā un citas. Pēdējā no tām pakāpeniski kļuva par galveno Latviešu drošības palīgpolicijas struktūrvienību.
Arāja komandu veidoja dažādu sabiedrības aprindu pārstāvji. Vienības organizēšanās sākumā V. Arājam pievienojās vairāki viņa pārstāvētās studentu korporācijas “Lettonia” un citu korporāciju locekļi. Tomēr jau 1941. gada beigās izglītotākie vienības dalībnieki centās ieņemt administratīva rakstura amatus vai arī pārgāja dienestā citās SiPo un SD struktūrās. Arāja komandas dalībnieku vidū bija uz Sibīriju aizvesto radinieki, tomēr viņu kopskaits nebija liels. Bija gadījumi, kad cilvēki vienībā iestājās, lai slēptu savu sadarbību ar padomju okupācijas varu 1940.–1941. gadā. Vēlāk Arāja komandā pieteicās dienēt gados jaunāki vīrieši ar zemāku izglītību, kurus motivēja nacistu propaganda, materiāli ieguvumi un iespēja izvairīties no dienesta frontē.
Sākotnēji Arāja komanda atradās Rīgā, K. Valdemāra ielā 19, bet 1942. gada sākumā pārcēlās uz bijušo Latvijas Kara skolas ēku K. Barona ielā 99. Vienībā bija divas rotas, kurās kopā ar 20 administratīva un tehniska rakstura darbiniekiem 1941. gada rudenī dienēja ap 300–400 personu. Tās struktūrā ietilpa štābs, operatīvā, izmeklēšanas, saimniecības (apgādes) daļa, ieroču, mehāniskā un citas mazākas nozares. No 12.1941. līdz 09.1943. Arāja komandas apakšvienības apsargāja Jumpravmuižas koncentrācijas nometni (Konzentrationslager Jungfernhof) un Salaspils paplašināto policijas cietumu un darba audzināšanas nometni (Erweitertes Polizeigefängnis und Arbeitserziehungslager). Vienības uzdevumos ietilpa SiPo un SD galvenās mītnes Rīgā, Reimersa ielā, un citu objektu apsardze. Arāja komandas dalībniekus nosūtīja uz trīs mēnešu ilgiem apmācību kursiem Drošības policijas skolā Firstenbergā (Sicherheitspolizeischule Drögen, Fürstenberg / Mecklenburg). Vienības militārā apmācība notika dažādās vietās Rīgā, Sužu muižā un citur.
