Lai gan reliģijas politika tiek uzskatīta par vienu no jaunākajām disciplīnām politikas zinātnē, tās pirmsākumi meklējami jau antīkajā pasaulē, kur politika bija nepastarpināti saistīta ar reliģiju. Bieži vien vārds “valdnieks” tika pielīdzināts vārdam “dievs”. Senajā Ēģiptē faraons vienlaikus bija gan laicīgais valdnieks, gan dievs, kas varēja iedzīvināt jaunus reliģiskos rituālus. Ap to pašu laiku Izraēlas tauta uz citu apkārtesošo tautu fona atšķīrās tieši ar to, ka viņu valdnieks sākotnēji bija Dievs, taču arī pēc Izraēlas un Jūdejas karaļvalsts nodibināšanas laicīgā un reliģiskā vara saglabāja šķirtību. Arī Izraēlā, tāpat kā citās tautās un kultūrās, militārās sakāves tika interpretētas kā dievišķā plāna deviācija vai Dieva dusmu izpausme.
Senajā Grieķijā dievi ietekmēja polisu politiku ar orākulu, paražu un leģendu palīdzību. Savukārt Senajā Romā pilsoņu politiskā lojalitāte bieži tika demonstrēta kulta formā – romiešu politiķi un karavadoņi apgalvoja, ka ir cēlušies no dieviem, un tāpēc bija attiecīgi jāgodā. Tā kā kristieši atteicās dievināt imperatorus un citus laicīgās varas pārstāvjus, tieši kristietības izplatība veidoja jaunas attiecības starp reliģiju un politiku. Lai arī kristīgās baznīcas pirmsākumos bija vērojami centieni atdalīt baznīcu no valsts, Rietumu civilizācijā kristīgā reliģija jau diezgan agrīnā stadijā tika sasaistīta ar laicīgo varu, līdz viduslaikos tās gandrīz pilnīgi saplūda. Vairāku gadsimtu garumā abas varas sadarbojās un veidoja kopīgu kultūru, juridisko sistēmu un dzīvesveidu, kas balstījās uz kristīgajiem uzskatiem un gadsimtiem ilgi noteica Eiropas sociālo, politisko, ekonomisko, tiesisko un kulturālo attīstību.
Tieši reformācijas iespaidā 16. gs. viduslaiku “divu zobenu” doktrīnu par duālās valsts un baznīcas varas attiecībām nomainīja doktrīna par “valsts suverenitāti”. Mārtiņš Luters (Martin Luther) nošķīra baznīcu no valsts, uzskatot, ka valsts ir soģis un ka tās uzdevums ir nodibināt mieru, sodot noziegumus, savukārt baznīcas – nodarboties ar garīgajiem jautājumiem, nevis politiku. M. Luters ļoti efektīvi pakļāva baznīcu sekulārajai varai, tādējādi protestantos atjaunodams tradicionālo skatījumu, ka baznīca ir pakļauta sekulārajai varai pasaulīgajos jautājumos. Tas gan neatrisināja valsts un baznīcas attiecības, jo sākās reliģiskie konflikti, kas pastiprināja jau esošās problēmas. Trīsdesmitgadu karš (1618–1648) tiek uzskatīts par pēdējo reliģisko karu Eiropā, kas pavēra ceļu sekularizācijai politikā. Tikai kopš ASV neatkarības pasludināšanas (04.07.1776.) un Franču revolūcijas (1789–1799) redzama laicīguma principu iedibināšana (laïcité) politikā un baznīcas pakāpeniskā atdalīšanās procesā no valsts. Atsakoties nodibināt vienu valsts baznīcu vai reliģiju, ASV konstitūcija definēja Amerikas valdību kā sekulāru un kā tādu, kurai nav varas pār reliģiskajiem jautājumiem. Taču, ja baznīcu no valsts atdalīt izrādījās salīdzinoši viegli, tad reliģijas nodalīšana no politikas ir daudz sarežģītāka un, visticamāk, nenotiks nekad.
Reliģijas politikas kā disciplīnas vēsturiskie pirmsākumi meklējami Rietumu politiskajā filozofijā, kur vairums prominentāko filozofu izteikušies par reliģijas un politikas tēmu, sākot ar Aurēliju Augustīnu (Aurelius Augustinus Hipponensis), kurš darbā “Par Dieva pilsētu” (De Civitate Dei contra pagnos, 426) aplūko sekulārās un sakrālās varas ietekmes jomas. Arī citi politikas filozofi, piemēram, Akvīnas Toms (Thomas Aquinas), Tomass Hobss (Thomas Hobbes), Džons Loks (John Locke), Žans Žaks Ruso (Jean Jacques Rousseau), Kārlis Markss (Karl Marx) u. c., vairāku gadsimtu garumā ir snieguši atbildi uz normatīviem jautājumiem: kā cilvēkiem vajadzētu rīkoties saskaņā ar Dieva dabu un gribu vai kā valstij, valdniekiem nepieciešams attiekties pret reliģiju un baznīcu. Politikas zinātnē caur šo prizmu meklētas atbildes uz normatīviem jautājumiem par to, kas nosaka režīma leģitimitāti, kādi ir valdnieka varas ierobežojumi un kas nosaka likuma taisnīguma principus. Savukārt 20. gs. politikas zinātnes pētnieki, piemēram, Makss Vēbers (Max Weber), Emils Dirkems (Émile Durkheim), Sidnijs Verba (Sidney Verba), Roberts Patnems (Robert Putnam), lielāku uzmanību veltījuši reliģijas un politikas dalībnieku savstarpējās mijiedarbības analīzei, pakļaujot to ne tikai filozofiskiem pārspriedumiem, bet veicot pētījumus dažādās pasaules valstīs, pamatā gan koncentrējoties uz Rietumu valstīm.