Līdz ar Reformācijas uzvaru Livonijā nostabilizējās evaņģēliski luteriskā baznīca, tomēr tās institucionāla izveide notika nedaudz vēlāk; 1561. gadā izveidotajā Kurzemes un Zemgales hercogistē – 1570. gadā saskaņā ar hercogistes landtāga lēmumiem, kad tika izveidota Kurzemes un Zemgales evaņģēliski luteriskā baznīca ar konsistoriālo pārvaldes formu. Savukārt Vidzemē evaņģēliski luteriskā baznīca tika izveidota tikai pēc zviedru panākumiem zviedru–poļu karā, kad 1621. gadā Zviedrijas karalis Gustavs II Ādolfs (Gustav II Adolf) ieņēma Vidzemi un Rīgu, un par pirmo baznīcas vadītāju kļuva Hermans Samsons (latīņu Hermannus Samsonius). Latgalē, kas nonāca Polijas–Lietuvas sastāvā un tur palika līdz pat 18. gs., pretreformācijas rezultātā 17. gs. pilnībā tika atjaunota katoļu baznīca.
Reformācija ienesa Livonijā daudzas pārmaiņas. Līdzās jaunai baznīcai saskaņā ar M. Lutera ideju par ikvienam “saprotamu” baznīcu, dievkalpojumi latviešu draudzēs bija jānotur latviešu valodā. Līdz ar to sāka veidoties un attīstīties latviešu literārā valoda. Būtiska nozīme šajā procesā bija gan Georgam Mancelim (vācu Georg Manzel, latīņu Georgius Mancelius), kurš 17. gs. vidū sarakstīja sprediķu grāmatu “Postilla”, kas bija pirmais oriģinālsacerējums latviešu valodā, gan Ernstam Glikam (Johann Ernst Glück), kurš latviešu valodā pārtulkoja Bībeli. Tika atvērtas laicīgas mācību iestādes, t. sk. arī latviešiem, pilsētas uzņēmās sociālās funkcijas, publiski pieejamas kļuva klosteru un baznīcu bibliotēkas. Mākslā ienāca laicīgās tēmas, M. Lutera lielā mīlestība pret mūziku un dziedāšanu sekmēja arī dziesmu izplatību dievkalpojumos. Šīs pārmaiņas gan notika samērā ilgā laikā, bet to sākums ir cieši saistīts ar Reformāciju, kura tās uzsāka.
Reformācijas rezultātā sāka pieaugt kopējais iedzīvotāju izglītotības līmenis, cilvēki kļuva pašapzinīgāki, uzņēmīgāki, racionālāki. Tas, savukārt, sekmēja zinātnes attīstību. Par sabiedrības centru kļuva indivīds, reālais cilvēks, nevis dievišķās būtnes. Latviešiem būtisks bija nacionālās valodas attīstības sākums, kas sekmēja gan viņu izglītotības kāpumu, gan arī nacionālās inteliģences dzimšanu 18. gs. otrajā pusē, kas, savukārt, veicināja jaunlatviešu kustības rašanos 19. gs. vidū.