Atšķirībā no pārējās mūsdienu Latvijas teritorijas, kas pēc Livonijas sabrukuma nonāca tiešā kaimiņu lielvalstu pakļautībā, Kurzemes hercogiste reprezentēja vietējo valstiskumu, lai arī ar zināmām atrunām. Juridiski tās dibināšanu noteica t. s. Pakļaušanās līgums (Pacta Subiectionis), kuru 28.11.1561. Viļņā noslēdza Livonijas ordeņa mestrs Gothards Ketlers (vācu Godthartt Kettler, latīņu Gothardus Kettler) un Polijas-Lietuvas valdnieks Sigismunds II Augusts (poļu Zygmunt II August, lietuviešu Žygimantas II Augustas). Saskaņā ar šo līgumu, kuru Kurzemes hercogistē biežāk dēvēja par Provisio Ducalis (burtiski “hercoga iztika”), karalis nodeva G. Ketleram kā mantojamu lēni kādreizējos ordeņa īpašumus Kurzemē un Zemgalē. Ārpus Kurzemes hercogistes teritorijas palika bijusī Kurzemes bīskapija jeb Piltenes apgabals un Grobiņas pilsnovads, kuru hercogi atguva 1609. gadā. Galvenie principi, ko Pakļaušanās līgumā karalis Sigismunds II Augusts solījās ievērot attiecībā uz jauno vasaļvalsti, bija: 1) ticības brīvība saskaņā ar Augsburgas konfesiju, 2) muižnieku tiesību un privilēģiju garantēšana un muižu mantošanas tiesības abu dzimumu ģimenes locekļiem; 3) tiesības ieņemt administrtīvus amatus vienīgi vietējiem vāciešiem. Oficiāli hercoga tituls skanēja – no Dieva žēlastības Kurzemes un Zemgales hercogs Livonijā (Von Gottes Gnaden in Liefland zu Curland und Semgallen Herzog). Ranga ziņā Kurzemes hercogs tika pielīdzināts Prūsijas hercogam, kurš bija Polijas-Lietuvas vasalis no 1525. gada.
Līgums arī noteica, ka hercogistes mantošana iespējama tikai tiešā vīriešu līnijā, tādēļ 1566. gadā G. Ketlers apprecējās ar Meklenburgas hercoga Johana Albrehta I (Johann Albrecht I., Herzog zu Mecklenburg) māsu Annu (Anna von Mecklenburg), aizsākot dinastiju. Pēctecības nodrošināšana bija vitāli svarīga hercogistes pastāvēšanai, jo 1589. gadā Seims pieņēma lēmumu, ka, izbeidzoties Ketleru vīriešu līnijai, Kurzemes hercogisti drīkst likvidēt un pievienot Lietuvai.
Latvijas teritorijas iedalījums 17. gs. vidū.