Katoļu baznīca Latvijā pārstāvēta ar latīņu rita Rīgas metropoliju un trim bizantiešu rita katoļu draudzēm. Kristietībā skaitliski lielāko konfesiju raksturo Romas pāvesta administratīvā un mācīšanas vara, kas iedibināta tradīcijā par apustuļu Pētera un Pāvila mocekļu nāvi Romas Impērijas galvaspilsētā un nepārtrauktu apustulisko pēctecību.

Latvijas teritorijā Rietumu kristietība ienāca, vēlākais, 12. gs. trešajā ceturksnī, kad Zēgebergas augustīniešu kanoniķis Meinards (latīņu Meynardus, Meinnardus, vācu Meinhart, Meinhard von Segeberg) kristīja Ikšķiles lībiešus. Ap 1186. gadu Brēmenes arhibīskaps Hartvigs II (Hartwig II., Hartwig von Utlede) viņu iesvētīja par pirmo šīs teritorijas bīskapu.

Pirmās organizētās latīņu rita draudzes Latvijas teritorijā – Ikšķile, Sala un Turaida –, kas saistāmas ar bīskapa Meinarda un viņa palīgu kalpošanu, radās 12. gs. 80.–90. gados. Trešais Ikšķiles bīskaps Alberts (latīņu Adalbertus Rigensis, vācu Albrecht von Buxthoeven) pārcēla katedrāli no Ikšķiles uz Rīgu un 1214. gadā panāca Romas rīkojumu par diecēzes atdalīšanos no Hamburgas-Brēmenes metropolijas. 1255. gadā Rīgas diecēzi paaugstināja par metropoliju, kurā ietilpa Kurzemes, Tērbatas, Sāmsalas-Vīkas, Vārmijas (Ermlandes), Pamedes (Pomezānijas), Sembas (Samelandes) un Kulmas bīskapijas, kas kopā ar Vācu ordeni veidoja vienu no lielākajām Eiropas baznīcas valstu konfederācijām un kuru pastāvēšana aizkavēja Baltijas tautu tālāku integrāciju Polockas un Pleskavas kņazistēs un pareizticībā.

No 12. gs. vidus līdz pat 15. gs. Latvijas kristietības vēsturi raksturo nemitīgas cīņas par virsvaru Baltijas telpā starp Vācu ordeni (un tā filiāli – Livonijas ordeni) un Rīgas arhibīskapu. Šīs konkurences atskaņas atbalsojās savstarpējās apsūdzībās Romas kūrijai (pāvesta Klementa V (Clemens V) legāta Franciska no Moliano (Franciscus de Moliano) izmeklēšanas protokoli, 1312), augustīniešu regulas piemērošanā un atsaukšanā katedrāļu kapituliem, ekstremālos gadījumos bīskapu sagūstīšanā (Rīgas arhibīskapa Silvestra Stodevešera (Silvester Stodewescher) gūsts Koknesē, 1479).

Vienlaikus, pateicoties Livonijas perioda nomināli vienotas baznīcas valstu konfederācijas pastāvēšanai, no Livonijas sentautām izveidojas latviešu un igauņu tauta un valoda; nostiprinājās kristīgo jēdzienu lietošana folklorā, integrējot Austrumu pareizticības mantojumu (baznīca, gavēnis, kristīt, krusts, svece u. c.) un Rietumu katolicismu (bikts, ērģeles u. c.); pamatiedzīvotāju materiālā kultūra cauraudās ar kristietības elementiem (piemēram, Puzes Lejaskroga kapulauka depozīts). Taču savstarpējos konfliktos aizņemtie Livonijas garīgie valdnieki landtāgos un sinodēs atkārtoja prasības pēc vietējo valodu pratējiem garīgajā kalpošanā, bet neorganizēja plašākas izglītības iespējas uz vietas (Rīgas Domskola), līdz ar to lēni veidojās vietējā izglītotā sabiedrība, bet tas, savukārt, nākamajā periodā pēc baznīcas valsts sekularizācijas, aizkavēja pamatiedzīvotāju interešu aizstāvību.

Trīs Livonijas lielpilsētas – Rīga, Tērbata (mūsdienās Tartu) un Rēvele (Tallina) – piederēja pirmajām, kuru rātes Baltijas reģionā izšķīrās par labu luteriskajai mācībai (16. gs. 20. gadu otrā puse) un pie nedaudzajām luteriskajām pilsētām, kurās īstenoti svētbilžu grautiņi. Savukārt Livonijas kārtas (bīskapu un ordeņa vasaļi) galīgi atteicās no katoļticības tikai Livonijas kara laikā (1558–1583), kad ar padošanos Polijas karalim un Lietuvas dižkunigaitim Sigismundam II Augustam (poļu Zygmunt II August, lietuviešu Žygimantas II Augustas; Pacta subjectionis, 1561) likvidēta garīgo firstu administratīvā vara. 1561. gadā sekularizējās pēdējais Livonijas ordeņa mestrs Gothards Ketlers (Godthartt Kettler), kļūstot par pirmo Kurzemes un Zemgales hercogu, un 1563. gadā nomira pēdējais Rīgas arhibīskaps Vilhelms no Brandenburgas (Wilhelm von Brandenburg). Vienīgā saglabājusies katolicisma saliņa – Rīgas Sv. Marijas Magdalēnas cisterciešu klosteris – tika respektēts iemītnieču dižciltības dēļ. Mūķenes katolicisma vēsturē zīmīgas ar to, ka praktizēja grēksūdzes pie pēdējā Aizputes klostera katoļu priestera vēstules formātā, ar vēstules starpniecību saņemot arī konsekrētas hostijas, bet pēc biktstēva nāves vairākus gadu desmitus iztika bez sakramentiem, taču konsekventi atsacījās no piedāvātajiem luterāņu mācītāju pakalpojumiem.

1582. gadā karalis Stefans Batorijs (ungāru István Báthory, poļu Stefan Batory) Rīgas pilī pieņēma līdzšinējās Rīgas brīvpilsētas uzticības zvērestu, pretī pieprasot katoļu kulta brīvību. Ar pāvesta Gregora XIII (Gregorius PP. XIII) rīkojumu likvidēja cisterciešu klosteri, uz kā pamata dibināja Rīgas jezuītu kolēģiju, kas apkalpoja Rīgas Sv. Jēkaba un Sv. Marijas Magdalēnas baznīcu, kā arī izvērsa plašu rekatolizācijas darbu Vidzemes reģionos. 1584.–1589. gadā Rīgā, protestējot pret karaļa rīkojumu pāriet uz gregoriānisko kalendāru, notika Kalendāra nemieri, kad no jauna pilsētā aizliedza katoļu kultu; katoļu rīcībā atkal palika pēdējā, cisterciešu mūķeņu pārzinātā Sv. Marijas Magdalēnas baznīca. Nemieru laikā katoļu misionāri paplašināja darbību laukos, plašu iedzīvotāju popularitāti iemantoja svētceļojumi uz Umugas Dievmātes svētnīcu, par ko jezuītu annālēs minēts, ka zemnieki pavadījuši nakti pirms Dievmātes debesīs uzņemšanas svētkiem (15.08.), pie ugunskuriem dziedot garīgas dziesmas, kamēr garīdznieki klausījušies grēksūdzes. Ar karaļa Stefana Batorija personisku atbalstu Ērdmans Tolgsdorfs (Erdmann Tolgsdorf) sagatavoja senāko grāmatu latviešu valodā, kas saglabājusies līdz mūsdienām, – Kanīzija katehismu (1585). Karalis arī panāca katoļu hierarhijas atjaunošanu Pārdaugavas hercogistē, panākot pāvesta rīkojumu Cēsu bīskapijas dibināšanai ar katedrāli un Domkapitulu Cēsīs (karaļa konstitūcija, 1582; pāvesta bulla, 1583). 1590. gadā par Cēsu bīskapu iecelts vietējo valodu pratējs Oto Šenkings (Otto Schenking), viņam piedēvēta latviešu valodā sacerēta dziesma pirmajā jezuītu literāta Georga Elgera (Georg Elger) garīgo dziesmu krājumā Geistliche Catholische Gesänge (1621), kuru var pieņemt kā mēģinājumu rekonstruēt senās Livonijas garīgās prakses ar folkloriskiem piedziedājumiem žū-žū un līgo ar Svēto Rakstu lasījumiem latīņu misē tautas valodā (nepublicētais lekcionārija manuskripts Evangelia et Epistolae). Katoliskā reforma Vidzemē aprāvās 17. gs. 20. gadu vidū, poļu–zviedru karā bīskapam un klēram bēgot uz Polijas–Lietuvas sastāvā palikušo t. s. “poļu Vidzemi” (Inflantia), tagadējo Latgali, kurā, lielā mērā pateicoties Jēzus sadraudzības publikācijām, 18. gs. gaitā izveidojās latgaliešu rakstu valodas tradīcija, kas attīstījās uz G. Elgera iedibinātās rakstības bāzes, pielāgojoties valdošajai poļu ortogrāfijai.

Kurzemes hercogistē katoļticība legalizēta pēc hercoga Gotharda meitas Annas precībām ar Lietuvas valstsvīru Albertu Radvilu (Albertas Radvilas) 1586. gadā. Kurzemes konfesionālo karti raksturo atsevišķi katoļticības anklāvi (Alsunga, Lēnas, Vecpils, Līvbērze u. c.), kas izveidojušies konvertējoties atsevišķām dižciltīgo dzimtām. Savukārt Latgalē saglabājās tikai viena luterisma sala – Krustpilī, baronu Korfu īpašumos, jo Latgalē konvertācijas procesā līdz 19. gs. sākumam katoļticībā atgriezās un polonizējās visas pārējās vācbaltiešu cilmes dižciltīgo dzimtas. Katolicisma prestižu Kurzemē lielā mērā nodrošināja jezuītu vadītās skolas Jelgavā un Ilūkstē (līdz ordeņa slēgšanai 1773. gadā) un karjeras iespējas karaļa galmā Varšavā. Kurzemes katoļu literāro tradīciju iedibināja barons Vilhelms Heinrihs fon Līvens (Wilhelm Heinrich Freiherr von Lieven) ar “Dziesmu un lūgšanu grāmatas” izdevumiem (1733, 1755, 1766 utt., pēdējais 1917), kuros, apsteidzot 20. gs. ekumēnisko atvērtību, dominēja latviešu zemniekiem pazīstamāko luterāņu korāļu tulkojumi (Kristofors Fīrekers, Fürecker Christoph; Bernhards Vilhelms Bīnemanis, Bernhard Wilhelm Bienemann) un vācu ortogrāfija. 

Lielā Ziemeļu kara gaitā Rīga un Vidzeme nonāca Krievijas Impērijas sastāvā (1710), kas paradoksāli nozīmēja ticības brīvības atjaunošanu Rīgas katoļiem, kurus iepriekšējā zviedru valdīšanas laikā (1621–1710) pagrīdes apstākļos neregulāri apmeklēja Jelgavas jezuīti. Eiropas katolisko galmu delegācijas pa ceļam uz Pēterburgu apstājās Rīgā, kas pieprasīja būvēt prestižāku pilsētas katoļu baznīcu. Respektējot Rīgas luteriskās rātes iebildumus, celtniecības vieta izraudzīta ārpus pilsētas nocietinājuma mūriem blakus gubernatora rezidencei. Kā Rīgas kuriozs minams, ka Sāpju Dievmātes baznīcā 2014. gadā (laiku pakārtojot Austrijas prezidenta vizītei Latvijā) atklāja epitāfiju imperatoram Jozefam II (Joseph II) pateicībā par viņa finansiālo atbalstu baroka dievnama celtniecībā (1785), kamēr pārējā katoliskajā pasaulē imperatora vārds devis apzīmējumu Romas noraidītajai jozefisma doktrīnai.

Kā paradokss minama arī jezuītu institūciju saglabāšana Polijas–Lietuvas pirmajā dalīšanā (1772) impērijas pārņemtajās provincēs. Ķeizariene Katrīna II Lielā (Екатерина II Алексеевна Великая) aizliegumu publicēt pāvesta Klementa XIV (Clemens XIV) ordeņa slēgšanas brevi pamatoja ar jezuītu skolu nozīmi valsts eiropeizācijā, savukārt, kad pārējā Eiropā restaurācijas ietekmē jezuītu ordeni pakāpeniski legalizēja, imperators Aleksandrs I (Александр I Павлович Романов), vīlies apgaismības tolerancē, jezuītus izraidīja no valsts (1820).

Nākamie katolicisma ierobežojumi nāca vienlaikus ar politiskajām represijām pēc poļu sacelšanās (1830, 1863). Reaģējot uz katolicisma lomu poļu un lietuviešu nacionālās pašapziņas uzturēšanā, Pēterburgas administrācija likumdošanā ieviesa arvien striktākus ierobežojumus pret katoļu institūciju darbību. Diplomātiskās attiecības ar Romas kūriju 19. gs. gaitā pārsvarā palika pieklājības līmenī, ignorējot Svētā Krēsla protestus par katoļu tiesību ierobežošanu. Tika likvidētas grieķu katoļu draudzes (Ilūkstē, Jēkabpilī u. c.), samazinātas jaunu baznīcu celtniecības iespējas, ierobežotas garīdznieku tiesības apmeklēt kaimiņu draudzes (bez rakstiskas atļaujas), slēgti klosteri (Viļānu bernardīņu, Krāslavas lācaristu, Pasienes dominikāņu) un vietējie semināri (Krāslavas, Aglonas). Latgalē atļāva atstāt vienīgi Aglonas dominikāņu klosteri kā pārējo slēgto klosteru iemītnieku patversmi, bet ar liegumu uzņemt jaunus ordeņa kandidātus. Priesterības kandidātiem no Kurzemes bija jādodas mācīties uz Žemaitijas diecēzes semināriem (Varņiem, Kauņu), bet no Latgales – uz Mohiļevas arhidiecēzes Pēterburgas semināru un Garīgo akadēmiju, kam vienlaikus varēja būt arī pozitīva nozīme, studentiem paverot plašāku apvārsni uz pasaules metropoles kultūras dzīvi. Latīņu burtu drukas aizliegums (1864–1904) kavēja Latgales inteliģences veidošanās procesu. Gandrīz vienīgā iespēja izglītotam Latgales latvietim atgriezties strādāt dzimtenē varēja būt garīdznieka amatā, tāpēc Latgales nacionālās atmodas priekšgalā, līdzīgi kā Lietuvā, izvirzījās katoļu garīdzniecība (sākotnēji poļu un lietuviešu, gadsimta pēdējā ceturksnī arī latgaliešu – Francis Trasuns, Felikss Boļeslavs Laizāns, Pēteris Smelters u. c.). Drukas aizliegums neskāra Kurzemes guberņas katoļus, kas, pateicoties Viļņas un Žemaitijas bīskapu tolerantajai attieksmei pret V. H. fon Līvena iedibināto rakstības tradīciju, neatšķīrās no latviešu literārajā valodā attīstījušās kultūrvides. 

29.09.1918. pāvests Benedikts XV (Benedictus XV) atjaunoja Rīgas diecēzi, atdalot Vidzemes, Latgales un Igaunijas 66 draudzes un 106 garīdzniekus no Mogiļevas arhidiecēzes un nozīmējot bīskapa amatā Pēterburgas Garīgā semināra vēstures profesoru grāfu Edvardu O’Rurku (Eduard Graf O’Rourke). Latviešu garīdznieku spiediena rezultātā E. O’Rurks atteicās no Rīgas bīskapa pienākumu pildīšanas 10.04.1920. Viņa vietā pāvests nozīmēja kanoniķi Antoniju Springoviču.

Garīgais seminārs dibināts Aglonā 1920. gadā bijušā dominikāņu klostera telpās, 1924. gadā pārcelts uz Rīgu, 1928. gadā pārdēvēts par Teoloģijas augstskolu, 1931. gadā tika pieņemts valdības lēmums to pievienot Latvijas Universitātei (LU) kā Katoļu teoloģijas fakultāti, ko Saeima noraidīja. Tas tika īstenots 1938. gadā jau bez Saeimas piekrišanas. Ievērojamākie katoliskās izglītības centri bija arī Aglonas vīriešu (dibināts 1921) un Jaunaglonas katoļu sieviešu klosteris un ģimnāzija (1927–1940; darbojās Nabadzīgā Bērna Jēzus kongregācijas vācu un austriešu māsas).

30.05.1922. tika noslēgts pirmais Latvijas un Vatikāna konkordāts (jaunais Latvijas un Svētā Krēsla konkordāts ratificēts 25.10.2002.). 25.11.1923. Rīgas diecēze atguva arhidiecēzes, bet 08.05.1937., nodibinot Liepājas diecēzi, – metropolijas statusu. Katedrāles vajadzībām Satversmes sapulce piešķīra Sv. Jēkaba baznīcu. A. Springoviča kalpošanu raksturoja autoritatīvs vadības stils – izvairīšanās no ad limina vizītēm Romā, atteikšanās atjaunot Rīgas diecēzes kapitulu, divu bīskapu konsekrācija Romas atļautā viena vietā 1947. gadā, kā arī prelāta F. Trasuna nomelnošanas kampaņa un ekskomunikācija (1925). Nākamais Rīgas arhibīskaps Jānis Pujats 1995. gadā lūdza Romai F. Trasuna reabilitāciju, ko izsludināja 1998. gadā. Diecēzes klēru papildināja reliģiskās kongregācijas (1922. gadā – mariāņi Viļānos, 1929. gadā – kapucīņi Skaistkalnē, 1939. gadā – jezuīti Rīgā).

Reliģiska satura grāmatas latviešu valodā tika izdotas, pateicoties privātai, pārsvarā ierindas garīdznieku iniciatīvai. Netika atjaunota 1913. gadā Pēterburgā iniciētā Bībeles katoļu tulkojuma izdošana, savukārt luterāņu Bībeles tulkojuma lasīšana Latvijas katoļiem bija aizliegta. Jauno Derību latgaliešu rakstu valodā pēc savas iniciatīvas tulkoja Aglonas dekāns Aloizs Broks, savukārt latviešu literārajā valodā Jauno Derību prelāts Vincents Strelēvics iztulkoja tikai 20. gs. 40. gadu beigās trimdā Vācijā.

Vācbaltiešu izceļošana 1939. gadā atšķirībā no Latvijas luterāņiem minimāli skāra katoļu baznīcu. Vācu tautības katoļu misionāri un klostermāsas izceļoja tikai 1941. gada pavasarī. Okupētā Latvijā apzināti palika tikai franciskāņu priesteris Karls fon Gumpenbergs (Karl von Gumppenberg, reliģiskajā vārdā Tomass).

1940. gadā okupācijas vara vispirms likvidēja abas LU teoloģijas fakultātes. Pēc draudzes namu un zemes īpašumu (lielākiem par 15 ha) nacionalizācijas pasliktinājās draudžu materiālais stāvoklis. 1941. gadā padomju okupācijas vara arestēja piecus un noslepkavoja sešus garīdzniekus. 1941. gadā nacionālsociālistu okupācija kavējās novērst padomju okupācijas sekas, vilcinoties atjaunot teoloģijas fakultāšu darbību vai konfiscēto īpašumu denacionalizāciju. Ar Berlīnes nunciatūras starpniecību Rīgas arhibīskaps slepeni informēja Vatikānu par represijām, t. sk., par ebreju, čigānu un garīgi slimo nošaušanu. Viens no nacionālsociālistu laika mocekļiem bija Aglonas ģimnāzijas direktors A. Broks, kuru atkārtoti arestēja (1941, 1942) par publisku protestu pret okupācijas varas represijām un izsūtīja uz koncentrācijas nometnēm. Vācu armijai atkāpjoties, bēgļu gaitās uz Rietumiem devās 36 priesteri, Latvijā palika 152 garīdznieki.

Pēc padomju okupācijas varas atjaunošanas režīms kontaktus ar reliģiskajām organizācijām dibināja ar Reliģijas un kulta lietu padomes starpniecību. Līdz 1990. gadam Arhibīskapa kūrijas rīcību kontrolēja Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas Ministru padomes (LPSR MP) pilnvarotie. Lai saņemtu atļauju atjaunot Garīgā semināra darbību, reģistrētu draudzes, iesvētītu bīskapus vai pārceltu garīdzniekus, kūrijai nācās iesaistīties padomju propagandā, piedaloties starptautiskās miera konferencēs. Baznīcu slēgšanas kampaņa sākās ar Reliģijas un kulta lietu padomes atteikšanos 1951. gadā reģistrēt 32 katoļu diasporā Kurzemē izveidotās draudzes vai pabeigt 20. gs. 30. gados iesākto baznīcu (Ludzas, Malnavas, Eglaines) celtniecību. Staļinisma laikmeta kuriozs ir jaunu (kaut necilu) baznīcu iekārtošana Aizputē, Cīruļos, Laucienā, Saldū un Smiltenē. 20. gs. 60. gados padomju okupācijas režīms baznīcu slēgšanu veicināja administratīvā kārtā, piemērojot draudzēm nesamērīgi augstus nodokļus par dievnamu un elektrības lietošanu, tā veicinot draudžu komiteju labprātīgu atteikšanos no baznīcām. Taču šis paņēmiens atšķirībā no pārējām Latvijas konfesijām minimāli skāra Latvijas katoļus, jo ticīgie katru gadu pašaizliedzīgi savāca un samaksāja par baznīcu ēku lietošanu pieprasītos nodokļus un izremontēja dievnamus, lai nepieļautu to slēgšanu, aizbildinoties ar avārijas stāvokli. Pašvaldībām tomēr izdevās slēgt visas kapelas un Andzeļmuižas, Dukstagala Baltās, Istras, Lamiņu, Ludvikovas un Rīgas Sv. Antona draudžu baznīcas, kā arī Naujenes un Siguldas draudžu jaunbūvētos dievnamus.

Garīdznieku apcietināšanas kampaņa (1945.–1973. gadā arestēti 60 priesteri, no tiem apcietinājumā miruši 14) stiprināja ticīgajos solidaritāti ar baznīcu. Graujošu efektu uz reliģisko praksi ticīgajos atstāja presē popularizētā garīdznieku atteikšanās no amata (1958.–1970. gadā apostazējuši astoņi priesteri, no kuriem Boļeslavs Zvejsalnieks un Jāzeps Trukšāns aktīvi iesaistījās ateisma propagandā).

1958. gadā Latvijas Katoļu baznīcas vadību kā apustuliskais administrators pārņēma Pēteris Strods, 1960. gadā – Julijans Začests. 1962. gadā par ģenerālvikāru tika nozīmēts Julijans Vaivods, kuru 18.11.1964. Romā Svētā Pētera bazilikā iesvētīja par bīskapu un nozīmēja par Rīgas un Liepājas diecēžu apustulisko administratoru, 1983. gadā – par kardinālu. J. Vaivoda kalpošanas laikā (1962–1990) pakāpeniski tika ieviestas Otrā Vatikāna koncila (1962–1965) liturģiskās reformas (Lekcionārijs latviešu valodā, 1969), saņemtas jaunas Vatikānā iespiestas Misāles latīņu valodā (1972) un reformētais breviārs latīņu valodā (1975). Izdots Apbedīšanas rits latgaliešu rakstu valodā un latviešu literārajā valodā (1979), sakramentu administrēšanas rokasgrāmatas, Misāle latviešu valodā (1990). Pateicoties J. Vaivoda personības stājai, vizītēm Vatikānā, ārzemju viesu uzņemšanai, padomju vara Rīgas Garīgajam semināram apstiprināja vissavienības statusu ar tiesībām uzņemt kandidātus no Ukrainas, Baltkrievijas u. c. Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) republikām un paplašināt būvkorpusu (1980–1983 un 1985–1991).

20. gs. 80. un 90. gadu mijā valstiskās neatkarības atjaunošanas procesā Latvijas katoļu baznīca iesaistījās piesardzīgi. Ja Latvijas luterāņu jaunākās paaudzes mācītāji no kustības “Atdzimšana un atjaunošanās”, pārsvarā Roberta Emīla Feldmaņa audzēkņi, vai Lietuvas Katoļu baznīca nostājās neatkarības cīnītāju pirmajās rindās, tad Latvijas katoļu vidū nebija politiski aktīvu virzītājspēku (Jura Rubeņa un Modra Plātes vadītajā Tautas frontes dievkalpojumā Rīgas Domā piedalījās J. Vaivods un J. Pujats). Katoļu baznīca izmantoja šī laika iespējas, atjaunojot savus preses izdevumus – “Katōļu Dzeive” un Katoļu kalendārs, kā arī iesaistot trimdas latviešu mācību spēkus Garīgajā seminārā (Andris Marija Jerumanis, Antons Smelters).

1990. gadā Rīgas arhidiecēzes un Liepājas diecēzes apustuliskā administratora amatu ieņēma J. Vaivoda koadjutors Jānis Cakuls. 08.05.1991. par Rīgas arhibīskapu metropolītu pāvests Jānis Pāvils II (Ioannes Paulus II) nozīmēja prelātu J. Pujatu (kardināls in pectore no 1998. gada, publiski pasludināts 2001. gadā) un par Liepājas bīskapu – Jāni Buli. J. Pujata vadībā tika sagatavota pāvesta apustuliskā vizīte Latvijā 08.–09.09.1993. Pāvests Jānis Pāvils II 02.12.1995. atjaunoja Sēlijas un Zemgales diecēzes (1218–1251), turpmāk – Jelgavas bīskapija – un nodibināja Rēzeknes-Aglonas bīskapiju. Jelgavas bīskapu Antonu Justu un Liepājas bīskapu Ārvaldi Andreju Brumani pāvests 06.01.1996. personiski iesvētīja Svētā Pētera bazilikā Romā. 19.06.2010. Benedikts XVI (Benedictus XVI) pieņēma J. Pujata atlūgumu, viņa vietā ieceļot Zbigņevu Stankeviču. 24.09.2018. apustuliskā vizītē Latvijā ieradās pāvests Francisks (Franciscus).

J. Pujata un A. Justa kalpošanu raksturo mērķtiecīga draudžu un baznīcu tīkla reorganizācija, mēģinot atjaunot 20. gs. 30. gados iedibinātās un 50. gados slēgtās misijas Vidzemes un Zemgales katoļu diasporā. Jaunu baznīcu celtniecība lielā mērā bija iespējama Rietumu katoļu (Bonifatiuswerk) finansiālā atbalsta dēļ.

Draudžu skaits: 1989. gadā Rīgas arhidiecēzē bija 125 draudzes (Vidzemē – 27, Latgalē – 98), Liepājas diecēzē – 49 draudzes (Zemgalē – 36, Kurzemē – 13). 2017. gadā Rīgas diecēzē bija 76 draudzes, Jelgavas – 63, Liepājas – 33, Rēzeknes-Aglonas diecēzē – 117 draudzes. Tomēr draudzes tika arī slēgtas – Cīruļu baznīca (1996), Engures un Mērsraga draudze (2016), Šķēdes draudze (2017). Rīgas arhidiecēzē kā pirmā tika likvidēta Krapes draudze (2016). Draudžu piederīgo skaita statistika nav apkopota, jo Latvijas katoļu draudzēs nepastāv ikgadēja draudzes piederīgo uzskaite. Ap 1990. gadu pēc J. Cakula aprēķiniem Latvijā dzīvoja ap 500 000 katoļticībā kristītu personu. 2018. gadā viņu skaits varēja būt samazinājies par ceturto daļu – gan saistībā ar iedzīvotāju skaita samazināšanos valstī, gan ar intensīvāku konvertācijas kustību starp konfesijām salīdzinājumā ar okupācijas gadiem, gan arī ar 21. gs. otrajā desmitgadē novērojamo latviešu garīdznieku un semināristu skaita krišanos. Ja 2000. gadā Rīgas arhidiecēzē kristīti 2249 bērni, Jelgavas diecēzē – 1229, Liepājas – 397, Rēzeknes-Aglonas – 2019 bērni, tad 2016. gadā Rīgas arhidiecēzē kristīti 1782 bērni, Jelgavas – 974, Liepājas – 260 un Rēzeknes-Aglonas – 2200 bērni. Līdzīga dilstoša statistika raksturo arī Pirmās komūnijas un laulību skaitu: ja 2000. gadā Rīgas arhidiecēzē Pirmo Komūniju saņēma 1459 jaunieši, Jelgavas – 842, Liepājas – 297 un Rēzeknes-Aglonas – 2598, tad 2014. gadā Rīgas arhidiecēzē iesvētījās 961 jaunietis, Jelgavā – 276, Liepājā – 93 un Rēzeknē-Aglonā – 1191 un 2017. gadā attiecīgi Rīgā – 758, Jelgavā – 294, Liepājā – 60 un Rēzeknē-Aglonā – 954. Laulību skaits 2000. gadā Rīgas arhidiecēzē sasniedza 539, Jelgavas – 236, Liepājas – 86 un Rēzeknes-Aglonas – 519, savukārt 2014. gadā attiecīgi 425, 117, 60 un 398 (kopā visā metropolijā 985) un 2017. gadā – 305, 140, 52 un 381 (kopā 878).

Romas katoļu baznīcas darbu Latvijā koordinē četras bīskapu kūrijas – Rīgas arhidiecēzes, Jelgavas, Liepājas un Rēzeknes-Aglonas. Katrā kūrijā ir savs administratīvais aparāts, kas var ietvert kancleru, ģenerālvikāru, notāru un arhivāru. Bīskapu savstarpējā sadarbība tiek organizēta ar Bīskapu konferences palīdzību. Pēdējos divus sasaukumus Latvijas bīskapu konferences priekšsēdētāja amatā ir bijis ievēlēts Rēzeknes-Aglonas bīskaps Jānis Bulis, bet 2022. gadā Liepājas bīskaps Viktors Stulpins. Attiecības ar Romu un jaunu bīskapu izraudzīšanu koordinē pāvesta nuncijs, kas ir viens visām trim Baltijas valstīm un kas pēc atmodas rezidē Lietuvas galvaspilsētā (izņēmums nunciji Antonio Cekīni (Antonino Zecchini) un Antonino Arata (Antonino Arata), kas, pateicoties politiskajai spriedzei Lietuvas un Vatikāna attiecībās pēc Viļņas arhidiecēzes iekļaušanas Polijas baznīcas sastāvā 1925. gadā, bija spiesti Kauņas nunciatūrā atstāt savus lietvežus un pārcelt rezidenci uz Rīgu). J. Pujata kalpošanas laikā noritēja intensīvs kvalificētu līdzstrādnieku sagatavošanas darbs: uz Rīgas Metropolijas Garīgā semināra (dibināts 1920, 1938.–1940. gadā LU Romas katoļu teoloģijas fakultāte) bāzes tika izveidotas divas Romas Pontifikālās Laterāna universitātes (PLU) filiāles – Rīgas Teoloģijas institūts (RTI, dibināts 1999) un Rīgas Augstākais Reliģiju zinātņu institūts (RARZI, dibināts 1992 kā Ketehētikas institūts). Lai uzsvērtu Garīgā semināra pakļautību visu četru Latvijas diecēžu bīskapiem un nevis tikai Rīgas arhibīskapam, 2017. gadā nosaukums mainīts uz Latvijas Starpdiecēžu augstāko garīgo semināru.

Latvijas Katoļu baznīcas pārziņā ir arī divas vidējās izglītības mācību iestādes: Rīgas Katoļu ģimnāzija un Rēzeknes Katoļu vidusskola, kā arī viena pamatizglītības mācību iestāde: Liepājas Katoļu pamatskola. Pastāv divas pirmsskolas mācību iestādes: Rēzeknes Katoļu pirmsskolas izglītības iestāde un Rīgas Katoļu ģimnāzijas pirmsskola. Pie Aglonas bazilikas darbojas Kora skola. Semināra tipa nodarbības periodiski (līdz pandēmijas ierobežojumu sākumam) notika Kristīgās Kultūras institūtā (kopš 2000. gada, Karmela garīgā tradīcija) un Kristīgās dzīves institūtā (ignaciāniskā garīguma tradīcija).

Garīgo dzīvi atbilstoši tradicionālajām latīņu rita formām un gregoriāniskās dziedāšanas tradīcijas saglabāšanu nodrošina starptautiskās federācijas Una Voce Latvijas asociācija vai Svētā Pija X brālības priesteri (kopš 2007). Personālo prelatūru Opus Dei Latvijā pārstāv divi spāņu priesteri un laju asociācijas. Dominikāņu ordeņa garīguma interesenti apvienojušies Dominikāņu sekulārinsitūtā, par ko rūpējas Liepājas Svētā Dominika klostera brāļi, līdzīgi laju trešie ordeņi ir arī karmelītiem, franciskāņiem un Žēlsirdības misionārēm. Harismātisku lūgšanu formu entuziasti apvienojušies kustībā “Dzīvības straumes”, ekumēniskā laju apvienībā “Effata” vai kopienu Emmanuel un Chemin Neuf Latvijas pārstāvniecībās. Latvijas skautu kustības ietvaros darbojas Eiropas Gaidu un skautu federācijas patruļas, dažādu konfesiju draudžu misionāro metodoloģiju koordinē Alfa kursa birojs, bet baznīcās uzkrātā kultūras mantojuma iepazīšanu veicina fonda “Baznīcu nakts” komanda Jurģa Klotiņa vadībā.

20. gs. 90. gadu sākumā darbību Latvijā iedibināja trimdas latviešu katoliskās organizācijas. Vienlaikus trimdā strauji samazinās katoļu draudžu un organizāciju skaits – 31 priesteris 1989. gadā, četri – 2018. gadā, pieci – 2022. gadā. Ja 1989. gadā Amerikas Savienotajās Valstīs (ASV) darbojās 22 latviešu draudzes un lūgšanu kopas ar 10 latviešu garīdzniekiem, tad 2018. gadā bija palikušas piecas latviešu katoļu organizācijas, kuras apvieno Amerikas Latviešu katoļu apvienība (ALKA), un viens, turklāt pamatdarbā amerikāņu katoļu draudzē noslogots, priesteris Jānis Beitāns, bet 2022. gadā – divas katoļticīgo kopas ar jumta organizāciju ALKA un neviens priesteris. Kanādā 1989. gadā bija 14 draudzes un lūgšanu kopas, mūsdienās – trīs, Austrālijā 1989. gadā bija trīs draudzes, mūsdienās – viena biedrība Adelaidē. Savukārt likvidēto trimdas latviešu katoļu organizāciju vietā periodiski Latvijas bīskapi nozīmēja garīdzniekus, kuri bija atbildīgi par garīgo aprūpi Apvienotajā Karalistē, Norvēģijā vai Īrijā, bet 21. gs. otrās desmitgades laikā visās minētajā vietās organizēta garīgā aprūpe no Latvijas puses ir pārtraukta. Neregulāri atsevišķi Latvijas katoļu garīdznieki spontāni apmeklē savu bijušos draudžu piederīgos emigrācijā. Vienīgi Zviedrijā pēc Latviešu katoļu draudzes un Latviešu katoļu biedrības (1947–2017) likvidēšanās Stokholmas kardināls Anderss Arboreliuss (Lars Anders Arborelius) saglabāja regulārus latviešu dievkalpojumus.

Pastāv labdarības organizācija nodibinājums “Caritas Latvija”, kopiena “Betlēmes žēlsirdības māja”, Jeruzālemes Svētā Kapa bruņinieku ordeņa Latvijas nodaļa un Maltas bruņinieku ordeņa pārstāvniecība, biedrība “Svētās Ģimenes māja”, Kalna Svētību kopiena, fonds “Grašu Bērnu ciemats”.

Baznīcas loma kultūras dzīvē pārsvarā saistās ar Latvijai tradicionālajām dievbijības formām, kas ieguvušas kultūras mantojuma statusu (kapusvētki, psalmu dziedāšana, maija dziedājumi pie ceļmalas krustiem), no kuriem daļa asociējas ar lauku un jo īpaši Latgales un suitu kultūrvidi. Plašāka mākslinieku un mūziķu piedalīšanās baznīcas pasākumos pārsvarā saistāma ar labdarības pasākumiem, piemēram, Andreja Mediņa organizētie lielkoncerti “Uzcel savu baznīcu!” Bruknas muižā (kopš 2011), J. Klotiņa iniciētā akcija Latvijas simtgadei “Gaisma Latvijai” (2017–2018), visbiežāk pašu mūziķu ierosināti Adventa un Ziemassvētku koncerti baznīcās (ērģelnieki Marta Bicāne, Ilona Birģele, Jānis Karpovičs, Ieva Zepa).

Nozīmīgs Latvijas katoļu reliģiskais centrs ir Aglonas Vissvētākās Jaunavas Marijas debesīs uzņemšanas Romas katoļu bazilika (iesvētīta 1800, bazilikas tituls kopš 1980. gada; starptautiski nozīmīga ir svētceļošana uz 15. augusta svinībām bazilikā). Rīgas Svētā Jēkaba Romas katoļu katedrāle iesvētīta 1225. gadā (Vecrīgā, Jēkaba ielā 9). Vislielākā katoļu baznīca Latvijā (2500 cilvēku ietilpība) irRīgas Svētā Alberta Romas katoļu baznīca (Rīgā, Liepājas ielā 38; iesvētīta 1903).

Vietēja mēroga svētceļojumu mērķi ir Ikšķiles katedrāles drupas (1185) uz mākslīgās salas Daugavā, pie Dievmātes svētgleznām Skaistkalnes baznīcā (1692), Sarkaņu baznīcā (1860) un Bebrenes baznīcā (1797). 2017. gadā Jelgavas katedrālē (1906) atgriezās Otrā pasaules kara laikā no degošās pilsētas izvestā svētglezna “Uzvaras Dievmāte” (gleznotājs Johans Andreass Leitners, Johann Andreas Leitner, 1737), kuras lokālo godināšanu paredzēts atjaunot Jelgavas diecēzē.

Baznīcas 20. gs. dokumentālos materiālus visaptverošāk apkopojis J. Cakuls – grāmatas “Latvijas Romas katoļu priesteri” (1996), “Latvijas Romas katoļu draudzes” (1997) un “Latvijas Romas katoļu baznīcas vēstures materiāli, XX gadsimts” (2001). Nozīmīgs ieguldījums ir arī Henrika Trūpa publikācijas un 1996. gadā izdotā Heinriha Stroda grāmata “Latvijas Katoļu baznīcas vēsture, 1075–1996”, 21. gs. otrajā desmitgadē sevi pierādījuši jaunie spēki Latvijas baznīcas vēsturē (Solveiga Krūmiņa-Koņkova, Reinis Norkārkls, Inese Runce).

Atpazīstamākais Romas katoļu baznīcas medijs bija televīzijas raidījums “Vertikāle” (1996–2014). 2009. gadā Rēzeknes diecēze iegādājās uzņēmuma “Latgolys Radeja” daļas, līdz ar to šī reģionālā radiostacija kļuva par Romas katoļu baznīcas mediju. Starptautiskās Radio Maria Latvijas raidstacijas “Radio Marija Latvija” programmu 2015.–2022. gadā vadīja Pēteris Skudra, kopš 2022. gada vasaras – Jānis Meļņikovs SJ. Vecākā radioprogramma ir Vatikāna Radio latviešu raidījumu redakcija (kopš 1948). Darbojas vairāki tīmekļa vietnes: latīņu rita ekstraordinārās formas domubiedru grupas “Unavoce.lv” un “Pro Hereditate Catholica”, Rīgas arhidiecēzes portāls “Katolis.lv”, Kurzemes katoļu tīmekļa vietne “Katedrale.lv” un Svēto Rakstu lasījumu portāls “Mieramtuvu.lv”. 

Iznāk Katoļu kalendārs (izdevējs nodibinājums “Katoļu Baznīcas Vēstnesis”, kopš 1990), Rēzeknes-Aglonas diecēzes laikraksts “Gaismas Taka” (kopš 2008), laikraksts “Nāc” (kopš 2001), žurnāls “Katoļu Baznīcas Vēstnesis” (kopš 1994; pasūtītājiem pieejams arī elektroniskā formātā), RTI un RARZI žurnāls “Terra Mariana” (kopš 2010), evaņģelizācijas žurnāls “Mīliet viens otru”, izdevniecība “Dzīvības straumes”, ikmēneša izdevums “Mieram Tuvu” (kopš 1999), Latgales Kultūras centra izdevniecības un izdevniecības “Vox Ecclesiae” publikācijas u. c. Iznāca žurnāls “Katōļu Dzeive” (1926–1940; 1989–2014).