Rīgas jezuītu kolēģija ir dibināta 1583. gadā. Rīgas pilsētu un Pārdaugavas hercogisti 1582. gadā iekļaujot Lietuvas–Polijas valsts sastāvā, Polijas karaļa un Lietuvas lielkņaza (dižkungaiša) Stefana Batorija (ungāru István Báthory, poļu Stefan Batory) mērķis bija veicināt katoļticības pozīciju atjaunošanu un stiprināšanu, kurā pēc 1522. gada luteriskā Reformācija pakāpeniski bija guvusi pārliecinošu uzvaru vietējās elites un pilsētnieku vidū. Būtisks līdzeklis virzībā uz šo mērķi bija dibināt mācību iestādes, kas izglīto jaunekļus saskaņā ar katoļu ticības nostādnēm. Jezuīti bija tie, kas ieradās Rīgā kopā ar S. Batoriju un jau 1582. gadā izveidoja pilsētā pagaidu rezidenci.

Rīgas jezuītu kolēģijas nosaukums latīņu valodā ir Collegium Rigense Societatis Jesu (latviešu – Jēzus sadraudzības Rīgas kolēģija), kas tika izmantots Jēzus sadraudzības rakstītajā komunikācijā. Vārds “kolēģija” cēlies no latīņu valodas vārda collegium, apzīmējot personu, kuras kopā veic vienus un tos pašus amata pienākumus, grupu. Šis vārds varēja tikt attiecināts gan uz darbojošos personu apvienību, kas neīsteno izglītojošo darbību, gan arī akadēmisku iestādi.

Rīgas jezuītu kolēģijas darbības galvenais mērķis bija katoļticības atjaunošana un stiprināšana Livonijā. Jaunatnes izglītošana bija viens no uzdevumiem ceļā uz šo mērķi, kolēģijai darbojoties kā publiskai skolai. Viens no tās uzdevumiem bija arī nodrošināt Rīgas un tās apkaimes katoļu garīgo aprūpi, kā arī misijas darbs (kolēģijas misionāri ceļojumos sasniedza arī Maskavijas pierobežu un Kurzemes hercogisti) un konvertītu piesaiste no citu konfesiju un ticībām piederīgo vidus. Laikā no 1585. gada līdz 1617. gadam Rīgas jezuītu kolēģijas atskaitēs fiksētas 1149 protestantu (lielākoties luterāņu) un 75 pareizticīgo konversijas, kurām būtu jāpieskaita vismaz viena ebreja un četru musulmaņu kristības.

Kolēģijas dibināšanas priekšdarbi sākās 1582. gada pavasarī, S. Batorijam personīgi ierodoties Rīgā. Pārrunu ceļā pilsētas rātei izdevās ar S. Batoriju vienoties par to, ka katoļiem kopā ar visiem īpašumiem un privilēģijām tiks nodota Sv. Jēkaba baznīca un tai blakus esošais Sv. Marijas Magdalēnas cisterciešu sieviešu klosteris, ko karaļa pavadonis jezuīts Pjotrs Skarga (poļu Piotr Skarga) bija noskatījis kā kolēģijas ierīkošanai piemērotu vietu. Reizē ar to S. Batorijs pasludināja katolicisma atjaunošanu pilsētā un garantēja abām konfesijām – katoļu un luterāņu – praktizēšanas brīvību. Pati kolēģija, neraugoties uz rātes iebildumiem un bažām, ka tā varētu radīt nemierus pilsētnieku vidū, uzsāka darbību 03.1583., pārņemot visus Rīgas katoļiem gadu iepriekš piešķirtos īpašumus.

Iestāde savu darbību varēja attīstīt, pateicoties saimnieciskajam nodrošinājumam. To veidoja gan tās atbalstītāju un labvēļu ziedojumi, gan ieņēmumi no kolēģijai piešķirtajiem nekustamajiem īpašumiem, kas padarīja kolēģiju par vienu no lielākajiem zemes īpašniekiem Livonijā. Galvenie īpašumi bija: Pagrabmeistara tīrums (Ager Cellarii) – dienvidaustrumos no Rīgas mūriem; Velna sala (Insula Diaboli) – pašreizējā Mūkusala; Mazjumprava (Blumendal) – īpašums Daugavas malā Ķengaragā; Lieljumprava (Pargen, Parien) – atradās Daugavas kreisajā krastā (pie Jaunjelgavas) un labajā krastā (pie Lielvārdes) un bija vislielākais no jezuītu īpašumiem; Jumprava (Ablein) – 60 km no Rīgas Limbažu pagastā; Eizene (Eisen) – neliela muižiņa Jumpravas īpašumā; Igate (Igitis) – īpašums netālu no Limbažiem; Šķirstiņi (Schirstedt) – muiža Limbažu pagastā; muiža Pāles pagastā (Palmoisz); Koškeles muiža (praedium Koskull) – netālu no Liepupes; īpašums Aijažos (bona Aisel) Limbažu apkārtnē; muižiņa Scuttani, ko mūsdienās lokalizēt nav izdevies, bet tiek pieņemts, ka tā atradās Limbažu apkārtnē.

Līdz mūsdienām ir saglabājies apjomīgs manuskripts “Divas Rīgas kolēģijas rēķinu grāmatas” (Libri Duo Rationum Collegii Rigensis), kurā detalizēti fiksēti kolēģijas ieņēmumi un izdevumi no 1592. līdz 1621. gadam. Tādējādi iespējams pietiekami precīzi analizēt kolēģijas finanšu plūsmu, kā arī pozīcijas, kas veido gan ieņēmumus no šiem īpašumiem, gan arī kolēģijas izdevumus (galvenās sadaļas – pārtika, apģērbs, amatniecības pakalpojumi, muižu un baznīcas uzturēšanas izmaksas, slimnieku ārstēšana, bibliotēka, dažādi).

Rīgas jezuītu kolēģija pastāvēja līdz 1621. gadam, kad Rīgu ieņēma zviedru karaspēks dedzīgā Reformācijas piekritēja Gustava II Ādolfa (Gustav II Adolf) vadībā. Jezuīti kā viņa reliģiskie pretinieki tika padzīti no pilsētas, bet jezuītu kustamā manta konfiscēta un pārvesta uz Stokholmu.

Administratīvajā ziņā Rīgas jezuītu kolēģija no dibināšanas brīža ietilpa Jēzus sadraudzības Polijas provincē, bet no 1608. gada – jaunizveidotajā Lietuvas provincē.

Jau 1582. gadā jezuīta Johanna Vinceriusa (Johann Vincerius) vadībā Rīgā darbojās neliela skola, ko apmeklēja astoņi jaunekļi, bet publisko skolu šī vārda pilnā nozīmē jezuīti atvēra 1584. gadā, un, neskaitot pārtraukumu no 1587. gada līdz 1591. gadam, tā darbojās līdz pat kolēģijas likvidēšanai. Atbilstoši sava laika sadraudzības pedagoģiskajai programmai skola bez maksas piedāvāja seno valodu un klasisko latīņu un grieķu autoru darbu apguvē balstītu humanitāro izglītību. Skolas kursa apjoms mainījās atkarībā no ārējiem apstākļiem (kara laikā tas samazinājās), taču vienmēr palika t. s. zemāko studiju pirmo četru klašu robežās, nesasniedzot pilnas piecu klašu ģimnāzijas līmeni.

Bibliotēka bija neatņemama ikvienas Jēzus sadraudzības institūcijas daļa, sākot ar misiju un beidzot ar akadēmiju. Tā nodrošināja jezuītus ar grāmatām, kas viņiem bija nepieciešamas studijām un darbam viņu kalpošanas aptvertajās jomās. Rīgas jezuītu kolēģijas bibliotēka tika ierīkota reizē ar kolēģiju vai drīz pēc tam. 1621. gadā gandrīz 1000 grāmatu un rokrakstu no šīs bibliotēkas tika pārvests uz Zviedriju, Gustavam II Ādolfam likvidējot kolēģiju. Konfiscētā literatūra tika pievienota Upsālas Universitātes (zviedru Uppsala universitet) bibliotēkas krājumam.

Zināmu laiku Rīgas kolēģijā mājvietu rada divas institūcijas, kas, atšķirībā no skolām, nebija publiskas, bet kalpoja Jēzus sadraudzības iekšējām vajadzībām, nodrošinot dažādus jezuītu formācijas posmus. 1591. gadā šeit nodibināja noviciātu (domus probationis), kurā kandidāti uz iestāšanos sadraudzībā divu gadu garumā apguva tās garīguma pamatus, iepazinās ar dzīvi kopienā un pārbaudīja savu aicinājumu. Noviciātam bija atvēlēta bijušā Sv. Marijas Magdalēnas cisterciešu māsu klostera baznīca. Noviču skaits, kas vienlaikus uzturējās Rīgā, svārstījās starp 16 un 30. Tajā ir ir uzturējušies, piemēram, viens no pirmajiem latviešu izcelsmes jezuītiem Jēkabs Skaldiniuss (Jacobus Scaldinius), kā arī vēlākais lietuviešu leksikogrāfs Konstantins Sirvīds (Konstantinas Sirvydas). 1600. gadā, sākoties Poļu–zviedru karam (1600–1629), noviciātu pārcēla uz Polocku, un vēlākos gados Rīgā tas vairs netika atjaunots.

No 1614. gada līdz 1617. gadam Rīgas kolēģijā darbojās retorikas klase, kurā jaunos jezuītus sagatavoja skolotāju darbam. Retorikas kurss ilga divus gadus, un vienlaikus Rīgas kolēģijā to apmeklēja trīs līdz pieci klausītāji. Šī klase bija zīmīga ar to, ka, “lai palīdzētu Livonijas dvēselēm”, tajā iedibināja regulāras latviešu valodas nodarbības, kurām katru dienu bija atvēlēta pusstunda.

Trūcīgākajiem skolas audzēkņiem bija iekārtota atsevišķa kopmītne (studiosorum pauperum habitacula).

Pirmajos kolēģijas pastāvēšanas gados tās darbību būtiski kavēja t. s. Kalendāra nemieri (1584–1589) – Rīgas rātes un pilsētnieku konflikts, kura iegansts bija rātes piekāpšanās Lietuvas–Polijas monarha prasībai ieviest pilsētā pāvesta Gregora XIII jauno kalendāru. Nesaskaņām pieņemoties spēkā, jezuīti vairākas reizes bija spiesti uz īsu brīdi Rīgu atstāt, bet 09.1587. viņus no pilsētas izraidīja uz ilgāku laiku. Nākamos trīs gadus par viņu mājvietu kļuva Rīgas pils, kas atradās ārpus pilsētas mūriem, vien dažu simtu metru attālumā no kolēģijas ēkām. Tikai 04.1591. jezuīti varēja atgriezties Rīgā un atjaunot kolēģijas darbību pilnā apjomā. Neskatoties uz sākotnējo kolēģijas un pilsētas luteriskā vairākuma antagonismu, kas laika gaitā bija mazinājies, bet nekad neizzuda pilnībā, kolēģija nepastāvēja izolācijā no pārējās pilsētas. Rīdzinieki nomāja kolēģijas īpašumus, pilsētas patricieši tai sūtīja dažādas dāvanas, un, kā raksta paši jezuīti, luterāņi gan no laukiem, gan pilsētas mēdza apmeklēt Sv. Jēkaba baznīcu, lai paklausītos sprediķus, pavērotu ceremonijas vai izbaudītu muzikālos priekšnesumus.

Lai gan tieši ar skolas attīstību P. Skarga sākotnēji saistīja vislielākās cerības par katoļu misijas izdošanos Rīgā, nav iespējams pateikt, vai tā bija īpaši veicinājusi citticībnieku pāriešanu katolicismā. Skolēnu skaits bija salīdzinoši neliels – 1597. gadā tas nepārsniedza 60, bet 1618. gadā bija tikai 27. Skolas zemo apmeklētību jezuīti vēl 16. gs. nogalē skaidroja ar pilsētas rātes aizliegumu pilsētniekiem sūtīt tajā savus bērnus, taču tas varēja arī nebūt vienīgais iemesls. Rīgā šajā laikā jau darbojās luteriskās pilsētas rātes pārraudzīta un līdz ar to rīdzinieku vairākumam konfesionāli pieņemamākā Domskola (kopš 1594. gada tā bija piecu klašu ģimnāzija), ar kuru bija jākonkurē jezuītu mācību iestādei. Lai veicinātu skolas katoļticīgo audzēkņu garīgo izaugsmi kolēģijā, līdzīgi kā tas notika citās jezuītu mācību iestādēs, tika nodibināta reliģiskā brālība, saukta par kongregāciju jeb sodalīciju, Sv. Dievmātes Pasludināšanas godam, kas uz kopīgām lūgšanām un dievkalpojumiem pulcējās Sv. Dievmātes kapelā pie Sv. Jēkaba baznīcas.

Kolēģijas personālu veidoja trīs jezuītu grupas: tēvi jeb priesteri, laicīgie palīgi, proti, par priesteriem neiesvētīti jezuīti, kas kolēģijā pildīja saimnieciska rakstura pienākumus, un maģistri, kas vēl tikai gatavojās priesterības sakramenta saņemšanai, bet pagaidām darbojās kā skolotāji kolēģijas skolā. 1597. gadā, kad kolēģija piedzīvoja lielāko uzplaukumu, tajā kalpoja 12 tēvi, astoņi laicīgie palīgi un divi maģistri, kuru vidū dominēja vācvalodīgo zemju, galvenokārt Prūsijas, Polijas un Lietuvas, pārstāvji.

Vēstures avotos ir saglabājušās ziņas par kolēģijas vadītājiem visā tās darbības gaitā:

1583.–1586. gads – Leonards Rubenuss (Leonardus Rubenus);

1587.–1590. gads – Teodoriks no Haukenšes (Theodoricus ab Haukensthe, arī Haukesche, Hauckesche, Hawkesche, Hawgesched);

1591. gads – Andreass Buseuss (Andreas Busaeus);

1592.–1598. gads – Georgs van der Ave (Georgius van der Awe);

1597. gads – Staņislavs Kživokolskis (Stanislaus Krzywokolski);

1598.–1600. gads – Mihaels Oto Bekans (Michaël Otto Becanus);

1603.–1606. gads – Andreass Busaiuss (Andreas Busaeus);

1607.–1610. gads – Nikolauss Štadfeldiuss (Nicolaus Stadfeldius);

1610.–1614. gads – Petrs Mellerss (Petrus Möllerus);

1614.–1617. gads – Andreass Leomanuss (Andreas Leomanus);

1617.–1621. gads – Filips Frizijs (Philippus Frisius).

No 1615. līdz 1619. gadam kā misionārs un sprediķotājs Rīgas jezuītu kolēģijā darbojies latviešu izcelsmes katoļu priesteris Georgs Elgers (Georg Elger), kurš vēlāk kļuva pazīstams kā lekcionārija tekstu, katehisma un garīgo dziesmu tulkotājs latviešu valodā, dziesmu krājuma un trīsvalodīgās latīņu-poļu-latviešu vārdnīcas sastādītājs.

No 1593. līdz 1617. gadam kolēģijā darbojies arī priesteris Erdmans Tolgsdorfs (vācu Erdmann Tolgsdorf, latīņu Erthmanus Tolgsdorf), kas pildīja arī latviešu sprediķotāja un biktstēva pienākumus. Viņš tiek minēts kā iespējamais Sv. Pētera Kanīzija katoļu katehisma tulkotājs latviešu valodā (izdota Viļņā 1585. gadā, senākā līdz mūsdienām saglabājusies grāmata latviešu valodā).

Zināms, ka 1615. gadā Laurenciuss Norveguss (Laurentius Norvegus), pazīstamākais skandināvu jezuīts, Rīgas jezuītu kolēģijā pārraudzīja morālteoloģijas jeb kazuistikas nodarbības. Viņš bija arī viens no pēdējiem tās pārstāvjiem, kurš palika zviedru aplenktajā Rīgā. 

Latvijas Nacionālā bibliotēka ir veikusi Rīgas jezuītu kolēģijas bibliotēkas grāmatu un rokrakstu kolekcijas rekonstrukciju, apkopojot mūsdienās atrastos, kultūrvēsturiski nozīmīgos senās Rīgas jezuītu kolēģijas bibliotēkas eksemplārus zinātniski bibliogrāfiskā katalogā “Rīgas jezuītu kolēģijas grāmatu krājuma (1583–1621) katalogs. Krājuma vēsture un rekonstrukcija” (2021). Rīgas jezuītu kolēģijas jaunlatīņu dokumentārais mantojums pētīts arī Latvijas Universitātes īstenotajā projektā “RIGA LITERATA: Rīgas humānistu neolatīniskais mantojums Eiropas “Respublica Literaria” ietvarā”.