Pirmā vieta bija Rīga un rezidence Cēsīs (1582–1625) ar misijām Vidzemē, starp tām Jumpravā, Jumpravmuižā, Asigalē–Raganā, Ainažos, Šķirstiņos. Polijas–Lietuvas karalis S. Batorijs turp nosūtīja trīs jezuītus: Viļņas kolēģijas rektoru Pjotru Skargu (Piotr Skarga), Martinu Laternu (Martin Laterne) un Johanu Vinseriju (Johann Vinceria). Tika dibināta kolēģija, un 1583. gadā jezuītu provinciālis Paolo Kampana (Giovanni Paolo Campana), atvedot līdzi deviņus citus jezuītus, vērsās Rīgas rātē ar lūgumu atļaut dibināt universitāti. Šo iniciatīvu noraidīja. Bet 16.–17. gs. jezuīti dibināja skolas visā Livonijas teritorijā: Rīgā, Cēsīs, Jelgavā, Daugavpilī, Tērbatā, Skaistkalnē, Ilūkstē, Dagdā. Šajā laikā jezuītu klātbūtne Rīgā bija atkarīga no vietējās varas. Piemēram, Kalendāra nemieru laikā (1584–1589) jezuītiem tika liegta iespēja kalpot Rīgā, bet laukos jezuīti guva panākumus. 1585. gadā jezuīti atgriezās Rīgā, bet jau 1587. gadā īsi pēc karaļa S. Batorija nāves viņus atkal izraidīja no pilsētas. Par Polijas–Lietuvas karali 1588. gadā kļuva Sigismunds III (Zygmunt III Waza), un Kalendāra nemieri tika apspiesti. Karalis lika atjaunot katoļu kultu un jezuītu darbību Rīgā. Tā atsākās 1591. gadā, un 1594. gadā pie Rīgas kolēģijas nodibināja noviciātu, bija zināmi Livonijā dzimušie jezuīti. 1621. gadā Rīgu iekaroja Zviedrijas karalis Gustavs II Ādolfs (Gustav II Adolf). Daļa jezuītu, paredzot, ka darbību vajadzēs pārtraukt, pārcēlās uz Viļņu. Rīgā palikušajiem sākotnēji bija dota brīvība ar nosacījumu gada laikā aiziet no pilsētas. Taču drīz vien jezuītiem tika uzlikts mājas arests, atņemtas baznīcas un kolēģijas, līdz beidzot ar karavīru eskortu viņi tika izvesti no Rīgas. Arī iedzīvotājiem, kuri negribēja konvertēties luterticībā, piedraudēja ar izraidīšanu no Rīgas. Jezuīti pārcēlās uz Jelgavu un Ilūksti. 1625. gadā zviedri iekaroja Cēsis, tāpēc jezuīti Vidzemē beidza savu darbību, taču no 1717. līdz 1755. gadam viņi atgriezās Vidzemē. Tikai 1804. gadā jezuīti atsāka darbību Rīgā, bet jau 1820. gadā Krievijas cars izraidīja visus jezuītus no Krievijas Impērijas teritorijas, arī Rīgas.