Jēzus sadraudzība dibināta 1540. gada 27. septembrī Romā. Tās dibinātājs bija Ignācijs Lojola (latīņu Ignatius de Loyola, basku Ignazio Loiolakoa) un domubiedri. Ordenis izplatījās ļoti strauji, un salīdzinoši drīz, 1583. gadā, Rīgā ieradās pirmie desmit jezuīti, atbildot Polijas–Lietuvas karaļa Stefana Batorija (Stefan Batory) lūgumam laikā, kad Livonija bija sabrukusi un tās teritorija nonākusi Polijas–Lietuvas pārvaldē. Pie Svētā Jēkaba baznīcas tika nodibināta kolēģija un izveidota skola.

Lai arī ordenis ir dibināts, lai “palīdzētu dvēselēm”, tas bieži tiek saistīts ar kontrreformācijas kustību. Taču termins “kontrreformācija” ir sarežģītāks, nekā vispārinātajā vēsturiskajā terminoloģijā to lieto, un izriet no plašākas vēsturiskās diskusijas par Baznīcas reformāciju, protestantismu, katoļu centieniem cīnīties pret protestantiem un iekšējo atjaunošanos. Jezuītu darbība ir atkarīga no konkrētās vietas vajadzībām, piemēram, izglītības un vispārējās izglītības nepieciešamības. Pārsvarā tā ir vērsta uz izglītību, valodas, zinātnes, mūzikas, teātra un pastorālām darbībām. Tās nevar reducēt tikai līdz aktivitātēm, kas vērstas pret protestantismu, pat ja atsevišķi pasākumi tādi bijuši. Jezuītu ordeņa darbība nešķērso protestantiskās Baznīcas darbības robežas. Turklāt mākslā ietvertie antiprotestantiskie motīvi mākslas vēsturnieka Gevina Aleksandra Beilija (Gauvin Alexander Bailey) skatījumā drīzāk ir vērsti uz katoļu Baznīcas vispārkristīgām vērtībām un saistās ar vēlmi redzēt Baznīcu, kas ir spēcīga, plaukstoša un atjaunota. Līdzīgi arī jezuītu darbība Livonijā jeb Latvijas teritorijā nevar tikt sašaurināta līdz kontrreformācijas dialektikai. Lai gan Latvijas teritorijā jezuīti tika aicināti, apzinoties luterisma izplatību šajās zemēs, tomēr kontekstu raksturo arī Ziemeļu karš, bads un mēris. Tāpēc trūka priesteru un valdīja visaptverošs garīgās izglītošanas trūkums. Turklāt sākotnēji luterisms bija drīzāk formāla reliģija, muižnieku politiskā izdevīguma rezultāts, nevis garīgo rūpju panākums. Lauku teritorijas, kas arī skaitījās luteriskas, tomēr saglabāja gan katoliskās, gan nekristīgās tradīcijas, tāpēc jezuītu darbība laukos bija daudz veiksmīgāka nekā pilsētās, kur luterisms jau bija nostiprinājies. Jezuītu darbības specifika, spēja pielāgoties vajadzībām, virzība uz izglītību un vienkāršiem cilvēkiem izrādījās efektīvāka šeit nekā citviet pasaulē, kur arī darbojās jezuīti.

Latvijas teritorijā ienākušie jezuīti ātri sāka apgūt latviešu valodu, apzinoties tās lomu ticības dzīvē, un tulkoja grāmatas, sprediķoja, mācīja katehismu, pieņēma grēksūdzes latviešu valodā. Bieži jezuīti veidoja vietējo valodu rakstību, tās pierakstot, tulkojot tekstus šajās valodās un veidojot vārdnīcas. Arī latviešu rakstīto valodu veidojuši jezuīti, un “Katoliskais katehisms” jeb tā autora vārdā dēvētais Pētera Kanīzija (Peter Canisius) katehisms ir pirmā pilnībā līdz mūsdienām saglabājusies grāmata latviešu valodā. Šajā plašajā kontekstā mākslas zinātniece Kristīne Ogle jezuītu darbību raksturo kā rekatolizāciju, nevis kontrreformāciju.

Jezuītu klātbūtni Latvijas teritorijā var iedalīt vairākos posmos un lokācijās.

Pirmā vieta bija Rīga un rezidence Cēsīs (1582–1625) ar misijām Vidzemē, starp tām Jumpravā, Jumpravmuižā, Asigalē–Raganā, Ainažos, Šķirstiņos. Polijas–Lietuvas karalis S. Batorijs turp nosūtīja trīs jezuītus: Viļņas kolēģijas rektoru Pjotru Skargu (Piotr Skarga), Martinu Laternu (Martin Laterne) un Johanu Vinseriju (Johann Vinceria). Tika dibināta kolēģija, un 1583. gadā jezuītu provinciālis Paolo Kampana (Giovanni Paolo Campana), atvedot līdzi deviņus citus jezuītus, vērsās Rīgas rātē ar lūgumu atļaut dibināt universitāti. Šo iniciatīvu noraidīja. Bet 16.–17. gs. jezuīti dibināja skolas visā Livonijas teritorijā: Rīgā, Cēsīs, Jelgavā, Daugavpilī, Tērbatā, Skaistkalnē, Ilūkstē, Dagdā. Šajā laikā jezuītu klātbūtne Rīgā bija atkarīga no vietējās varas. Piemēram, Kalendāra nemieru laikā (1584–1589) jezuītiem tika liegta iespēja kalpot Rīgā, bet laukos jezuīti guva panākumus. 1585. gadā jezuīti atgriezās Rīgā, bet jau 1587. gadā, īsi pēc karaļa S. Batorija nāves, viņus atkal izraidīja no pilsētas. Par Polijas–Lietuvas karali 1588. gadā kļuva Sigismunds III (Zygmunt III Waza), un Kalendāra nemieri tika apspiesti. Karalis lika atjaunot katoļu kultu un jezuītu darbību Rīgā. Tā atsākās 1591. gadā, un 1594. gadā pie Rīgas kolēģijas nodibināja noviciātu, bija zināmi Livonijā dzimušie jezuīti. 1621. gadā Rīgu iekaroja Zviedrijas karalis Gustavs II Ādolfs (Gustav II Adolf). Daļa jezuītu, paredzot, ka darbību vajadzēs pārtraukt, pārcēlās uz Viļņu. Rīgā palikušajiem sākotnēji bija dota brīvība ar nosacījumu gada laikā aiziet no pilsētas. Taču drīz vien jezuītiem tika uzlikts mājas arests, atņemtas baznīcas un kolēģijas, līdz beidzot ar karavīru eskortu viņi tika izvesti no Rīgas. Arī iedzīvotājiem, kuri negribēja konvertēties luterticībā, piedraudēja ar izraidīšanu no Rīgas. Jezuīti pārcēlās uz Jelgavu un Ilūksti. 1625. gadā zviedri iekaroja Cēsis, tāpēc jezuīti Vidzemē beidza savu darbību, taču no 1717. līdz 1755. gadam viņi atgriezās Vidzemē. Tikai 1804. gadā jezuīti atsāka darbību Rīgā, bet jau 1820. gadā Krievijas cars izraidīja visus jezuītus no Krievijas Impērijas teritorijas, arī Rīgas.

Nākamais posms jezuītu darbībā ir Poļu Livonijas–Latgales misija ar rezidenci Daugavpilī (1630–1820) un vairākiem misiju punktiem. Lai arī jezuīti jau bija viesojušies Poļu Livonijā nedaudz agrāk, tomēr pastāvīga klātbūtne mūsdienu Latgalē sākās pēc tam, kad zviedri 1625. gadā iekaroja Cēsis un jezuīti pārcēlās uz Latgali. Pēc zviedru padzīšanas no Rīgas jezuīti apmetās Daugavpilī, un 1630. gadā tā kļuva par pastāvīgu jezuītu darbības vietu. Lielāko daļu Poļu Livonijas baznīcu uzcēla jezuīti, un tikai tad, kad Latgalē ieradās citi garīgie ordeņi, īpaši dominikāņi un laicīgā garīdzniecība, draudžu apkalpošana pārgāja viņu pārziņā. Jezuītu darbības rezultātā 17. gs. lielākā daļa muižniecības pievērsās katoļticībai, izņemot Korfus (von Korff) Krustpilī. Kā visā pārējā Latvijas teritorijā, arī Latgalē karš bieži bija par šķērsli jezuītu darbībai. Zviedru–krievu karš 17. gs. vidū pieprasīja nodevas, kas neļāva nodrošināt pilnvērtīgu jezuītu darbību. 18. gs. plūdi izpostīja Daugavpili un izraisīja badu, kas arī negatīvi ietekmēja ordeņa darbību. Liela loma bija muižnieku atbalstītajām jezuītu misijām, kas bieži ieguva muižnieku vārdus, piemēram, 1718. gadā Jana Dominika fon der Borha (Johann Dominik von der Borch) dibinātā Missio Livonica Vārkavā. Varakļānos un Preiļos darbību veidoja Fabiāna fon der Borha (Fabian von der Borch) dibinātā Missio Borchiana. Savukārt Viļakā – 1727. gadā Georga Konstantīna fon Hilzena (Georg Konstantin von Hülsen) vārdā nosaukā misija Missio Hylzeniana. Līdzīgi arī tika dibināta Missio Plateriana 1676. gadā Krāslavā. Šajās un citās jezuītu misijās parasti nebija daudz jezuītu – sākumā viens, bet vēlāk, iespējams, divi vai trīs. Jāatzīst, ka kopumā Latvijas teritorijā jezuītu misijas un rezidences nav bijušas ļoti lielas, piemēram, Daugavpilī 1753. gadā lielākais to skaits bija 22 jezuīti. Pēc Polijas dalīšanas 1772. gadā Latgale tika pievienota Krievijas Impērijai un jezuīti varēja turpināt savu darbību arī pēc ordeņa slēgšanas 1773. gadā, jo imperatore Katrīna II (Екатерина II Великая) Krievijas teritorijā aizliedza izziņot pāvesta lēmumu par Jēzus sadraudzības slēgšanu. Tā rezultātā daudzi Eiropā dzīvojošie jezuīti devās uz Daugavpili, lai varētu turpināt kalpojumu. Tas arī ļāva jezuītiem izturēt visgrūtākos laikus ordeņa pastāvēšanas vēsturē un saglabāt ordeņa nepārtrauktību. Šajā laikā Daugavpilī tika atklāts noviciāts, kas formēja noteiktu jezuītu paaudzi un kas bija saistīts ar holandieti Janu Rothānu (Jan Roothaan), kas kļuva par Jēzus sadraudzības augstāko ģenerāli. Jezuīti mūsdienu Latgalē darbojās līdz pat 1820. gadam, kad Krievijas Impērijā viņu darbību tomēr aizliedza.

Kurzemes periods (1660–1773), kas aptver tagadējo Sēliju un Kurzemi, sākotnēji aizsākās Skaistkalnē (1660), tad Jelgavā, bet vēlāk Ilūkstē (1690). Pēc Livonijas ordeņa likvidācijas Kurzemes un Zemgales hercogiste pēdējā ordeņa mestra un jauntapušā hercoga Gotharda Ketlera (vācu Godthartt Kettler, latīņu Gothardus Kettler) vadībā kļuva protestantiska ar Jelgavu kā Kurzemes luterisma centru. Pārmaiņas reliģijas jautājumos parādījās 1617. gadā līdz ar “Valdības formulas” jeb hercogistes satversmes pieņemšanu, kas sniedza brīvību katoļu dievkalpojumiem. Taču darbība pilsētās bija apgrūtināta, jo muižnieki un pilsētnieki bija nelabvēlīgi noskaņoti un dominēja protestantiskais noskaņojums. Tikmēr lauku teritorijās atgriezās katoļticība; tās kļuva par katolicisma centriem. Kurzemes hercogs Jēkabs (Jakob Kettler) investitūras dienā Viļņas pilī (1639) solīja dot ticības brīvību savā zemē un uzcelt katoļu baznīcas Jelgavā un Kuldīgā. Lai arī Polijas Kurzemes rekatolizācijas centieni bija politisks lēmums, tomēr lielu lomu spēlēja vietējo muižnieku attieksme pret katoļticību. Piemēram, hercoga meitas Annas izprecināšana Lietuvas lielmaršalam Albrehtam Radzivilam (Albrecht Radziwiłł) 1586. gadā lika Annai kļūt par dedzīgu katolieti. Kurzemes galvaspilsētā Jelgavā jezuīti nodibināja skolu, kas izglītoja gan katoļus, gan citticībniekus. Jezuīti izveidoja labas attiecības ar augsto aprindu pārstāvjiem, un nereti radās situācijas, kad vairāki muižnieki, kā Šverīni (Schwerin) Alsungā, Līveni (Lieven) Līvbērzē vai Karmeli (Karmel) Skaistkalnē, pievērsās katoļticībai un izveidoja nošķirtus reģionus jeb anklāvus ar noteiktu garīgo klimatu, oficiālo baznīcu, tradīcijām un tautas mākslu. Tieši ar muižnieku atbalstu un iniciatīvu, piemēram, Zībergu (Sieberg) Ilūkstē, Kurzemes un Zemgales hercogistē noritēja rekatolizācija, kurai tika pieaicināti jezuīti. Katolicisma izplatīšanai un nostiprināšanai jezuīti Ilūkstē izveidoja divas biedrības: Studējošo jaunatnes kongregāciju jeb laju apvienību un Pilsoņu kongregāciju. Mēris un vēlāk arī Ziemeļu karš ietekmēja visu hercogistes sastāvu, tai skaitā jezuītu skaitu. Tomēr ordeņa darbība netika pārtraukta. 1759. gadā Kurzemes muižnieki pieprasīja topošajām grāfam Kārlim no Saksijas (Karl Christian Joseph Ignaz Eugen Franz Xaver von Sachsen) izraidīt jezuītus. 1773. gadā Kurzemes un Zemgales hercogistē bija 31 jezuīts, un šajā laikā visos reģiona centros tika nolasīta pāvesta Klementa XIV (Clemens XIV) breve, ar ko jezuītu darbība tika izbeigta un ordenis – slēgts.

Jezuīti, kas darbojās Latvijas teritorijā, pārsvarā bija cittautieši. 19. gs. pēc jezuītu izraidīšanas no Krievijas ordenī iestājās arī latvieši, taču viņi neatgriezās Latvijā. Pēc Latvijas valstiskās neatkarības iegūšanas jezuītu darbība varēja notikt brīvi, un pirmais jezuīts, kurš uzsāka darbību neatkarīgajā Latvijā, bija Antonio Cekīni (Antonio Zecchini). A. Cekīni sāka strādāt kā pāvesta delegāts, bet vēlāk kā nuncijs Baltijas valstīs. Ar viņa gādību Latvijā sāka atgriezties reliģisko ordeņu pārstāvji: sākumā mariāņi, kapucīni, Nabadzīgā Bērna Jēzus māsu (Congregatio Sororum a Paupere Infante Jesu) kongregācija. 1937. gada 4. decembrī Latvijā atgriezās latviešu jezuīti, kuri izglītojās ārvalstīs. Viņu gādībā nonāca Svētā Franciska baznīca. Jezuīti sāka darboties kā pasniedzēji garīgajā seminārā, bet drīz pēc tam arī Ilūkstes draudzē.

Jezuītu ģenerālis Vlodzimežs Ledohovskis (Wlodzimierz Halka Ledochowski) 1936. gadā Lietuvu izveidoja kā no citām valstīm neatkarīgu provinci un iekļāva šajā provincē pārējās divas Baltijas valstis. Taču 1938. gadā Latvija un Igaunija tika nodalītas no Lietuvas un izveidota ordeņa misija, kas bija atkarīga no Nīderlandes un kurai bija jānodrošina viss nepieciešamais tās attīstībai. Par īpaši nozīmīgu jezuītu atjaunošanās brīdi kļuva 1933. gads, kad septiņi kandidāti ceļoja uz Poliju, lai uzsāktu noviciātu, jezuītu sākotnējo divu gadu formāciju. Pirmie kandidāti bija Rīgas arhidiecēzes priesteri Jāzeps Pudāns, Vladislavs Treibšo un Longīns Lapkovskis. Viņiem pievienojās arī četri semināristi: Juliāns Umbraško, Staņislavs Ladusāns, Pāvils Bečs un Staņislavs Kučinskis.

Līdz ar Otro pasaules karu un okupāciju jezuītu darbība tika ierobežota. Jezuīti, kuri bija ārzemnieki, pameta Latviju, bet latvieši tika apcietināti, izsūtīti un vajāti. Savukārt latvieši, kas uzturējās ārvalstīs, tika uzskatīti par Latvijas un Igaunijas neatkarīgās misijas locekļiem. Tomēr viņi nevarēja atgriezties Latvijā un savus kalpošanas gadus aizvadīja dažādās pasaules valstīs, strādājot latviešu trimdai.

2014. gadā Lietuvas–Latvijas jezuītu province iegādājās māju Rīgā, Bieriņu rajonā, kur tika atvērta jezuītu rezidence. Šo misiju sāka lietuvietis Aļģimants Gudaitis (Algimantas Gudaitis), bet pēc gada tai pievienojās polis Tadeušs Ciesļaks (Tadeusz Cieslak), kurš pārcēlās no Romas, un latvietis Jānis Meļņikovs pēc formācijas gadiem Lielbritānijā un Amerikas Savienotajās Valstīs (ASV). Tēvs Gintars Vitkus (Gintaras Vitkus) no Lietuvas, noslēdzot provinciāļa pienākumus, tika nosūtīts uz Rīgas kopienu 2019. gadā. Savukārt 2021. gadā tai pievienojās vēl viens latvietis – Ivars Juhņevičs, kurš atgriezās no studijām Polijā un Romā.

Starp daudzajiem jezuītiem Latvijā ir vērts izcelt Erdmanu Tolgsdorfu (vācu Erdmann Tolgsdorf, latīņu Erthmanus Tolgsdorf), kurš tiek uzskatīts par senākās grāmatas latviešu valodā – “Katoliskā katehisma” – tulkotāju. Katehisma autors ir P. Kanīzijs. Tāpat jāpiemin Miķelis Rots – latgaliešu sekulārās literatūras pamatlicējs; Vilhelms Boks – misionārs, valodnieks un mūziķis; S. Ladusāns – ievērojams Latvijas un Brazīlijas filozofijas profesors, teologs. Savukārt S. Kučinskis darbojās Itālijā “Vatikāna Radio”, informējot par pāvesta aktivitātēm un latviešu valodā sniedzot ieskatu starptautiskajās norisēs.

Jēzus sadraudzība Latvijas teritorijā kalpoja plašos apgabalos, līdz ar to sakrālajā mākslā un arhitektūrā var atrast jezuītu kultūrmantojumu. Taču ordenim nav vienojoša arhitektūras modeļa, kā tas stereotipiski tiek pieņemts, piemēram, kopējot Il Gesu baznīcu Romā. Jezuīti ir atvērti mākslinieciskajai daudzveidībai un Latvijā ienesa plašākas Eiropas reģionu iedvesmotas izpausmes. Lai arī dievnamos nekur nav saglabājies pilnīgs jezuītu tēlotājas mākslas programmas ansamblis, tomēr ir pazīmes, kas uz to norāda. Plaši tiek lietoti IHS – monogramma un saīsinājums no grieķu valodas vārdam “Jēzus” (ΙΗΣΟΥΣ), degoša sirds, jezuītu devīzes abreviatūra, jezuītu svēto tēli. Piemēram, IHS monogramma, rietumu fasādes cilnis ar ordeņa devīzi Skaistkalnes baznīcā vai Aulejas baznīcā nišās ievietotās jezuītu svēto skulptūras norāda uz jezuītu mantojumu. Arī daudzās citās Latvijas vēsturiskajās baznīcās var atrast liecības par jezuītu vēsturi.