Ignācijs cēlās no dižciltīgas ģimenes kā jaunākais no 13 bērnu ģimenes. Vecāki, Beltrāns Ibanjess de Onjass i Lojola (Beltrán Ibáñez de Oñaz y Loyola) un Marija Saensa de Likona i Balda (María Sáenz de Licona y Balda), mira, kad Ignācijs vēl bija mazs. Vecākā brāļa vadīts, Ignācijs jau jaunībā pievērsās karavīra karjerai. Viņš piedalījās daudzās kaujās, bet 1521. gada 20. maija kaujā pie Pamplonas tika smagi ievainots, kad franču un Navarras spēki iebruka Pamplonas cietoksnī. Ignācijs tika notriekts ar lielgabala lodi un guva smagus labās kājas lūzumus. Šis notikums noslēdza viņa dzīves pirmo posmu, kura laikā viņš, kā pats atzīst savā autobiogrāfijā, bija “cilvēks, kurš nodevies pasaules tukšībām, kura galvenais prieks bija cīņas vingrinājumi, ar lielu un veltīgu vēlmi iegūt slavu”. Ar Ignācija ievainojumu, tuvo nāves pieredzi un atveseļošanos aizsākās otrais dzīves posms, kurā viņš pievērsās garīgajai dzīvei un atjaunotnei. Pateicoties tai, viņš kļuva plaši pazīstams.