Atveseļošanās laikā Ignācijs piedzīvoja garīgu pārvērtību. Viņš lasīja grāmatas par svēto un Jēzus Kristus dzīvi. Darbs, kas viņu visvairāk ietekmēja, bija vācu 14. gs. katoļu teologa Saksijas Ludolfa (Ludolphus de Saxonia) “Kristus dzīve” (Vita Christi, 1374). Pec ilgām pārdomām un pašanalīzes Ignācijs iedvesmojās veltīt savu dzīvi Dievam un katoļu Baznīcai. Viņš nolēma atdarināt svēto dzīves stingrību, lai attīrītos no saviem grēkiem, kā to darīja Asīzes Francisks (itāļu Francesco d'Assisi, latīņu Franciscus Assisiensis) un citi mūki.
Pēc atveseļošanās Ignācijs pavadīja laiku alā Manresā (Spānijā), kur piedzīvoja dziļu garīgu pieredzi un pārvērtības. Sākotnēji viņš piekopa ekstrēmu dzīvesveidu kā ubags, stingri gavēja, sevi nekopa, neķemmēja, nemazgāja matus un negrieza nagus. Katru dienu Ignācijs apmeklēja misi un septiņas stundas pavadīja lūgšanās. Bieži tas notika alā pie Manresas. Taču šis posms viņam beidzās līdz ar garīgā brieduma iegūšanu. Ignācijs sāka pierakstīt apceres, un vēlāk tās kļuva pazīstamas kā nelielā grāmata “Garīgie vingrinājumi” (Exercitia spiritualia, 1548). Šī ir Ignācija vispazīstamākā publikācija, kurai ir ļoti liela garīgā un kultūras ietekme Baznīcā. Ignācijs strādāja pie “Garīgajiem vingrinājumiem” vairāku gadu garumā, līdz beidzot 1548. gadā pāvests Pāvils III (Paulus III) tekstu apstiprināja kā katoļu Baznīcai derīgu garīgo praksi. “Garīgo vingrinājumu” saturs veido sistēmu, kas ir vērsta uz psihisko procesu apzināšanos un lēmumu pieņemšanas principiem. Savas dzīves laikā Ignācijs to izmantoja, sniedzot garīgās rekolekcijas citiem, īpaši saviem studiju biedriem un sekotājiem.
Būtisks pārveidošanās posms bija Ignācija svētceļojumā uz Palestīnu 1523. gada septembrī, lai tur apmestos uz dzīvi, bet franciskāņu ordeņa biedri viņu nosūtīja atpakaļ uz Eiropu. Atgriežoties Barselonā, 33 gadu vecumā viņš uzsāka apmeklēt skolu, lai sagatavotos universitātes studijām.
Ignācijs studēja Barselonā gandrīz divus gadus. 1526. gadā viņš pārcēlās uz dzīvi Alkalā, bet no 1528. gada līdz 1535. gadam dzīvoja Parīzē. Ignācijam ātri piesaistīja mācekļu grupas. Starp mācekļiem pazīstamākie bija Francisks Ksavjērs (latīņu Francis Xavier, basku Frantzisko Xabierkoa), Pēters Fābers (Peter Faber), Djego Lainess (Diego Lainez), Simāu Rodrigešs (Simão Rodrigues), Alfonso Salmerons (Alfonso Salmerón) un Nikolass Vovadilja (Nicholas Bobadilla). Viņu dzīvesveids nereti piesaistīja plašu uzmanību, tāpēc Ignācijam nācās skaidroties ar reliģiskajām autoritātēm. Vņš tika turēts aizdomās par ķecerību, ieslodzīts cietumā un tiesāts, stājoties inkvizīcijas priekšā, bet vienmēr attaisnots. Šī pieredze viņu pārliecināja, ka jāatturas no publiskas reliģiskas mācīšanas, līdz viņš beigs studijas un iegūs priestera amatu. 1534. gada 15. augustā viņš vadīja nelielo draugu grupu uz Monmartru (Parīzē), kur viņi pieņēma nabadzības, šķīstības un paklausības solījumus, lai gan vēl bez skaidra mērķa dibināt reliģisko ordeni.