Ignācijs bija jaunākais no dižciltīgas 13 bērnu ģimenes. Vecāki, Beltrāns Ibanjess de Onjass i Lojola (Beltrán Ibáñez de Oñaz y Loyola) un Marija Saensa de Likona i Balda (María Sáenz de Licona y Balda), mira, kad Ignācijs vēl bija mazs. Vecākā brāļa vadīts, Ignācijs jau jaunībā pievērsās karavīra karjerai. Viņš piedalījās daudzās kaujās, bet 1521. gada 20. maija kaujā pie Pamplonas tika smagi ievainots, kad franču un Navarras spēki iebruka Pamplonas cietoksnī. Ignācijs tika notriekts ar lielgabala lodi un guva smagus labās kājas lūzumus. Šis notikums noslēdza viņa dzīves pirmo posmu, kura laikā viņš, kā pats atzīst savā autobiogrāfijā, bija “cilvēks, kurš nodevies pasaules tukšībām, kura galvenais prieks bija cīņas vingrinājumi, ar lielu un veltīgu vēlmi iegūt slavu”. Ar Ignācija ievainojumu, tuvo nāves pieredzi un atveseļošanos aizsākās otrais dzīves posms, kurā viņš pievērsās garīgajai dzīvei un atjaunotnei. Pateicoties tai, viņš kļuva plaši pazīstams.

Atveseļošanās laikā Ignācijs piedzīvoja garīgu pārvērtību. Viņš lasīja grāmatas par svēto un Jēzus Kristus dzīvi. Darbs, kas viņu visvairāk ietekmēja, bija vācu 14. gs. katoļu teologa Saksijas Ludolfa (Ludolphus de Saxonia) “Kristus dzīve” (Vita Christi, 1374). Pec ilgām pārdomām un pašanalīzes Ignācijs iedvesmojās veltīt savu dzīvi Dievam un katoļu Baznīcai. Viņš nolēma atdarināt svēto dzīves stingrību, lai attīrītos no saviem grēkiem, kā to darīja Asīzes Francisks (itāļu Francesco d’Assisi, latīņu Franciscus Assisiensis) un citi mūki.

Pēc atveseļošanās Ignācijs pavadīja laiku alā Manresā (Spānijā), kur piedzīvoja dziļu garīgu pieredzi un pārvērtības. Sākotnēji viņš piekopa ekstrēmu dzīvesveidu kā ubags, stingri gavēja, sevi nekopa, neķemmēja, nemazgāja matus un negrieza nagus. Katru dienu Ignācijs apmeklēja misi un septiņas stundas pavadīja lūgšanās. Bieži tas notika alā pie Manresas. Taču šis posms viņam beidzās līdz ar garīgā brieduma iegūšanu. Ignācijs sāka pierakstīt apceres, un vēlāk tās kļuva pazīstamas kā nelielā grāmata “Garīgie vingrinājumi” (Exercitia spiritualia, 1548). Šī ir Ignācija vispazīstamākā publikācija, kurai ir ļoti liela garīgā un kultūras ietekme Baznīcā. Ignācijs strādāja pie “Garīgajiem vingrinājumiem” vairāku gadu garumā, līdz beidzot 1548. gadā pāvests Pāvils III (Paulus III) tekstu apstiprināja kā katoļu Baznīcai derīgu garīgo praksi. “Garīgo vingrinājumu” saturs veido sistēmu, kas ir vērsta uz psihisko procesu apzināšanos un lēmumu pieņemšanas principiem. Savas dzīves laikā Ignācijs to izmantoja, sniedzot garīgās rekolekcijas citiem, īpaši saviem studiju biedriem un sekotājiem.

Būtisks pārveidošanās posms bija Ignācija svētceļojumā uz Palestīnu 1523. gada septembrī, lai tur apmestos uz dzīvi, bet franciskāņu ordeņa biedri viņu nosūtīja atpakaļ uz Eiropu. Atgriežoties Barselonā, 33 gadu vecumā viņš uzsāka apmeklēt skolu, lai sagatavotos universitātes studijām.

Ignācijs studēja Barselonā gandrīz divus gadus. 1526. gadā viņš pārcēlās uz dzīvi Alkalā, bet no 1528. gada līdz 1535. gadam dzīvoja Parīzē. Ignācijam ātri piesaistīja mācekļu grupas. Starp mācekļiem pazīstamākie bija Francisks Ksavjērs (latīņu Francis Xavier, basku Frantzisko Xabierkoa), Pēters Fābers (Peter Faber), Djego Lainess (Diego Lainez), Simāu Rodrigešs (Simão Rodrigues), Alfonso Salmerons (Alfonso Salmerón) un Nikolass Vovadilja (Nicholas Bobadilla). Viņu dzīvesveids nereti piesaistīja plašu uzmanību, tāpēc Ignācijam nācās skaidroties ar reliģiskajām autoritātēm. Vņš tika turēts aizdomās par ķecerību, ieslodzīts cietumā un tiesāts, stājoties inkvizīcijas priekšā, bet vienmēr attaisnots. Šī pieredze viņu pārliecināja, ka jāatturas no publiskas reliģiskas mācīšanas, līdz viņš beigs studijas un iegūs priestera amatu. 1534. gada 15. augustā viņš vadīja nelielo draugu grupu uz Monmartru (Parīzē), kur viņi pieņēma nabadzības, šķīstības un paklausības solījumus, lai gan vēl bez skaidra mērķa dibināt reliģisko ordeni. 

Kopā ar Ignācija līdzgaitniekiem, tostarp F. Ksavjēru, kurš kļuva par vienu no ordeņa ietekmīgākajiem misionāriem, 1540. gada 27. septembrī Romā tika dibināta Jēzus sadraudzība.

1537. gada 24. jūnijā kopā ar citiem biedriem Ignācijs tika iesvētīts par priesteri. Turpmāko 18 mēnešu laikā viņi guva pieredzi kalpošanā, vienlaikus daudz laika veltīja lūgšanām. 1538. gada Ziemassvētkos Ignācijs vadīja savu pirmo misi Svētās Marijas bazilikā Romā (Basilica di Santa Maria Maggiore); ar to noslēdzās studiju posms.

Beidzamo dzīves posmu Ignācijs pavadīja Romā vai tās apkārtnē. 1539. gadā līdzgaitnieki nolēma izveidot apvienību un pievienojās nabadzības, šķīstības un paklausības solījumiem pāvestam. 1540. gadā pāvests Pāvils III apstiprināja jaunā ordeņa dibināšanu. Ignācijs tika izvēlēts par ordeņa pirmo vadītāju jeb ģenerāli. Viņš nomira 1556. gada 31. jūlijā Romā. 1622. gadā pāvests Gregors XV (Gregorius XV) viņu kanonizēja par svēto. Līdz savai nāvei Ignācijs sūtīja savus līdzgaitniekus misijās pa Eiropu, lai dibinātu skolas, koledžas un seminārus. Ordenis izplatījās ļoti strauji, un 1583. gadā (arī Rīgā) pēc Polijas un Lietuvas karaļa Stefana Batorija (Stefan Batory) lūguma ieradās pirmie desmit jezuīti.

Ar sekretāra Huana Alfonso de Polanso (Juan Alfonso de Polanco) palīdzību Ignācijs uzrakstīja jezuītu konstitūciju, kas tika pieņemta 1553. gadā. Tā radīja centralizētu ordeņa organizāciju. Jēzus sadraudzībai galvenokārt bija jābūt apustuliskam ordenim, “gatavam dzīvot jebkurā pasaules malā, kur ir cerība uz lielāku Dieva godību un dvēseļu labumu”, lai izplatītu ticību un veicinātu kristīgo garīgumu, īpaši ar garīgo vingrinājumu palīdzību. Ignācijam vēl dzīvam esot, ordeņa biedri tika sūtīti uz citiem kontinentiem, un šajā kontekstā radās frāze latīņu valodā, kas tiek lietota kā moto arī mūsdienās: “Ej un aizdedz pasauli” (Ite, inflammate omnia). Par ordeņa galveno darbības principu kļuva devīze: “Visu lielākam Dieva godam” (Ad maiorem Dei gloriam). Ordeņa pārvalde lielā mērā tika organizēta ar vēstuļu palīdzību Ignācijam; rezultātā viņš kļuva par vienu no ražīgākajiem korespondentiem Eiropā 16. gs. Mūsdienās ir saglabājušās vairāk nekā 7000 Ignācija vēstules. 

Ignācija piemiņas svētki tiek svinēti katru gadu 31. jūlijā, viņa nāves dienā. Viņš tiek godināts kā katoļu karavīru aizbildnis. Pēc tam, kad 1922. gadā pāvests Pijs XI (Pius XI) Ignāciju pasludināja par visu garīgo rekolekciju patronu, viņš kļuva pazīstamāks un katoļu vidē atzītāks kā garīgais līdzgaitnieks. Viņš tika novērtēts kā garīgais mistiķis, jezuītu ordeņa dibinātājs, kurš savu darbību izvērsa pa visu pasauli. Īpašu uzmanību Ignācijs pievērsa izglītības, kultūras un zinātnes jomām.

Svētais Ignācijs no Lojolas mūsdienās ir pazīstams kā ikdienas dzīves un garīguma starpnieks. Šis fenomens tiek dēvēts par “ignācisko garīgumu”, un ar to parasti saprot veidu, kā “atrast Dievu visās lietās”. Tas ir balstīts idejā, ka viss ir daļa no garīgās dzīves.

Ignācija tēls ir ļoti populārs jezuītu ordeņa mākslā. Tas bieži tiek atspoguļots kopā ar ordeņa ģerboni – sauli, kurai vidū ir trīs burti IHS, kas grieķu valodā nozīmē “Jēzus” (ΙΗΣΟΥΣ), virs tiem ir krusts, bet zem tiem – trīs naglas. Izmanto arī jezuītu moto jeb akronīmu AMDG (Ad maiorem Dei gloriam, “Visu lielākam Dieva godam”). Pats Ignācijs visbiežāk ir atveidots kā priesteris pielūgsmē, tērpts svētajai misei paredzētā apģērbā, vai vienkāršā melnā priestera tērpā (sutanā). Populāri ir arī viņa portreti un atveidojums karavīra ietērpā. Onjasa-Lojolas (Oñaz-Loyola) vairogs ir Ignācija dzimtas simbols, ko izmanto daudzas jezuītu iestādes visā pasaulē saistībā ar paša Ignācija tēlu.