Īss vēstures, izveidošanas un svarīgāko posmu pārskats Jēzus sadraudzības veidošanās notika laikā, kuru raksturo nacionālu valstu ar centralizētu pārvaldes sistēmu veidošanās, jaunu zemju atklāšana un Spānijas ietekmes straujā izplatība, kolonizējot Ameriku un to kristianizējot. Ziemeļeiropā notika Mārtiņa Lutera (Martin Luther) reformācija. Par Anglikāņu baznīcas galvu kļuva karalis Henrijs VIII (Henry VIII) 1531. gadā. Izglītība bija ļoti zemā līmenī, un pārsvarā dominēja analfabētisms. Valdīja visaptverošs Baznīcas pagrimums, kas radīja nepieciešamību pēc administratīvām un morālām reformām; pastāvēja vajadzība pēc misionāru ordeņa, kas varētu doties uz jaunajām zemēm.
Jezuītu vēsturi var iedalīt vairākos lielos posmos:
- tā izveidošana un Ignācija Lojolas personības ietekme (16. gs.);
- pretrunas (17.–18. gs.);
- atjaunošana (sākot ar 1814. gadu).
Jezuītu ordeni dibināja basku aristokrāts Ignācijs jeb Injigo Lojola, kura personība spēcīgi noteica ordeņa sākotnējo veidošanos. 1521. gadā notika kauja pret franču atbalstīto Navarras karaspēku pie Pamplonas, kurā viņu smagi ievainoja, bet atveseļojoties notika garīgā atgriešanās, kas ir pamatā tālākai Ignācija darbībai un mācībai, tai skaitā ordeņa dibināšanai.
Ignācijs uzsāka mācības – sākumā Barselonā, Alkalā un Salamankā, bet vēlāk Parīzē. Viņu pamudināja inkvizīcijas interese par Ignācija mācību un augošā izpratne par akadēmisko zināšanu nepieciešamību, skaidrojot ticības mācību un vadot garīgos vingrinājumus. Parīzē Ignācijs sastapa pirmos domubiedrus, ar kuriem 1534. gadā Monmartrā deva privātos solījumus veltīt savu dzīvi pāvestam. Venēcijā, pa ceļam uz Jeruzālemi, visi domubiedri un Ignācijs tika iesvētīti par priesteriem. Netiekot līdz galamērķim, viņi devās uz Romu, lai nodotu sevi pāvesta rīcībā. Ignācijs piedzīvoja mistisku vīziju nelielā La Storta kapelā. Tā viņu mudināja nosaukt domubiedru grupu par Jēzus sadraudzību. Jezuīti kā grupa strauji attīstījās un izplatījās visā pasaulē. To lielā mērā noteica izglītojošais darbs, skolu un universitāšu dibināšana, ko ordenis veica visur, kur devās.
17.–18. gs. jezuīti piedzīvoja pretrunas un pretestību no Baznīcas puses. Tas daļēji saistīts ar jezuītu salīdzinoši privileģēto stāvokli, kas bija radies, pateicoties labi attīstītai izglītības sistēmai un citām institūcijām, kā arī saistīts ar pieaugošo bagātību un ietekmi. Šo periodu un jezuītu ordeņa attīstību definē trīs lielas pretrunas.
Pirmkārt, jezuīti bija veiksmīgi kristietības inkulturācijas veicēji. Īpaši spilgti tas redzams Ķīnā ar tā saucamo Ķīnas ritu, kas pieļāva Konfūcija (孔子) un senču godināšanu. Taču vēlāko dominikāņu un franciskāņu misionāru parādīšanās Ķīnā pievērsa uzmanību jezuītu akceptētajiem Konfūcija rituāliem, ko jezuīti interpretēja kā politisku, nevis reliģisku rituālu. Dominikāņi tos interpretēja kā reliģiskus un tāpēc nepieņemamus. Spēcīgais lobijs Vatikānā un dažādos Eiropas galmos panāca Ķīnas rita aizliegšanu. Tā rezultātā Ķīnas imperators aizliedza kristietības izplatīšanu Ķīnā un izraidīja kristiešus no valsts.
Otrkārt, lielu ietekmi uz ordeņa darbību atstāja “jansenistu kontroversija”, kas izcēlās 1640. gadā Lēvenē ar Kornēlija Jansena (Cornelius Jansen) publicēto Augustinus – darbu, kura mērķis bija pasargāt Baznīcu no jezuītu morālā laksisma jeb šķietamās brīvības morāles jautājumos un atgriezt katolicismā Nīderlandes kalvinistus. Izveidojās antijezuītu kustības, kas iesaistījās teoloģiskās cīņās, cenšoties pierādīt jezuītu maldus. Galvenie jansenistu iebildumi pret jezuītu mācību sakņojās cilvēka cieņas un brīvas gribas uzsvēršanā, jo jansenisti uzskatīja, ka cilvēks ir pirmdzimtā grēka samaitāts un tādēļ nav spējīgs uz labu. Jansenisti konfrontēja jezuītus par viņu praktizēto probabilitātes principu morāles jautājumos, kas paredz atzīt par labāku mazāk stingru interpretāciju par cilvēka rīcību, pat ja tā ir mazāk iespējama. Jansenistiem šis princips bija galvenais pierādījums jezuītu morālajam laksismam un manipulācijām, ar kurām viņi it kā ieguvuši labvēlību starp varenajiem karaļu galmos. Jansenistu cīņa ar jezuītiem pārauga publiskos konfliktos, kuros abas puses spēkojās ar teoloģiskiem spiedumiem. Visbeidzot pāvests nosodīja jansenismu, bet, par spīti tam, šī kustība saglabāja ietekmi Eiropā līdz pat Franču revolūcijai.
Treškārt, Dienvidamerikas redukcijas jeb autonomās saimniecības, kas bija nozīmīgas, veidojot jezuītu attiecības ar laicīgo varu, noveda līdz konfliktam un ordeņa likvidācijai. Jezuīti izveidoja redukcijas, lai pasargātu pamatiedzīvotājus no portugāļu un spāņu vergu tirgotājiem. Sākotnēji šajās redukcijās nebija atļauti ieroči, bet pēc uzbrukuma 1628. gadā, kad iedzīvotāju skaits samazinājās no vairāk par 100 000 līdz 12 000, jezuīti ieguva atļauju apbruņot redukcijas aizsardzības nolūkos. Tādējādi tās ieguva zināmu neatkarību no karaļa pārvaldības, auga to efektivitāte un līdz ar to arī spāņu vēlme atņemt kontroli jezuītiem. Vienlaikus Spānijas un Portugāles savstarpējā zemju apmaiņa Amerikā izraisīja nevēlamu imigrāciju. Jezuīti, cenšoties aizstāvēt pamatiedzīvotājus, nonāca pretrunās ar karaļu rīkojumiem. Tas savukārt Portugālē izraisīja apsūdzības pret jezuītiem kā nelojāliem pret Baznīcu un kā zelta, zemju un varaskāriem. Rezultātā Portugāles valdības vadītājs marķīzs de Pombals (Marquis de Pombal) 1758. gadā lūdza pāvestu Benediktu XIV (Benedict XIV) izbeigt jezuītu nepakļaušanos. Ļoti ātrā izmeklēšanā jezuīti tika atzīti par vainīgiem finanšu ļaunprātībās. Tā paša gada 3. septembrī tika veikts atentāts pret karali. De Pombals to saistīja ar jezuītiem, un 1759. gadā karalis izdeva rīkojumu atņemt jezuītiem īpašumus un padzīt viņus no Portugāles īpašumā esošajām kolonijām. Drīz pēc tam sekoja līdzīga jezuītu kustības aizliegšana un īpašumu konfiskācija Francijā (1764), Spānijā (1767) un to kolonijās.
1769. gada 15. februārī kardināli pulcējās uz konklāvu, lai ievēlētu jaunu pāvestu. Par vienu no centrālajiem jautājumiem tajā laikā kļuva jezuīti, un tikai pēc trīs mēnešiem un 185 balsošanas piegājieniem tika izvēlēts Klements XIV (Clement XIV). Spiediena un shizmas draudu rezultātā jaunievēlētais pāvests izdeva vēstuli Dominus ac Redemptor, ar kuru 1773. gada 21. jūlijā ordeni slēdza. Tūlīt pēc šī dokumenta izdošanas sākās ordeņa īpašumu pārņemšana un pat izlaupīšana. Tomēr, lai arī ordenis tika slēgts, tas pilnībā neizzuda. Tā likvidācija bija jāveic vietējām varām, nolasot pāvesta dokumentu katrā rezidencē. Atsevišķi reģioni kopumā nebija pret jezuītiem negatīvi noskaņoti vai pat bija pret tiem labvēlīgi un nevēlējās pakļauties pāvesta diktātam, tādēļ daudzviet jezuīti turpināja darboties, vietējās varas atbalstīti, piemēram, Krievijas impērijā Katrīnas Lielās (Екатерина II Великая) laikā vai Vācijā un Austrijā, Prūsijas karaļa Frīdriha II (Friedrich II) aizsargāti. Pāvesta dokuments netika izsludināts. 1814. gada 7. augustā Pijs VII (Pius VII) formāli atjaunoja Jezuītu ordeni ar bullu Sollicitudo omnium ecclesiarum.
Ar ordeņa atjaunošanu 19. gs. iezīmējas nākamais posms jezuītu vēsturē. Šo periodu raksturo centieni atjaunot savu darbību, statūtus, kā arī skolas un citas institūcijas, kas bija pazaudētas. Līdz 20. gs. sākumam jezuītu kustība jau atkal bija izplatījusies pa visu pasauli. Vienlaikus ordenis centās atbildēt uz jaunajiem izaicinājumiem, ko atnesa 20. gs. seksuālā revolūcija, pilsonisko tiesību kustība Amerikas Savienotajās Valstīs (ASV), kari, atbrīvošanas teoloģija Dienvidamerikā un citi, kas neizbēgami noveda pie saspīlējumiem ar Vatikānu. Izmaiņas ordeņa darbībā raksturoja 32. Vispārējā sapulce, pasaules jezuītu provinču garīgo līderu tikšanās, lai risinātu jezuītiem būtiskus jautājumus. Tajā pēc garām apspriedēm tika pieņemts dekrēts “Mūsu misija šodien: kalpošana ticībai un taisnības veicināšana (promotion of justice)”, tādējādi izceļot darbības, kas vērstas uz cilvēktiesību aizstāvēšanu. Šī iniciatīva īpaši izpaužas Jezuītu bēgļu dienesta izveidē, Cristo Rey skolās ASV, kas piedāvā izglītību nabadzīgiem bērniem, izglītības organizācijā Fe y Alegria, kas izplatījusies visā Dienvidamerikā. Arī mūsdienās jezuīti dara to, ko pirmsākumos, strādājot izglītības jomā, garīguma un ticības izplatīšanā. Ar jezuītiem ir saistīta Kristīgās dzīves kopiena, starptautiska laju garīgas formēšanas sabiedrība, kas pirms II Vatikāna koncila zināma kā Congregatio Mariana.