Līdz ar okupācijas varu maiņu 01.07.1941. Rīgā ieradās vācu SiPo un SD operatīvās grupas “A” vadītājs SS (Schutzstaffel) brigādefīrers Valters Štālekers (Franz Walter Stahllecker). V. Štālekera plānos ietilpa arī speciālu vienību izveidošana no vietējiem iedzīvotājiem, kuras varētu izmantot nacistu represijās pret rases un politiskajiem pretiniekiem. Tādas bija Mārtiņa Vagulāna vienība Jelgavā, Herberta Teidemaņa grupa Valmierā, Fēliksa Rikarda un Viktora Arāja vadītās grupas Rīgā un citas. Pēdējā no tām pakāpeniski kļuva par galveno Latviešu drošības palīgpolicijas struktūrvienību.

Arāja komandu veidoja dažādu sabiedrības aprindu pārstāvji. Vienības organizēšanās sākumā V. Arājam pievienojās vairāki viņa pārstāvētās studentu korporācijas “Lettonia” un citu korporāciju locekļi. Tomēr jau 1941. gada beigās izglītotākie vienības dalībnieki centās ieņemt administratīva rakstura amatus vai arī pārgāja dienestā citās SiPo un SD struktūrās. Arāja komandas dalībnieku vidū bija uz Sibīriju aizvesto radinieki, tomēr viņu kopskaits nebija liels. Bija gadījumi, kad cilvēki vienībā iestājās, lai slēptu savu sadarbību ar padomju okupācijas varu 1940.–1941. gadā. Vēlāk Arāja komandā pieteicās dienēt gados jaunāki vīrieši ar zemāku izglītību, kurus motivēja nacistu propaganda, materiāli ieguvumi un iespēja izvairīties no dienesta frontē.

Sākotnēji Arāja komanda atradās Rīgā, K. Valdemāra ielā 19, bet 1942. gada sākumā pārcēlās uz bijušo Latvijas Kara skolas ēku K. Barona ielā 99. Vienībā bija divas rotas, kurās kopā ar 20 administratīva un tehniska rakstura darbiniekiem 1941. gada rudenī dienēja ap 300–400 personu. Tās struktūrā ietilpa štābs, operatīvā, izmeklēšanas, saimniecības (apgādes) daļa, ieroču, mehāniskā un citas mazākas nozares. No 12.1941. līdz 09.1943. Arāja komandas apakšvienības apsargāja Jumpravmuižas koncentrācijas nometni (Konzentrationslager Jungfernhof) un Salaspils paplašināto policijas cietumu un darba audzināšanas nometni (Erweitertes Polizeigefängnis und Arbeitserziehungslager). Vienības uzdevumos ietilpa SiPo un SD galvenās mītnes Rīgā, Reimersa ielā, un citu objektu apsardze. Arāja komandas dalībniekus nosūtīja uz trīs mēnešu ilgiem apmācību kursiem Drošības policijas skolā Firstenbergā (Sicherheitspolizeischule Drögen, Fürstenberg / Mecklenburg). Vienības militārā apmācība notika dažādās vietās Rīgā, Sužu muižā un citur.

1941. gada otrajā pusē Arāja komandas dalībnieki bija tērpti privātās drēbēs, nēsāja Latvijas armijas un Latvijas Aizsargu organizācijas uniformas vai apģērbu, ko veidoja dažādi latviešu un vācu formas tērpu elementi ar zaļām lentēm uz labās rokas piedurknes ar uzrakstu “Sicherheits-Hilfspolizei – Drošības palīgpolicija”. 1942. gadā SiPo un SD pakļautībā izveidotās latviešu vienības pakāpeniski ietērpa vienādās vācu 1937. gada parauga (SS-Verfügungstruppefeldgrau) pelēku toņu uniformās ar SS atšķirības zīmēm. Partizānu apkarošanas akcijās 1942. gada sākumā Arāja komandas locekļi izmantoja Latvijas armijas mēteļus ar piešūtiem vairodziņiem sarkanbaltsarkanā krāsā zem SS piedurknes ērgļiem, bet 1943. gadā vienības virsnieki tērpās Ieroču SS (Waffen-SS) formas svārkos. Sākumā vienības apbruņojumā bija Latvijas armijā lietotie ieroči, dažādas sistēmas un vecuma pistoles, vācu parauga šautenes un mašīnpistoles, kā arī čehu un krievu parauga trofeju ieroči. Vēlāk cīņās pret padomju partizāniem un Sarkano armiju Arāja komandas rotas apbruņoja arī ar vieglajiem un smagajiem ložmetējiem, mīnmetējiem, rokas granātām un citiem ieročiem un munīciju. 

Pirmajās vācu okupācijas dienās Rīgā Arāja komandas dalībnieki mazākās grupās (trīs četras personas) naktīs ielauzās ebreju dzīvokļos, kur aplaupīja, piekāva un apcietināja to iemītniekus. Aizturētie nokļuva Rīgas Centrālcietumā un citās ieslodzījuma vietās, bet vēlāk tika nogalināti Biķernieku mežā un citviet. Īpašus pazemojumus piedzīvoja jaunas ebrejietes, kas nonāca apcietinājumā Rīgas Prefektūrā un Arāja komandas mītnē K. Valdemāra ielā 19. 04.07.1941. vienības dalībnieki aizdedzināja un izlaupīja ebreju Horālo sinagogu Gogoļa ielā 25 un sinagogu Stabu ielā 63, kur gāja bojā arī tur patvērumu atradušie ebreji. 07.–10.1941. Arāja komanda nogalināja lielāko daļu no 5000 Biķernieku mežā sadzītajiem cilvēkiem, vairums no kuriem bija ebreji, padomju aktīvisti un citi.

08.1941. vienības dalībnieki zilās krāsas Rīgas satiksmes autobusos devās veikt eksekūcijas Latvijas laukos – Abrenē, Balvos, Jēkabpilī, Kuldīgā, Litenē, Madonā, Valmierā, Viļakā un citās vietās. Arāja komanda noslepkavoja ap 15 000 no 24 000 Latvijas provinces ebrejiem. Divās lielākajās ebreju masveida iznīcināšanas akcijās Rumbulā 30.11. un 08.12.1941., kurās nogalināja 26 000 cilvēku (tiešo ebreju iznīcināšanu veica 12 vācu SD vīru slepkavu komanda un 20 vīri no SiPo un SD operatīvās komandas 2), Arāja komandas dalībnieki piedalījās ieslodzīto ebreju nostādīšanā kolonnās Rīgas geto un viņu mantu un drēbju atņemšanā pēc to konvojēšanas uz slepkavošanas vietu Rumbulā.

No 10.1941. Arāja komandu iesaistīja padomju partizānu apkarošanā Ļeņingradas un Holmas apkārtnē, bet 1942. gada pirmajā pusē – Veļikije Luki un Novosokoļņiku rajonā Krievijā. Virsleitnanta Konrāda Kalēja un leitnanta Harija Svīķera rotas 03.1942. piedalījās kaujās pret partizāniem Nasvas apkārtnē. 01.1943. vienības locekļu skaits sasniedza 1200 cilvēku. Tās dalībnieki piedalījās lielākajās pretpartizānu apkarošanas akcijās Baltkrievijā, kur par viņu upuriem nereti kļuva vietējie civiliedzīvotāji. Leitnanta Kārļa Ozola latviešu SD rota 1942.–1943. gadā bija iesaistīta Minskas un Slonimas geto ebreju iznīcināšanā un represijās pret civiliedzīvotājiem nacistu okupētajā Baltkrievijā un Polijā.

10.1943. noformēja divus latviešu drošības bataljonus – 3. (komandieris majors Kārlis Ozols) un 4. (majors V. Arājs) – un iesaistīja kaujās pret Sarkano armiju. Viens no tiem Augstākā SS un policijas vadītāja Ostlandē un Ziemeļkrievijā SS obergrupenfīrera Frīdriha Jekelna (Friedrich August Jeckeln) kaujas grupas sastāvā no 11.1943. līdz 03.1944. piedalījās cīņās pie Neveļas un citviet Latvijas pierobežā. 1944. gada rudenī 3. un 4. latviešu drošības bataljonu izformēja, vairākus simtus (ap 350–450) to karavīru nosūtīja uz 15. latviešu ieroču SS divīziju, kā arī uz latviešu būvpulkiem un citām vienībām vai atvaļināja. Daļa šo karavīru no 01.1945. piedalījās cīņās pret Sarkano armiju Rietumprūsijā un Pomerānijā, bet citus janvārī un aprīlī nosūtīja uz Kurzemi 19. latviešu ieroču SS divīzijas kaujas spēju pastiprināšanai.

Līdz 1967. gadam padomju drošības iestādes arestēja un notiesāja vismaz 352 Arāja komandas locekļus. Viņu vidū bija kapteinis Arnolds Laukers, kurš mira ieslodzījumā Padomju Sociālistisko Republiku Savienībā pēc tam, kad viņu 28.11.1945. no Zedelgemas karagūstekņu nometnes britu okupācijas zonā Beļģijā izdeva krieviem un notiesāja uz 10 gadiem ieslodzījumā. Konstantīnu Kaķi apcietināja 1948. gadā un sodīja ar 25 gadiem katorgas darbos, bet vēlāk neļāva atgriezties uz pastāvīgu dzīvi Latvijā. Vairāki bijušie Arāja komandas dalībnieki izvairījās no soda, jo sadarbojās ar Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas Valsts drošības ministriju. Šāds piemērs ir leitnants Boriss Kinstlers, kurš saskaņā ar oficiālo versiju 25.04.1949. izdarīja pašnāvību Sillamē, Igaunijā, vienlaikus pastāvot leģendai par viņa iespējamo slepeno iefiltrēšanu Rietumos.

Vairāki Rietumos nonākušie Arāja komandas dalībnieki pēc kara dzīvoja vai nu noslēgtu, savrupu dzīvi, vai arī bija aktīvi latviešu trimdas un jauno mītņu zemju sabiedrībā. Viņu vidū bija virsleitnants Harijs Liepiņš, kam izdevās kļūt par atzītu tēlotājmākslas autoritāti Karakasā, Venecuēlā, bet virsleitnants K. Ozols pirmskara profesionālā šahista karjeru sekmīgi turpināja Melburnā, Austrālijā. Arāja komandas kapteini Herbertu Cukuru 24.02.1965. noslepkavoja Izraēlas slepenā dienesta Mossad specoperācijā Montevideo, Urugvajā. Majoru V. Arāju apcietināja tikai 1975. gadā Frankfurtē pie Mainas, Vācijas Federatīvajā Republikā. 1979. gadā Hamburgas zemes tiesa viņu sodīja ar mūža ieslodzījumu, ko V. Arājs izcieta Kaseles cietumā, kur mira 21.01.1988. Izmeklēšana pret virsleitnantu K. Kalēju no 1984. gada norisinājās ASV, Kanādā, Austrālijā, Lielbritānijā un Latvijā, bet netika pabeigta sakarā ar apsūdzētā nāvi 2001. gadā Melburnā. 

Arāja komanda ir atbildīga par vairāk nekā 30 000 civiliedzīvotāju iznīcināšanu nacistu okupētajā Latvijā un citās teritorijās. Tās noziegumu vidū ir ebreju grautiņi Rīgā 07.1941., vietējo un ārzemju ebreju un komunistu masu slepkavības Biķernieku mežā, ebreju iznīcināšana Latvijas provincē, līdzdalība ebreju masu slaktiņā Rumbulā 30.11. un 08.12.1941., čigānu (romu) un psihiatrisko slimnīcu pacientu iznīcināšanā un dalība vēl citās represīvās akcijās.