Pirmā 1837. gadā atrastā kapuczirnekļu fosilija sākotnēji tika uzskatīta par vaboli, jo atrastā īpatņa vēdera tergīti jeb hitīna plātnes ķermeņa mugurpusē, kas sedz katru segmentu, bijuši šķērsām pārdalīti divās daļās, kas, pavirši aplūkojot, izskatījās kā vaboles segspārni. Aptuveni 15 no fosilajām kapuczirnekļu sugām ir atrastas akmeņogļu periodā Eiropā un Ziemeļamerikā. Piecas fosilās sugas zināmas no krīta perioda Birmas dzintara Mjanmā.
Izmirušie Poliocheridae dzimtas kapuczirnekļi visvairāk līdzinās mūsdienu kapuczirnekļiem. Roberts Huks (Robert Hooke) 1665. gadā aprakstīja krabjiem līdzīgas ērces, kas patiesībā bija kapuczirnekļi, un iekļāva savā grāmatā “Mikrogrāfija” (Micrographia: or Some Physiological Descriptions of Minute Bodies Made by Magnifying Glasses. With Observations and Inquiries Thereupon). Sākotnējos novērojumos kapuczirnekļus uzskatīja par savdabīgiem māņzirnekļiem Opiliones. Pirmais nosaukumu Ricinulei ierosināja zviedru arahnologs Tords Torels (Tord Tamerlan Teodor Thorell) 1892. gadā. Viņš pieskaitīja tos pie māņzirnekļiem.
1892. gadā Ferdinands Karšs (Ferdinand Anton Franz Karsch) un vēlāk arī Džeisons Danlops (Jason Dunlop) izteica pieņēmumu – kapuczirnekļi ir mūsdienās izmirušo Trigonotarbida pēcteči. Šie zinātnieki uzskaitīja virkni pazīmju, kas kopīgas šīm zirnekļveidīgo grupām. Zinātnieki atklāja, ka no zirnekļveidīgajiem tikai Ricinulei un Trigonotarbida pārstāvjiem pedipalpu (helicerātu galvkrūšu ekstremitāšu otrais pāris) galos atrodas nelielas spīles. Kladistiskās analīzes un morfoloģiskie pētījumi norādījuši uz Ricinulei tuvāku radniecību ar Anactinotrichida ērcēm, bet nesenie filoģenētiskie pētījumi to noliedz. Pēdējie filogenomiskie pētījumi atklājuši kapuczirnekļu un zobenastu Xiphosura iespējamo tuvradniecību.