Dzimis zemnieka (saimnieka) Andrieva un Marijas (dzimusi Bika) Ducenu ģimenē. Mācījās Jaunpiebalgas pagasta, pēc tam Jaunpiebalgas-Rankas draudzes skolā, 1910. gadā pabeidza Aleksandra ģimnāziju Rīgā. 1911. gadā iestājās Maskavas Universitātes (Императорский Московский университет) Filoloģijas fakultātē, 1912. gadā pārgāja uz Juridisko fakultāti, ko 06.1915. beidza ar I šķiru. 05.1917. J. Ducens iestājās Kara inženieru skolā Petrogradā (Николаевское инженерное училище; lielinieku apvērsuma dēļ to nebeidza).

Pēc ģimnāzijas beigšanas 1910.–1911. gadā vienu gadu strādājis par trešo skolotāju Jaunpiebalgas-Rankas draudzes skolā. Studiju laikā Maskavā J. Ducens iestājās latviešu studentu sabiedrībā (vēlākajā akadēmiskajā vienībā) “Austrums”. 09.1915. brīvprātīgi iestājās Krievijas armijā, dienēja Galvenajā intendantūras pārvaldē Petrogradā. 11.1917. lielinieku apvērsuma laikā piedalījies sadursmēs pilsētā ar sarkangvardiem kā Kara skolas junkurs (Ziemas pilī). Palicis skolā līdz 1918. gada janvāra beigām. 02.1918. atstājis karadienestu un atgriezies Vidzemē, nodarbojies ar zemkopību Jaunpiebalgas pagastā. Iestājās Latviešu zemnieku savienībā (LZS).

1918. gada rudenī bija LZS Centrālā biroja vadītājs Rīgā, Tautas padomes loceklis no LZS. 01.1919. iestājās Latvijas Pagaidu valdības bruņotajos spēkos – 1. latviešu atsevišķajā bataljonā, dienēja Atsevišķajā (studentu) rotā, pēc tam Inženieru-sapieru rotā. 04.1919. paaugstināts par leitnantu. No 07.1919. Latvijas armijas Kara tiesas prokurors, no 22.12.1919. kara virsprokurora palīgs un Kara tiesu pārvaldes priekšnieka vietnieks. 10.–11.1919. piedalījās kaujās ar Bermonta armiju Rīgā 1. studentu bataljona sastāvā. 1920. gadā paaugstināts par virsleitnantu. No 12.07.1921. – kara virsprokurors un Kara tiesu pārvaldes priekšnieks. No 1921. gada pasniedzis likumzinātņu priekšmetu Latvijas Kara skolā. 10.03.1922. atvaļināts no armijas. 17.01.1922.–26.01.1923. un no 07.02.1924. bijis Rīgas apgabaltiesas loceklis, strādājis 2. civilnodaļā. 1922. gadā ievēlēts 1. Saeimā no LZS (kandidatūra izvirzīta arī 2. Saeimas vēlēšanās 10.1925.). 23.01.1923.–26.01.1924. – kara ministrs Zigfrīda Annas Meierovica Ministru kabinetā (01.1924., jau pēc Ministru kabineta atkāpšanās, Saeimā pēc Latvijas Sociāldemokrātiskās strādnieku partijas (LSDSP) ierosinājuma J. Ducenam izteikta neuzticība par to, ka nav pietiekami aktīvi risinājis konfliktu, kas izveidojās, vairākām militārpersonām Liepājas garnizonā uzbrūkot sociāldemokrātam Paulim Lejiņam, taču pēc Z. A. Meierovica lūguma palicis amatā līdz Ministru kabineta pilnvaru beigām). 04.1923. ievēlēts LZS centrālajā valdē. Bijis arī akadēmiskās vienības “Austrums” vecbiedrs, Latvijas atvaļināto karavīru biedrības, Armijas sporta kluba goda biedrs, Latvijas brīvības cīnītāju biedrības “Daugavas sargi” biedrs, publicists. J. Ducens vadīja arī sev piederošo lauku saimniecību Jaunpiebalgas pagastā. 07.10.1925. miris Rīgā ar sirdstrieku. Izvadīts no Māras baznīcas ar militāru godu. 

J. Ducena redzamākā darbība saistīta ar kara ministra amatu 1923.–1924. gadā (formāli J. Ducens kļuva par pirmo kara ministru, jo pirms tam šis amats tika dēvēts par apsardzības ministra amatu), kad viņa vadībā tika aktīvi turpināta Latvijas armijas un visa militārā resora attīstība un reprezentācija valsts mēroga norisēs. J. Ducena laikā tika pieņemts Karaklausības likums, izstrādāts Latvijas armijas Disciplinārreglaments, aizstājot dienestā līdz tam spēkā esošos attiecīgos Krievijas armijas normatīvos aktus, izstrādāti noteikumi par Brīvības pieminekļa projektu konkursu un citi. J. Ducens bija viens no ievērojamākajiem LZS politiķiem un Saeimas deputātiem. 

1926. gadā Brāļu kapu komitejā izveidots J. Ducena kapa kopšanas fonds, 11.12.1927. Meža kapos atklāts piemineklis J. Ducenam. Latvijas Republikā no 2010. gada darbojas akadēmiskās vienības “Austrums” izveidots nodibinājums “Jāņa Ducena piemiņas fonds” (mērķis – kapa vietas atjaunošana un uzturēšana).