Pēc maģistra grāda iegūšanas E. Zemmeru kā valsts stipendiātu nozīmēja uz Turkestānu, tomēr viņš turp neaizbrauca, jo palika Tērbatas Veterinārajā skolā par prozektoru (no 23.12.1869.). Ar to aizsākās viņa akadēmiskā karjera. No 01.1874. E. Zemmers bija Veterinārijas institūta vispārīgās patoloģijas, patoloģiskās anatomijas un (zoo)ķirurģijas docents, no 01.01.1876. – ārkārtējais profesors patoloģijā, patoloģiskajā anatomijā, receptūrā (farmakoloģijā) un tiesu medicīnā. 1874. gada vasarā institūts E. Zemmeru nosūtīja zinātniskā ekspedīcijā uz Krievijas dienvidrietumiem (Kursku, Harkivu, Poltavu, Odesu) pētīt Sibīrijas mēra izplatību.
1869. gadā E. Zemmers turpināja Tērbatā strādājošā (1848–1868) vācu profesora Frīdriha Brauela (Friedrich August Brauell) pētījumus par Sibīrijas mēra izraisītājiem dzīvnieku asinīs.
1878. gadā E. Zemmers papildinājās Vācijas, Austroungārijas, Itālijas un Šveices augstskolās. 1881. gadā kopā ar profesoru Kazimiru fon Raupahu (Casimir Carl Eduard von Raupach) veica Sibīrijas mēra imunizācijas pētījumus. 1882. gadā E. Zemmers devās zinātniskos komandējumos pie trakumsērgas vakcīnas atklājēja Luija Pastēra (Louis Pasteur) Parīzē un Roberta Koha (Heinrich Hermann Robert Koch) Berlīnē. R. Kohs tolaik sāka tuberkulozes ierosinātāja pētījumus. Pēc atgriešanās Tērbatā E. Zemmers nodibināja Bakterioloģisko laboratoriju (Bakteriologische Laboratorium zur Herstellung der Anthrax-Vakzine in Dorpat) Sibīrijas mēra vakcīnas ražošanai. 1887. gadā bija viens no Tērbatas Veterinārā institūta Bakterioloģiskās stacijas dibinātājiem. Emeritētais profesors (заслуженный профессор) no 23.12.1890.
No 26.08.1892. līdz 1895. gadam E. Zemmers bija Eksperimentālās medicīnas institūta Pēterburgā (Императорский институт экспериментальной медицины) īstenais loceklis, kur kā epizootoloģijas nodaļas vadītājs (pēc Kristapa Helmaņa nāves) pētīja Sibīrijas mēri, trakumsērgu, maleīnu un tuberkulīnu.
1895. gadā E. Zemmers pensionējās. 1896. gadā pārcēlās uz dzīvi Valmierā, kur latviski uzrakstīja apcerējumus “Kādu lomu spēlējušas senprūšu, leišu un latviešu tautas pasaules vēsturē” (1900) un “Mājas kustoņu kopšana un ārstēšana” (1904).